ERISdb: a Database of Plant Splice Sites

General
Orthologs
EST
RNA-Seq
cis-regulatory elements

Sequence

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

GTTTGACATGCTGCGTAGGCAGTCCCTCCGTCCTGATTACATCAAGATGTTTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcattatcttagttgtttgtattttgcatttggtttgcggtttaacactatttagactttctgagagcatgattcattaatgattgtacaattctt...

Basic information

species	Oryza sativa
transcript	LOC_Os06g48750.1
intron #	4
splice site	5'
intron type	U2

Orthologous splice sites

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

upper sequence: LOC_Os06g48750.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G116034_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4

GTTTGACATGCTGCGTAGGCAGTCCCTCCGTCCTGATTACATCAAGATGTTTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcattatcttagttgtttgtattttgcatttggtttgcggtt-taacactatttagactttctgaga-gcatgattcattaatgattgtacaattctt-
|||||| |||||||| || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |  | |||   || ||| || |||   | |  ||     |  || |  ||||     ||  |||   ||||  || |  | | |   |    ||    
GTTTGATATGCTGCGCAGACAGTCCCTCCGCCCTGATAACATCAAGATGTTTGTTCTAGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgtaaactct-tctattttatttctactttctctattcttgatcatggtacctatattctttgttagtgaagtgcatagttta--agttaagttgaggttgcca

upper sequence: LOC_Os06g48750.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G027995_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4

GTTTGACATGCTGCGTAGGCAGTCCCTCCGTCCTGATTACATCAAGATGTTTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcattatcttagttgtttgtattttgcatttggtttgcggtttaacactatttagactttctgagagcatgattcattaatgattgtacaattctt------
|||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || | |||   || ||| |||| |   | || ||       | |   ||  |  | | | ||  || |   | ||   || |   |  ||||  |      
GTTTGACATGCTGCGTAGACAGTCCCTCCGCCCTGATAACATCAAGATGTTTGTTCTTGACGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgtaaacact-tctattttatttctattctctctatgcttga-----tcatggtacctgtattctttgctagtaaagtgcagagattaagtttaaattgatttgcca

upper sequence: LOC_Os06g48750.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: EFJ16567 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 3

GTTTGACATGCTGCGTAGGCAGTCCCTCCGTCCTGATTACATCAAGATGTTTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttag-cattatcttagttg-tttgtattttgcatttggtttgcggtttaacactatttagactttctgagagcatgattcattaatgattgtacaattctt
 |  || |||||  |  | |   | || || || || |||||||||||||||||||| || || || || || ||||| || || ||||||||||| ||||| ||     |    || || | | |||    ||    |  || |  ||          ||                                         
CTACGATATGCTCAGGCGTCGCGCGCTGCGGCCGGACTACATCAAGATGTTTGTCCTGGACGAGGCGGACGAGATGCTGTCCCGCGGTTTCAAGGACCAGgtaaggtggaaggaaagctggtctatataac-caccctgcctgtgccttg-tgtgtcgcag-----------------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments

ATGC    EST sequence
ATGC    genomic sequence (exon)
ATGC    genomic sequence (truncated intron)

EST: gi|218492955|gb|FG966642.1|FG966642

EST:     TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG                         ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC

EST: gi|29681409|gb|CB677684.1|CB677684

EST:     TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATTAG                         ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC

EST: gi|58692318|gb|CK081005.1|CK081005

EST:     TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG                         ATTTATGATATCTTCC
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCC

EST: gi|24208678|gb|AU225705.1|AU225705

EST:     TGTCCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG                         ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
genomic: TGT-CCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC

EST: gi|87006057|gb|CI289474.1|CI289474

EST:     TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG                         ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC

EST: gi|29617450|gb|CB622462.1|CB622462

EST:     TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG                         ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC

EST: gi|286922|gb|D15729.1|D15729

EST:     TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG                         ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC

EST: gi|86847337|gb|CI286943.1|CI286943

EST:     TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG                         ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC

EST: gi|58678446|gb|CK067133.1|CK067133

EST:     TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG                         ATTTATGATATCTTCCACCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC

EST: gi|29618198|gb|CB623210.1|CB623210

EST:     TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG                         ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC

EST: gi|218485038|gb|FG946136.1|FG946136

EST:     TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG                         ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC

EST: gi|58694481|gb|CK083168.1|CK083168

EST:     TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG                         ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC

EST: gi|58693858|gb|CK082545.1|CK082545

EST:     TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG                         ATTTATGATATC
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATC

EST: gi|58601375|gb|CK011903.1|CK011903

EST:     TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG                         ATGGATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC

EST: gi|428338|gb|D24486.1|D24486

EST:     TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG                         ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC

EST: gi|29666501|gb|CB662776.1|CB662776

EST:     TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG                         ATTTATGATATCTT
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTT

EST: gi|29681779|gb|CB678054.1|CB678054

EST:     TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAGGGATCAG                         ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC

EST: gi|218489120|gb|FG943252.1|FG943252

EST:     TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG                         ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC

EST: gi|29657788|gb|CB654063.1|CB654063

EST:     TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG                         ATTTATGATATCTT
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTT

EST: gi|29617425|gb|CB622437.1|CB622437

EST:     TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG                         ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC

EST: gi|29629120|gb|CB634131.1|CB634131

EST:     TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG                         ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC

EST: gi|11026114|gb|AU162715.1|AU162715

EST:     TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG                         ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC

EST: gi|58671206|gb|CK059892.1|CK059892

EST:     TGTCCTNTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG                         ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
genomic: TGTCCT-TGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC

EST: gi|112785749|gb|EE591334.1|EE591334

EST:     TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG                         ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTCGGTGTGTTC
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC

EST: gi|24208751|gb|AU225778.1|AU225778

EST:     TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG                         ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC

EST: gi|218485778|gb|FG945164.1|FG945164

EST:     TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG                         ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC

EST: gi|29683861|gb|CB680136.1|CB680136

EST:     TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG                         ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC

EST: gi|29687377|gb|CB683652.1|CB683652

EST:     TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG                         ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTC
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTC

EST: gi|86905848|gb|CI290982.1|CI290982

EST:     TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG                         ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC

EST: gi|86876688|gb|CI309607.1|CI309607

EST:     TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG                         ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGT
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGT

EST: gi|218505330|gb|FG967998.1|FG967998

EST:     TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG                         ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC

EST: gi|218502969|gb|FG969854.1|FG969854

EST:     TGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGGTGGTTTCAAGGATCAG                         ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
genomic: TGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTC-GTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC

EST: gi|218504133|gb|FG945009.1|FG945009

EST:     TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG                         ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC

EST: gi|87006066|gb|CI289483.1|CI289483

EST:     TGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG                         ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
genomic: TGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC

EST: gi|29664636|gb|CB660911.1|CB660911

EST:     TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG                         ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC

EST: gi|29666236|gb|CB662511.1|CB662511

EST:     TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAC                         ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTC
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTC

EST: gi|29666235|gb|CB662510.1|CB662510

EST:     TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAG                         ATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC
genomic: TTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTC

RNA-Seq data

ATGC Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

atgs Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.

Found data for 1 RNA-Seqlibrary.

Block sizes: 73 (upstream exon), 75 (downstream exon)
Score: 40

GTTTGACATGCTGCGTAGGCAGTCCCTCCGTCCTGATTACATCAAGATGTTTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcatta ... ttatttgcagATTTATGATATCTTCCAGCTCCTCCCGTCAAAGATCCAAGTTGGTGTGTTCTCTGCTACAATGCCCCCTGAGGCCCTTGAGATCACCCGTAAATTCATGA

<

<

<

Putative cis-regulatory sequences

atgc	intron	ATGC	exonic elements by Pertea et al.
ATGC	exon	atgc	putative intronic elements
		ATGC	putative exonic elements identified for retained introns

        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTTGACATGCTGCGTAGGCAGTCCCTCCGTCCTGATTACATCAAGATGTTTGTCCTTGATGAAGCTGATGAAATGCTTTCTCGTGGTTTCAAGGATCAGgttagcattatcttagttgtttgtattttgcatttggtttgcggtttaacactatttagactttctgagagcatgattcattaatgattgtacaattctt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT