Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGGCCCAAACTATTTGATGCTTCCTGTGAATGCACCAAAATGTGCATACCACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAGgtactgtgtgtatatactttcagagatacatctcctgcattcagttgttgtgatgcatctttctgtttttgtccattacatattgtttcttccagtcaac...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g51150.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os06g51150.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G088212_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
TGGCCCAAACTATTTGATGCTTCCTGTGAATGCACCAAAATGTGCATACCACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAGgtactgtgtgtatatactttcagagatacatctcctgcattcagttgttgtg----atgcatctt-tctgtttttgtccattacatattgtttcttccagtcaac--------------------------
||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||| ||||| | |||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||   |     |||     | |  ||  ||||| ||  ||| |||    |||||||||  ||||  |  |   | |||| | |    |  | | ||                            
TGGTCCAAACTATCTGATGCTTCCTGTGAATGCACCAAAATGTGCCCACCACAATAACCACCATGATGGGTTCATGAACTTCATGCACAGGGACGAAGAGgtactatgttctttggagttct---tttccccttttgcatgcaagtgtggtgtaggatgcatcttacctgtcgtcataagtaacatgtgggagttctctggcacttatacctatcctctctgtttccttag

upper sequence: LOC_Os06g51150.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: EDP00871 (Chlamydomonas reinhardtii), 5'ss of exon 11
TGGCCCAAACTATTTGATGCTTCCTGTGAATGCACCAAAATGTGCATACCACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAGgtactgtgtgtatatactttcagagatacatctcctgcattcagttgttgtgatgcatctttctgtttttgtccattacatattgttt------cttccagtcaac---------------------------------------------------------------
                    | || ||||| || ||        |  ||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||| | || || ||  |    |   |    |      | |       ||  ||  || |  |  |||  |||  |   ||    |||       | ||||         || || |   |                                                                
--------------------TGCCGGTGAACGCGCCGCGCGCCCCCCACCACAACAACCACCACGAGGGCTTCATGAACTTCATGCACCGCGACGAGGAAATCAACTACTTCCCCAGCAGgtggggcggga-tcaggcggtcggc-ggggtggggcaggtgg-tgcgactgtgtgaccgacattggcctgcaggctcccggctgatgtctgtgtgcgagctttcgcaagtctcggtatccgaccaagcgcccgcccacgcgatgcacag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29672408|gb|CB668683.1|CB668683
EST:     ACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAG                         GTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
genomic: ACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAGgtactgtgtg ... tgttttttagGTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
EST: gi|89177381|gb|CI250830.1|CI250830
EST:     ATTTCATGCACAGGGATGAAGAG                         GTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
genomic: ATTTCATGCACAGGGATGAAGAGgtactgtgtg ... tgttttttagGTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
EST: gi|33681772|gb|CF310011.1|CF310011
EST:     ACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAG                         GTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
genomic: ACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAGgtactgtgtg ... tgttttttagGTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
EST: gi|29665792|gb|CB662067.1|CB662067
EST:     ACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAG                         GTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
genomic: ACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAGgtactgtgtg ... tgttttttagGTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
EST: gi|117240442|gb|CT842802.1|CT842802
EST:     ACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAG                         GTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
genomic: ACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAGgtactgtgtg ... tgttttttagGTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
EST: gi|10611400|gb|AU108276.1|AU108276
EST:     ACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAG                         GTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
genomic: ACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAGgtactgtgtg ... tgttttttagGTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
EST: gi|29662726|gb|CB659001.1|CB659001
EST:     ACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAG                         GTTAACTACTTCCCTTCTAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGA
genomic: ACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAGgtactgtgtg ... tgttttttagGTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGA
EST: gi|29628365|gb|CB633376.1|CB633376
EST:     ACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAG                         GTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
genomic: ACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAGgtactgtgtg ... tgttttttagGTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
EST: gi|10794622|gb|AU108588.1|AU108588
EST:     CAACAACCCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGNAGAG                         GTTAACTACTNCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
genomic: CAACAA-CCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAGgtactgtgtg ... tgttttttagGTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
EST: gi|218483311|gb|FG958111.1|FG958111
EST:     ACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAG                         GTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
genomic: ACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAGgtactgtgtg ... tgttttttagGTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
EST: gi|3767173|gb|AU031283.1|AU031283
EST:     ACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAG                         GTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
genomic: ACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAGgtactgtgtg ... tgttttttagGTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
EST: gi|33654003|gb|CF276617.1|CF276617
EST:     CCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAG                         GTTAACTACTTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGT
genomic: CCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAGgtactgtgtg ... tgttttttagGTTAACTAC-TTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGT
EST: gi|86434988|gb|CI106221.1|CI106221
EST:     AACCACCACGATGGCTCCATG-ATNTCATGCACAGGGATGAAGAG                         GTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
genomic: AACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAGgtactgtgtg ... tgttttttagGTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
EST: gi|29623122|gb|CB628133.1|CB628133
EST:     ACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAG                         GTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
genomic: ACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAGgtactgtgtg ... tgttttttagGTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
EST: gi|29616048|gb|CB621060.1|CB621060
EST:     ACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAG                         GTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
genomic: ACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAGgtactgtgtg ... tgttttttagGTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
EST: gi|88247337|gb|CI247186.1|CI247186
EST:     TTTCATGCACAGGGATGAAGAG                         GTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
genomic: TTTCATGCACAGGGATGAAGAGgtactgtgtg ... tgttttttagGTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
EST: gi|11565234|gb|AU165870.1|AU165870
EST:     ACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAG                         GTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
genomic: ACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAGgtactgtgtg ... tgttttttagGTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
EST: gi|89175727|gb|CI042748.1|CI042748
EST:     ACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAG                         GTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
genomic: ACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAGgtactgtgtg ... tgttttttagGTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
EST: gi|86539997|gb|CI180203.1|CI180203
EST:     TGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAG                         GTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
genomic: TGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAGgtactgtgtg ... tgttttttagGTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
EST: gi|3766614|gb|AU030724.1|AU030724
EST:     NCAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAG                         GTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTNAGAAGGTC
genomic: ACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAGgtactgtgtg ... tgttttttagGTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
EST: gi|10794772|gb|AU108738.1|AU108738
EST:     CCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCCACCAGGGNTGAAGAG                         GTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGCCATGCTGAGAAGGTC
genomic: CCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATG-CA-CAGGGATGAAGAGgtactgtgtg ... tgttttttagGTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
EST: gi|87029598|gb|CI257393.1|CI257393
EST:     ACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAG                         GTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
genomic: ACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAGgtactgtgtg ... tgttttttagGTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
EST: gi|89181008|gb|CI045091.1|CI045091
EST:     ACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAG                         GTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
genomic: ACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAGgtactgtgtg ... tgttttttagGTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
EST: gi|10611388|gb|AU108270.1|AU108270
EST:     CAACAACCACCACGATGGCTCCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAG                         GTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
genomic: CAACAACCACCACGATGGCT-CCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAGgtactgtgtg ... tgttttttagGTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
EST: gi|30227763|gb|CB965655.1|CB965655
EST:     CGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAG                         GTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
genomic: CGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAGgtactgtgtg ... tgttttttagGTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
EST: gi|58667476|gb|CK056162.1|CK056162
EST:     ACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAG                         GTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
genomic: ACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAGgtactgtgtg ... tgttttttagGTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
EST: gi|218500582|gb|FG955406.1|FG955406
EST:     ACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAG                         GTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
genomic: ACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAGgtactgtgtg ... tgttttttagGTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
EST: gi|33675535|gb|CF303774.1|CF303774
EST:     ACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAG                         GTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
genomic: ACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAGgtactgtgtg ... tgttttttagGTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
EST: gi|86593938|gb|CI260167.1|CI260167
EST:     ACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAG                         GTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
genomic: ACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAGgtactgtgtg ... tgttttttagGTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
EST: gi|29662727|gb|CB659002.1|CB659002
EST:     ACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAG                         GTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
genomic: ACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAGgtactgtgtg ... tgttttttagGTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
EST: gi|30227433|gb|CB965325.1|CB965325
EST:     ACTACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAG                         GTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
genomic: ACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAGgtactgtgtg ... tgttttttagGTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
EST: gi|88907598|gb|CI090392.1|CI090392
EST:     ATGCACAGGGATGAAGAG                         GTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
genomic: ATGCACAGGGATGAAGAGgtactgtgtg ... tgttttttagGTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
EST: gi|86497782|gb|CI140415.1|CI140415
EST:     ACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAG                         GTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
genomic: ACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAGgtactgtgtg ... tgttttttagGTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
EST: gi|29619348|gb|CB624360.1|CB624360
EST:     ACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAG                         GTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC
genomic: ACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAGgtactgtgtg ... tgttttttagGTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 75 (downstream exon)
Score: 82

TGGCCCAAACTATTTGATGCTTCCTGTGAATGCACCAAAATGTGCATACCACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAGgtactgtgtg ... tgttttttagGTTAACTACTTCCCTTCAAGGTTTGATGCTGCACGTCATGCTGAGAAGGTCCCTATTCCTCCTCGTGTTCTAACAGGCTGTCGGGAAAAG




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGGCCCAAACTATTTGATGCTTCCTGTGAATGCACCAAAATGTGCATACCACAACAACCACCACGATGGCTCCATGAATTTCATGCACAGGGATGAAGAGgtactgtgtgtatatactttcagagatacatctcctgcattcagttgttgtgatgcatctttctgtttttgtccattacatattgtttcttccagtcaac

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA