Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcatgcaaaacgaaagctgtatggttttgcttggattcctgctctatttatgtattgatttgctgttctttggtttacag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os07g41750.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G093902_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
GGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgta----ctctcatgcaaaacgaaagctg-tatggttttgcttgga-----ttcctgctct---atttatgtattgatttgctgttctttggtttacag
||| || |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||     | | | | | ||  | || |   |     |||  || ||     ||| || | |   || | | |||| ||  ||  || | |  ||   ||
GGCATGTTATGGTGTTCTCAGGTTTGTCATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtgtgagcccccttcccaattgtaaaccaatgcaaatttaattagagctcgttcgtgatatggaatctctatatttataagcccttttgtt-ttcttag

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA10G26890.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
GGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcatgcaaaacgaaagctg-tatggttttgcttggattcctgctcta-tttatgtattgatttgctgttctttggttta--cag
||| |||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||  | |  |||| || | |    | | ||   ||  |   |||   |   |  ||| |||  || |||   ||| ||||||||   |||
GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgt-ttgttctgcagaagggacttgggtttgaagtttgtgatattggggtgttgctttgtgtgatggttt-tggttgtttggtttgagcag

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA10G26790.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
GGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcatgcaaaacga---aagctgtatggttttgct--tggattcctgctctatttatgtattgatttgctgttctttggttta--cag
||| |||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    ||     ||  ||     | | || | || || |  |||  |  ||||    || |||  || |||   ||| ||||||||   |||
GGCCTGCTATGGTGTTTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttctccagaagtgacttgggttttaagtttgtgatattggggtgttgct----ttgtgtgatggttt-tggttgtttggtttgagcag

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA20G21190.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
GGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcatgcaaaacgaaagctgtatggttttgcttggattcctgctcta-tttatgtattgatttgctgttctttggttta--cag
||| |||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    ||| |  ||  ||      | ||   ||| |   |||   |   |  ||| | |  || |||   ||| |||| |||   |||
GGCTTGCTATGGTGTCTTGAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGATGCGAGgtttgttcaggagaagtgacttgcctttgaagttg-tgatattgtggtgttgctttgtatgatggttt-tggttgtttgctttgagcag

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: AT5G35530.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
GGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcatgcaaaacgaaagctgtatggttttgcttggattcctgctctatttatgtattgatttgctgttctttggtttacag
|||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| ||||| || || || ||       |||||| |     || | |  || || |    ||| | |   ||   | ||| |  ||  | |  |   || | |||
GGCGTGCTATGGTGTTTTAAGGTTTGTTATGGAGAGTGGAGCTAAAGGATGCGAAgtga----gtgcaaacct----ctttgtt-ttctgttacctttctttcagaatacctctatagggttcttatcat---gtatgcag

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv04s0008g01750.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
GGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcatgcaaaacgaaagctgtatggttttgcttggattcctgctctatttatgtatt--gatttgctgttctttggtttacag
||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||||| || || || ||||||||      ||       ||    |  ||| |||    |      |   |  || |  | | |  ||    ||  ||| |  | | |||
GGCTTGCTATGGTGTTCTGAGGTTTGTTATGGAAAGTGGGGCGAAAGGATGTGAGgtttgtctata------gagctttccatgttttcatcta-----ccatttcatgtgagcagttggaaaatctaatctctcttctgcag

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: PP1S29_222V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 4
GGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcatgcaaaacgaaagctgtatggttttgcttggattcctgctctatttatgtattgatttgctgttctttggtttacag---------------
||||||||| || ||||| |||||| | |||||||| ||||| ||||||||||||||||  |    |||    | |  | | || ||    |  |     |     | | || || |  |  |   |    |       ||               
GGCGTGCTACGGAGTGCTGAGGTTTATCATGGAGAGCGGTGCCAAGGGCTGTGAGgtacattt-cacaatgttataattttttgattactgtgagcgattttgagaagtcatctactagtaagtcctaacatcacgagtagaatactagttatttg

upper sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: PP1S454_3V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 4
GGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtac-tctcatgcaaaacgaaagctgtatggttttgc-ttggattcctgc----tctatttatgtattgatttgctgttctttggtttacag---------
||||||||| || ||| | |||||  |||||||||| ||||||||||| |||||||||  | |||    | | |  | |   |   |  |   ||| |  | ||      ||  || ||  |||||| |    | |||  |    |          
GGCGTGCTACGGAGTGTTGAGGTTCATTATGGAGAGCGGTGCTAAGGGTTGTGAGgtaagtttcacagcatatgggaaccagaatttactatgttgaaaccatgtagttcctgcttgtg-gttgattaggatgtatttattaagaaaccttacatt

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88994541|gb|CI117693.1|CI117693
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|33661397|gb|CF292364.1|CF292364
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|86599610|gb|CI253595.1|CI253595
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88983289|gb|CI028526.1|CI028526
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88206709|gb|CI206558.1|CI206558
EST:     GAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|86823017|gb|CI253952.1|CI253952
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|55431604|gb|CV728818.1|CV728818
EST:     TGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: TGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88206060|gb|CI205909.1|CI205909
EST:     GGTGCTAAGGTCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88209932|gb|CI209781.1|CI209781
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|3759681|gb|C96939.1|C96939
EST:     GCTATGGTGTGCCCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTNCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|218502938|gb|FG945478.1|FG945478
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTT
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTT
EST: gi|88955442|gb|CI091534.1|CI091534
EST:     AAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: AAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|87015933|gb|CI279685.1|CI279685
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|86416739|gb|CI030750.1|CI030750
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|86545284|gb|CI185490.1|CI185490
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88216637|gb|CI214737.1|CI214737
EST:     AGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: AGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88907969|gb|CI090565.1|CI090565
EST:     TAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: TAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|86824581|gb|CI264913.1|CI264913
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88237411|gb|CI237260.1|CI237260
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|86546712|gb|CI186918.1|CI186918
EST:     AAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: AAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|218493198|gb|FG958057.1|FG958057
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|86501649|gb|CI144282.1|CI144282
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|11443003|gb|BF430890.1|BF430890
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|58676042|gb|CK064729.1|CK064729
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|86416691|gb|CI030702.1|CI030702
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88237087|gb|CI236936.1|CI236936
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88828939|gb|CI073809.1|CI073809
EST:     TTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: TTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88962995|gb|CI025481.1|CI025481
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88982856|gb|CI028269.1|CI028269
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|86532591|gb|CI172797.1|CI172797
EST:     GTTTGTTATGGAAAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88206670|gb|CI206519.1|CI206519
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88216681|gb|CI214781.1|CI214781
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88206737|gb|CI206586.1|CI206586
EST:     GAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|25801300|gb|CA757261.1|CA757261
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|2280569|gb|C25064.1|C25064
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTNAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88209026|gb|CI208875.1|CI208875
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88242074|gb|CI241923.1|CI241923
EST:     GCTATGTTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|38477659|gb|CF961792.1|CF961792
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|218492225|gb|FG955391.1|FG955391
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|86510759|gb|CI153392.1|CI153392
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
EST: gi|88995801|gb|CI037144.1|CI037144
EST:     GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAG                         GTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcat ... tggtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGCGTGCTATGGTGTGCTCAGGTTTGTTATGGAGAGTGGTGCTAAGGGCTGTGAGgtactctcatgcaaaacgaaagctgtatggttttgcttggattcctgctctatttatgtattgatttgctgttctttggtttacag

- - - - - - - - - - - - - -  TGGAGA