1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
TGGAGAGCTGGAAGCAGAAGCAGGAGAGGCTGCACCAGATGAGAAATGATGGTGGTGGTAAAGACTGGGATGGCGATGGTGATGATGGAGATCTACCACTgtatgactttggaaacttttttggcttctctctgatattctatttcattccatatgttaagtcaaactcgagtgctccattctagtgataggatatacta...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os07g24190.3 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GGTGGTGGTAAAGACTGGGATGGCGATGGTGATGATGGAGATCTACCACT AATGGATGAAGCTAGGCAGCCATTGTCCAGAAAAGTCCCAATTCCTTCAAGEST: gi|29680102|gb|CB676377.1|CB676377
genomic: GGTGGTGGTAAAGACTGGGATGGCGATGGTGATGATGGAGATCTACCACTgtatgacttt ... tttttaccagAATGGATGAAGCTAGGCAGCCATTGTCCAGAAAAGTCCCAATTCCTTCAAG
EST: GGTGGTGGTAAAGACTGGGATGGCGATGGTGATGATGGAGATCTACCACT AATGGATGAAGCTAGGCAGCCATTGTCCAGAAAAGTCCCAATTCCTTCAAGEST: gi|29681223|gb|CB677498.1|CB677498
genomic: GGTGGTGGTAAAGACTGGGATGGCGATGGTGATGATGGAGATCTACCACTgtatgacttt ... tttttaccagAATGGATGAAGCTAGGCAGCCATTGTCCAGAAAAGTCCCAATTCCTTCAAG
EST: GGTGGTGGTAAAGACTGGGATGGCGATGGTGATGATGGAGATCTACCACT AATGGATGAAGCTAGGCAGCCATTGTCCAGAAAAGTCCCAATTCCTTCAAGEST: gi|29676590|gb|CB672865.1|CB672865
genomic: GGTGGTGGTAAAGACTGGGATGGCGATGGTGATGATGGAGATCTACCACTgtatgacttt ... tttttaccagAATGGATGAAGCTAGGCAGCCATTGTCCAGAAAAGTCCCAATTCCTTCAAG
EST: GGTGGTGGTAAAGACTGGGATGGCGATGGTGATGATGGAGATCTACCACT AATGGATGAAGCTAGGCAGCCATTGTCCAGAAAAGTCCCAATTCCTTCAAG
genomic: GGTGGTGGTAAAGACTGGGATGGCGATGGTGATGATGGAGATCTACCACTgtatgacttt ... tttttaccagAATGGATGAAGCTAGGCAGCCATTGTCCAGAAAAGTCCCAATTCCTTCAAG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGGAGAGCTGGAAGCAGAAGCAGGAGAGGCTGCACCAGATGAGAAATGATGGTGGTGGTAAAGACTGGGATGGCGATGGTGATGATGGAGATCTACCACTgtatgactttggaaacttttttggcttctctctgatattctatttcattccatatgttaagtcaaactcgagtgctccattctagtgataggatatacta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC