Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTCCTGTTCTGGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCGCGCTATGgtatgcatgtagacttgtattttcttattcaaatctaccttttccagttccatactaaccaggttaatcatgtcctacttaag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g37440.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os06g37440.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G059580_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 2
ATTCCTGTTCTGGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCGCGCTATGgtatgcatgtagacttgtattttcttattcaaatctaccttttccagttccatactaaccaggttaatcatgtcctacttaag
 |||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||  ||    |||   | |||   | |  ||| ||   |   |  |||  | || |  |  |   ||   | |   | |  
GTTCCTGTTCTGGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATTGCGCGCTATGgtatatat----actcacacttttccagtttaat-tattctagacttttcgctgctgatgacctgtctcggtttcctttcag-

upper sequence: LOC_Os06g37440.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G122871_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 3
ATTCCTGTTCTGGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCGCGCTATGgtatgcatgtagacttgtattttcttattcaaatctaccttttccagttccatactaaccaggttaatcatgtcctacttaag
 |||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||  ||  |  |    |  || | | |  |||      ||  |  |||  |  | |  |  |  ||| |||     || ||
GTTCCTGTTCTGGAGACTCCTGATGGCCCTGTTTTTGAGAGTAATGCTATCGCACGCTATGgtatatatagaaccccacaccttttcagtttaattatttcttgacttttcgctgttgatgacctgtatc-tgtttcctttcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58693057|gb|CK081744.1|CK081744
EST:     GGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACT
genomic: GGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCGCGCTATGgtatgcatgt ... cctacttaagTTGCTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACT
EST: gi|88300178|gb|CI582412.1|CI582412
EST:     GGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCGCGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACT
genomic: GGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCGCGCTATGgtatgcatgt ... cctacttaagTTGCTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACT
EST: gi|58692670|gb|CK081357.1|CK081357
EST:     GGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACT
genomic: GGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCGCGCTATGgtatgcatgt ... cctacttaagTTGCTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACT
EST: gi|88393909|gb|CI684174.1|CI684174
EST:     GGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCGCGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACT
genomic: GGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCGCGCTATGgtatgcatgt ... cctacttaagTTGCTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACT
EST: gi|29642157|gb|CB647164.1|CB647164
EST:     GGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCGCGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACT
genomic: GGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCGCGCTATGgtatgcatgt ... cctacttaagTTGCTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACT
EST: gi|88299640|gb|CI574753.1|CI574753
EST:     GGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCGCGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACT
genomic: GGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCGCGCTATGgtatgcatgt ... cctacttaagTTGCTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACT
EST: gi|33797048|gb|CF324390.1|CF324390
EST:     GGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCGCGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACT
genomic: GGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCGCGCTATGgtatgcatgt ... cctacttaagTTGCTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACT
EST: gi|66917477|gb|CX104325.1|CX104325
EST:     GGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCGCGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGAGGCTCTTCTCTTATCGACT
genomic: GGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCGCGCTATGgtatgcatgt ... cctacttaagTTGCTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACT
EST: gi|88340432|gb|CI659638.1|CI659638
EST:     GGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCGCGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACT
genomic: GGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCGCGCTATGgtatgcatgt ... cctacttaagTTGCTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACT
EST: gi|88325683|gb|CI648126.1|CI648126
EST:     GGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCGCGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACT
genomic: GGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCGCGCTATGgtatgcatgt ... cctacttaagTTGCTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACT
EST: gi|88392537|gb|CI625359.1|CI625359
EST:     GGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCGCGCTATG                         TTGCTCGCCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGAC
genomic: GGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCGCGCTATGgtatgcatgt ... cctacttaagTTGCTCGC-TTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGAC
EST: gi|88402181|gb|CI615024.1|CI615024
EST:     GGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCGCGCTATG                         TTGCTCGCCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGAC
genomic: GGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCGCGCTATGgtatgcatgt ... cctacttaagTTGCTCGC-TTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGAC
EST: gi|218502040|gb|FG964259.1|FG964259
EST:     GGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACT
genomic: GGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCGCGCTATGgtatgcatgt ... cctacttaagTTGCTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACT
EST: gi|58677886|gb|CK066573.1|CK066573
EST:     GGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACT
genomic: GGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCGCGCTATGgtatgcatgt ... cctacttaagTTGCTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACT
EST: gi|88403316|gb|CI573039.1|CI573039
EST:     GGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCGCGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACT
genomic: GGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCGCGCTATGgtatgcatgt ... cctacttaagTTGCTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACT
EST: gi|58589520|gb|CF987828.1|CF987828
EST:     GGAGACTCCTGAAGGTGCTGTATTTGAGAGCAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACT
genomic: GGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCGCGCTATGgtatgcatgt ... cctacttaagTTGCTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACT
EST: gi|88421445|gb|CI618569.1|CI618569
EST:     GGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCGCGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACT
genomic: GGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCGCGCTATGgtatgcatgt ... cctacttaagTTGCTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACT
EST: gi|33796831|gb|CF324280.1|CF324280
EST:     GGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCGCGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACT
genomic: GGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCGCGCTATGgtatgcatgt ... cctacttaagTTGCTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACT
EST: gi|88432577|gb|CI567616.1|CI567616
EST:     GGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCGCGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACT
genomic: GGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCGCGCTATGgtatgcatgt ... cctacttaagTTGCTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACT
EST: gi|33658387|gb|CF281000.1|CF281000
EST:     GGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCGCGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACT
genomic: GGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCGCGCTATGgtatgcatgt ... cctacttaagTTGCTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACT
EST: gi|218485368|gb|FG956297.1|FG956297
EST:     GGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACT
genomic: GGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCGCGCTATGgtatgcatgt ... cctacttaagTTGCTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACT
EST: gi|33794630|gb|CF323201.1|CF323201
EST:     GGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCGCGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACT
genomic: GGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCGCGCTATGgtatgcatgt ... cctacttaagTTGCTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACT
EST: gi|58682402|gb|CK071089.1|CK071089
EST:     GGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCACGCTATG                         TTGCTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACT
genomic: GGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCGCGCTATGgtatgcatgt ... cctacttaagTTGCTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 53 (upstream exon), 61 (downstream exon)
Score: 78

ATTCCTGTTCTGGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCGCGCTATGgtatgcatgt ... cctacttaagTTGCTCGCTTGAAGGACAACAGCTCTCTTTGTGGTTCTTCTCTTATCGACTAT




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATTCCTGTTCTGGAGACTCCTGAAGGTGCTGTTTTTGAGAGCAATGCTATCGCGCGCTATGgtatgcatgtagacttgtattttcttattcaaatctaccttttccagttccatactaaccaggttaatcatgtcctacttaag

- - - - - - - - -  CTGAAG
- - - - - - - - - - - - -  GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGCA