Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CATTTATGGAGGGTGCTTACAACCGAGTGTTGAGCGCTCGCCAGGCTGTGCCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAGgtcagtataattatattactgtattactggtgcttctcatttgatgtattgatttaaaatttgtgcagcccataatcccttatttgaatgcttgttctgcacatgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os07g25420.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os07g25420.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G121452_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
CATTTATGGAGGGTGCTTACAACCGAGTGTTGAGCGCTCGCCAGGCTGTGCCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAGgtcagtataattatattactgtattactggtgcttctcatttgatgtattgatttaaaatttgtgcagcccataatcccttatttgaatgcttgttctgcacatgcag
| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || || || || || |||||||| || ||||| ||||||||||| |||| |||     | | |||||      ||||        |||||||   ||||||| |  ||  || ||   ||      |||| ||  |   || |   ||       
CCTTCATGGAGGGTGCCTACAACCGAGTGTTAAGCGCTCGGCAGGCTGTGCCACATGAGACCTACGTTTACTTCATCGACCTTCTCGCCAAAACAGTTAGgtgagtgggcatcttttactc-----ctgg------ctatttgattgtttgattttatcttaatggag---atg----tttatgtgcttttctgcttcacag------

upper sequence: LOC_Os07g25420.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G073077_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
CATTTATGGAGGGTGCTTACAACCGAGTGTTGAGCGCTCGCCAGGCTGTGCCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAGgtcagtataattatattactgtattactggtgcttctcatttgatgtattgatttaaaat--ttgtgcagcccataatcccttatttgaatgcttgttctgcacatgcag
| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || |||||||| || || || ||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||| |||   ||| | ||||           | ||  | |||||||   ||||||| |  |  |||||    || |  || |  |                          
CCTTCATGGAGGGTGCCTACAACCGAGTGTTAAGCGCTCGGCAAGCTGTGCCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtgggattctgttac-----------tcctgtttatttgattgtttgattttatctcattgtgttttcc-tgctctcacag-------------------------

upper sequence: LOC_Os07g25420.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv02s0025g02010.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
CATTTATGGAGGGTGCTTACAACCGAGTGTTGAGCGCTCGCCAGGCTGTGCCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAGgtcagtataattatattactgtattactggtgcttctcatttgatgtattgatttaaaatttgtgcagcccataatcccttatttgaat--gcttgttctgcacatgcag
| || ||||| || |||||||| || |||||||| ||| | ||| | |||||||| ||||| ||||| || ||||||||||| || || || |||||||||| |  |   | |  | |   | |    || | |  | | ||   | |   ||||||||      |   ||| |  |        || |  || | || | |        
CTTTCATGGAAGGAGCTTACAATCGTGTGTTGAGTGCTAGACAGACAGTGCCCCATGAAACTTATGTTTATTTCATGGATCTGCTGGCGAAGACAGTCAGgtaaaaactttgacttgagcctctagaaggggttaataaatttcagga--aatttaaaacgataaccaaccacacacaagccaccgactttgcatattttcc--------

upper sequence: LOC_Os07g25420.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: PP1S48_71V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 5
CATTTATGGAGGGTGCTTACAACCGAGTGTTGAGCGCTCGCCAGGCTGTGCCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAGgtcagtataattatattactgtattactggtgcttctcatttgatgtattgatttaaaatttgtgcagcccataatcccttattt----gaatgcttgttctg---cacatgcag---------------
| || ||||||||||||||||| || ||| |||| || || || ||||| || || ||||| || |||||||| ||||| |||||||| || || |||||    |||| |||    || | ||| | ||||  |     |||  ||  |  |||      || ||||    |||  | ||| |||    ||||  | ||  ||    || | ||                
CTTTCATGGAGGGTGCTTACAATCGTGTGCTGAGTGCACGTCAAGCTGTTCCACATGAAACTTACGTGTACTTTATGGACCTTCTTGCTAAGACTGTCAG-

upper sequence: LOC_Os07g25420.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: PP1S68_29V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 5
CATTTATGGAGGGTGCTTACAACCGAGTGTTGAGCGCTCGCCAGGCTGTGCCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAGgtcagtataattatattactgtattactggtgcttctcatttgatgtattgatttaaaatt-tgtgcagcccataat-ccctta---tttgaatgcttgttctgcacatgcag-----------------------------
| || |||||||| || |||||||| ||  | || || || || ||||| || || ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||    |||| || | |  |  | ||||    ||  | ||  | | || ||||| |  ||| |  ||     | |  || | ||||   ||  || | |  |  |    ||| |                              
CGTTCATGGAGGGCGCCTACAACCGTGTTCTAAGTGCCCGTCAAGCTGTTCCACATGAAACTTATGTGTACTTTATGGACCTTCTTGCCAAGACTGTCAG-

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|568605|gb|D39454.1|D39454
EST:     CCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAG                         AGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAA
genomic: CCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAGgtcagtataa ... gcacatgcagAGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAA
EST: gi|87030789|gb|CI362003.1|CI362003
EST:     CCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAG                         AGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
genomic: CCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAGgtcagtataa ... gcacatgcagAGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
EST: gi|88242415|gb|CI242264.1|CI242264
EST:     CATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAG                         AGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
genomic: CATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAGgtcagtataa ... gcacatgcagAGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
EST: gi|3768363|gb|AU032390.1|AU032390
EST:     CCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAG                         AGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
genomic: CCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAGgtcagtataa ... gcacatgcagAGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
EST: gi|88265472|gb|CI376374.1|CI376374
EST:     CCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAG                         AGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAACAGC
genomic: CCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAGgtcagtataa ... gcacatgcagAGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
EST: gi|58681161|gb|CK069848.1|CK069848
EST:     CCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAG                         AGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
genomic: CCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAGgtcagtataa ... gcacatgcagAGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
EST: gi|86882434|gb|CI325824.1|CI325824
EST:     CCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATGTTCGTTGCCAAAACAGTCAG                         AGATGAACTGGCTGGTTGCACTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
genomic: CCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTC-TTGCCAAAACAGTCAGgtcagtataa ... gcacatgcagAGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
EST: gi|88967640|gb|CI016155.1|CI016155
EST:     CCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCTAAACAGTCAG                         AGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
genomic: CCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAGgtcagtataa ... gcacatgcagAGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
EST: gi|86825976|gb|CI362421.1|CI362421
EST:     TCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAG                         AGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
genomic: TCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAGgtcagtataa ... gcacatgcagAGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
EST: gi|29658342|gb|CB654617.1|CB654617
EST:     CCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAG                         AGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
genomic: CCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAGgtcagtataa ... gcacatgcagAGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
EST: gi|568649|gb|D39498.1|D39498
EST:     CCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAG                         AGATGAACTNGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
genomic: CCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAGgtcagtataa ... gcacatgcagAGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
EST: gi|33692357|gb|CF320596.1|CF320596
EST:     CCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAG                         AGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
genomic: CCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAGgtcagtataa ... gcacatgcagAGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
EST: gi|11564833|gb|AU165469.1|AU165469
EST:     CCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAG                         AGATGAACTGGCTGGTTNCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
genomic: CCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAGgtcagtataa ... gcacatgcagAGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
EST: gi|11173082|gb|AU164604.1|AU164604
EST:     CCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAG                         AGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
genomic: CCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAGgtcagtataa ... gcacatgcagAGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
EST: gi|427819|gb|D23958.1|D23958
EST:     CCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAG                         AGATGAACTGGCTGGTTGCAGTCAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
genomic: CCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAGgtcagtataa ... gcacatgcagAGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
EST: gi|88906164|gb|CI375236.1|CI375236
EST:     CCCACAAAACATAAATGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAG                         AGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
genomic: CCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAGgtcagtataa ... gcacatgcagAGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
EST: gi|58586987|gb|CF985295.1|CF985295
EST:     CCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAG                         AGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
genomic: CCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAGgtcagtataa ... gcacatgcagAGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
EST: gi|55409084|gb|CV721460.1|CV721460
EST:     CCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAG                         AGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
genomic: CCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAGgtcagtataa ... gcacatgcagAGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
EST: gi|218495940|gb|FG948496.1|FG948496
EST:     CCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAG                         AGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
genomic: CCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAGgtcagtataa ... gcacatgcagAGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
EST: gi|88217449|gb|CI217298.1|CI217298
EST:     CCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAG                         AGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
genomic: CCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAGgtcagtataa ... gcacatgcagAGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
EST: gi|88838745|gb|CI376283.1|CI376283
EST:     ATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAG                         AGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
genomic: ATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAGgtcagtataa ... gcacatgcagAGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
EST: gi|88478743|gb|CI416014.1|CI416014
EST:     GGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAG                         AGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
genomic: GGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAGgtcagtataa ... gcacatgcagAGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
EST: gi|33819691|gb|CF335664.1|CF335664
EST:     CCCACGAANACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAG                         AGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
genomic: CCCACGAA-ACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAGgtcagtataa ... gcacatgcagAGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
EST: gi|89175697|gb|CI042718.1|CI042718
EST:     CCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCCAAACAGTCAG                         AGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
genomic: CCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAGgtcagtataa ... gcacatgcagAGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
EST: gi|2443022|gb|C74793.1|C74793
EST:     CCCCACGGAACATATGTGTACNTCATGGATCTTCTGGCCCAAACAGTCNG                         AGATGA-CTGGCTGGTT
genomic: CCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAGgtcagtataa ... gcacatgcagAGATGAACTGGCTGGTT
EST: gi|88832548|gb|CI008144.1|CI008144
EST:     CCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAG                         AGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC
genomic: CCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAGgtcagtataa ... gcacatgcagAGATGAACTGGCTGGTTGCAGTGAGAAGGGTTATGATTATATGTCAATAGC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CATTTATGGAGGGTGCTTACAACCGAGTGTTGAGCGCTCGCCAGGCTGTGCCCCACGAAACATATGTGTACTTCATGGATCTTCTTGCCAAAACAGTCAGgtcagtataattatattactgtattactggtgcttctcatttgatgtattgatttaaaatttgtgcagcccataatcccttatttgaatgcttgttctgcacatgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CATGGA