Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACAACTTTGAAAGCACTATCAGAAGCAGTGTCCAAGATAGATATCATGTACCATCATGCTCTTTTGAACAATgtaatgtgatactgagtacacactttatgtcttttgctgaatcaactggatcttactgaaggcactatttttcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g47350.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os06g47350.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G415846_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
ACAACTTTGAAAGCACTATCAGAAGCAGTGTCCAAGATAGATATCATGTACCATCATGCTCTTTTGAACAATgtaatgtgatactgagtacacactttatgtcttttgctgaatcaactggatcttactgaaggcactatttttcag
|| | |||||  ||||||||| ||||||| ||||||||||| | | |||| |||||||| ||| |  |||||||||||| |  ||||||   ||     |   ||||| ||| | ||    || ||||| ||   | | ||||||||
ACTATTTTGAGGGCACTATCACAAGCAGTATCCAAGATAGACACCGTGTATCATCATGCACTTCTACACAATgtaatgtaaccctgagtggtcatccctttatttttgttgagtgaatgaaatgttactaaaattattctttttcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29681086|gb|CB677361.1|CB677361
EST:     CTTTTGAACAAT                         ATATTTACGATGTCTATCTGGTACTTGAACAGCGATACAAGGGATGCTCTT
genomic: CTTTTGAACAATgtaatgtgat ... tatttttcagATATTTACGATGTCTATCTGGTACTTGAACAGCGATACAAGGGATGCTCTT
EST: gi|29656148|gb|CB652423.1|CB652423
EST:     AAGCAGTGTCCAAGATAGATATCATGTACCATCATGCTCTTTTGAACAAT                         ATATTTACGATGTCTATCTGGTACTTGAACAGCGATACAAGGGATGCTCTT
genomic: AAGCAGTGTCCAAGATAGATATCATGTACCATCATGCTCTTTTGAACAATgtaatgtgat ... tatttttcagATATTTACGATGTCTATCTGGTACTTGAACAGCGATACAAGGGATGCTCTT
EST: gi|29636778|gb|CB641787.1|CB641787
EST:     AAGCAGTGTCCAAGATAGATATCATGTACCATCATGCTCTTTTGAACAAT                         ATATTTACGATGTCTATCTGGTACTTGAACAGCGATACAAGGGATGCTCTT
genomic: AAGCAGTGTCCAAGATAGATATCATGTACCATCATGCTCTTTTGAACAATgtaatgtgat ... tatttttcagATATTTACGATGTCTATCTGGTACTTGAACAGCGATACAAGGGATGCTCTT
EST: gi|29676742|gb|CB673017.1|CB673017
EST:     AAGCAGTGTCCAAGATAGATATCATGTACCATCATGCTCTTTTGAACAAT                         ATATTTACGATGTCTATCTGGTACTTGAACAGCGATACAAGGGATGCTCTT
genomic: AAGCAGTGTCCAAGATAGATATCATGTACCATCATGCTCTTTTGAACAATgtaatgtgat ... tatttttcagATATTTACGATGTCTATCTGGTACTTGAACAGCGATACAAGGGATGCTCTT
EST: gi|58598402|gb|CK008930.1|CK008930
EST:     ACCATCATGCTCTTTTGAACAAT                         ATATTTACAATGTCTATCTGGTACTTGAACAGCGATACAAGGGATGCTCTT
genomic: ACCATCATGCTCTTTTGAACAATgtaatgtgat ... tatttttcagATATTTACGATGTCTATCTGGTACTTGAACAGCGATACAAGGGATGCTCTT
EST: gi|29676281|gb|CB672556.1|CB672556
EST:     AAGCAGTGTCCAAGATAGATATCCTGTACCATCATGCTCTTTTGAACAAT                         ATATTTACGATGTCTATCTGGTACTTGAACCGCGATACAAGGGATGCTCTT
genomic: AAGCAGTGTCCAAGATAGATATCATGTACCATCATGCTCTTTTGAACAATgtaatgtgat ... tatttttcagATATTTACGATGTCTATCTGGTACTTGAACAGCGATACAAGGGATGCTCTT
EST: gi|29678964|gb|CB675239.1|CB675239
EST:     AAGCAGTGTCCAAGATAGATATCATGTACCATCATGCTCTTTTGAACAAT                         ATATTTACGATGTCTATCTGGTACTTGAACAGCGATACAAGGGATGCTCTT
genomic: AAGCAGTGTCCAAGATAGATATCATGTACCATCATGCTCTTTTGAACAATgtaatgtgat ... tatttttcagATATTTACGATGTCTATCTGGTACTTGAACAGCGATACAAGGGATGCTCTT
EST: gi|29624118|gb|CB629129.1|CB629129
EST:     AAGCAGTGTCCAAGATAGATATCATGTACCATCATGCTCTTTTGAACAAT                         ATATTTACAATGTCTATCTGGTACTTGAACAGCGATACAAGGGATGCTCTT
genomic: AAGCAGTGTCCAAGATAGATATCATGTACCATCATGCTCTTTTGAACAATgtaatgtgat ... tatttttcagATATTTACGATGTCTATCTGGTACTTGAACAGCGATACAAGGGATGCTCTT
EST: gi|29685786|gb|CB682061.1|CB682061
EST:     AAGCAGTGTCCAAGATAGATATCATGTACCATCATGCTCTTTTGAACAAT                         ATATTTACGATGTCTATCTGGTACTTGAACAGCGATACAAGGGATGCTCTT
genomic: AAGCAGTGTCCAAGATAGATATCATGTACCATCATGCTCTTTTGAACAATgtaatgtgat ... tatttttcagATATTTACGATGTCTATCTGGTACTTGAACAGCGATACAAGGGATGCTCTT