Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTCTATTGCTGGTGCTTCAAAGCTTTTGGCCAACATCCTGTACTCCTACCGTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcagcctacatgcctttgattagaagtcttaagtttatgtgctgtgtgctactctatacttaatgtgttctatctcgatctag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g06030.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os06g06030.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G102596_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
CTCTATTGCTGGTGCTTCAAAGCTTTTGGCCAACATCCTGTACTCCTACCGTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtga----------------attcagcctacatgccttt---gattagaagtcttaagtttatgtgctgtgtgctactctata---cttaatgtgttctatctcgatctag
|||||||||||||||||| || || ||||| |||||||| || || || ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||                |||   ||| |||   | |     ||  | |   || |  ||   ||| | |  |  | | |     ||||||  |  | ||| |||||||
CTCTATTGCTGGTGCTTCCAAACTGTTGGCTAACATCCTTTATTCATATCGTGGGATGGGACTGTCGATTGGTACAATGATCGCTGGATGGGATGAGAAGgtgactcgtttgttttggttattacaccttcatttttctctaagttgcatgatctatgcataatggctttcttttcttttttgaactttaatgattgttctcttgatctag

upper sequence: LOC_Os06g06030.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA06G17960.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
CTCTATTGCTGGTGCTTCAAAGCTTTTGGCCAACATCCTGTACTCCTACCGTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcagcctacatgcctttgattagaagtcttaagtttatgtgctgtgtgctactctatacttaatgtgttctatctcgatctag-
 ||  |  | || || ||||||||  | ||||| ||  | ||||| || ||||| |||||  | ||  ||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||    |||     ||||  |     |||   ||| |  |||  || | | | | ||||||  |  || ||||||  | |   
TTCAGTGACAGGAGCCTCAAAGCTACTTGCCAATATTTTATACTCTTATCGTGGAATGGGGTTATCTGTTGGTACCATGATTGCTGGATGGGATGAGACGgt-aattcacaagacaaattattgagcaa----ctt---tttctcagcta-gtccaattgt-tacttacagcatt-tatctcttttttag

upper sequence: LOC_Os06g06030.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: AT1G13060.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
CTCTATTGCTGGTGCTTCAAAGCTTTTGGCCAACATCCTGTACTCCTACCGTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcagcctac---atgcctttgattagaagtcttaagtttatgtgctgtgtgctactct---atacttaatgtgttctatctcgatctag---
|||| || | || ||||| || ||| | |||||||| || || || |||||||| |||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||| || |  || | |  | || ||   ||  |||  |  |    | ||   ||     ||     |  | | |   || || |||  |||   |     | ||    
CTCTGTTTCCGGAGCTTCGAAACTTCTTGCCAACATGCTCTATTCATACCGTGGAATGGGACTTTCTGTTGGTACAATGATTGCTGGATGGGACGAAACTgtcagtaaaaccaacttcatatcttcaac-actgttattttcttcccacgcaaaaggaaattttgaaatgctaaatccgtttacttcttgtataatag

upper sequence: LOC_Os06g06030.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: AT3G26340.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
CTCTATTGCTGGTGCTTCAAAGCTTTTGGCCAACATCCTGTACTCCTACCGTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattc---agcctacatgcc----------tttgattagaagtcttaagttt-atgtgctgt-gtgctactcta--tacttaa--tgtgttctatctcgatctag
|||| || | || |||||||||||| | || ||||| || || || || ||||| |||||||| ||  |||| ||||||||||||||||||||||| |  || | | |   |  ||  ||  |          |||  ||    ||||  ||||| |    |    | |  | || |  | || ||  |||  ||| | | ||  |||
CTCTGTTTCAGGAGCTTCAAAGCTTCTTGCTAACATGCTCTATTCATATCGTGGAATGGGACTTTCTGTTGGCACAATGATTGCTGGATGGGATGAAACAgtcagtaccctaaactttatatcctaactgttatttccttctcggtctgtagtttcactcaccaaagcgaaagtcgagatgctaaaattgtaatcttttttgaaatag

upper sequence: LOC_Os06g06030.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: EFJ25863 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 4
CTCTATTGCTGGTGCTTCAAAGCTTTTGGCCAACATCCTGTACTCCTACCGTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcagcctacatgcctttgattagaagtcttaagtttatgtgctgtgtgctactctatacttaatgtgttctatctcgatctag
 ||| |||| |||||||| ||||| ||||| |||| ||| |||||||||||||| ||||| ||||| || || || ||||| ||||| ||||| || | |||       | ||   |  ||||  ||    || |  |  |     ||  |   | | | |     | | || |  |   | |||| ||
TTCTGTTGCCGGTGCTTCCAAGCTCTTGGCAAACACCCTCTACTCCTACCGTGGCATGGGTCTGTCCATGGGAACCATGATCGCTGGCTGGGACGAAACGgta----tgggctgt-tatcttttctt----gtttccatctc----gccattcccaagttttcttctcacgtctcgtgatttgatccag

upper sequence: LOC_Os06g06030.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: EFJ04804 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 4
CTCTATTGCTGGTGCTTCAAAGCTTTTGGCCAACATCCTGTACTCCTACCGTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcagcctacatgcctttgattagaagtcttaagtttatgtgctgtgtgctactctatacttaatgtgttctatctcgatctag
 ||| |||| |||||||| ||||| ||||| |||| ||| |||||||||||||| ||||| ||||| || || || ||||| ||||| ||||| || | |||  |||    |    | |  ||  ||    || |  |  |     ||  |   | | | |     | | || |  |   | |||| ||
TTCTGTTGCCGGTGCTTCCAAGCTCTTGGCAAACACCCTCTACTCCTACCGTGGCATGGGTCTGTCCATGGGAACCATGATCGCTGGCTGGGACGAAACGgt--attt---ccctgttctctttctt----gtttccatctc----gccattcccaagttttcttctcacgtctcgtgatttgatccag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|163927773|gb|EG710541.1|EG710541
EST:     GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: gi|8856468|gb|AU093786.1|AU093786
EST:     GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGNATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGNCGCAAGGCTCATGGGAAGC
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: gi|87011551|gb|CI279460.1|CI279460
EST:     GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: gi|58663124|gb|CK051810.1|CK051810
EST:     GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: gi|86538793|gb|CI178999.1|CI178999
EST:     GGGATGAGAAG                         GTTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
genomic: GGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: gi|86256727|gb|CI061490.1|CI061490
EST:     GATTGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
genomic: GATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: gi|3766709|gb|AU030819.1|AU030819
EST:     GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: gi|58595565|gb|CK006093.1|CK006093
EST:     GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: gi|86546954|gb|CI187160.1|CI187160
EST:     CTGGATGGGGTGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
genomic: CTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: gi|86600016|gb|CI258356.1|CI258356
EST:     TCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGTCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
genomic: TCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: gi|29669742|gb|CB666017.1|CB666017
EST:     GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: gi|15853058|gb|BI805854.1|BI805854
EST:     GGATGGGACTGTCAA-TGGTACAATGATTGCTGGAT-GGATGAGAA-                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGA-GGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
genomic: GGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: gi|29669743|gb|CB666018.1|CB666018
EST:     GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: gi|8858108|gb|AU095426.1|AU095426
EST:     GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: gi|87023733|gb|CI286484.1|CI286484
EST:     GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGNCTTGTACTATGTTGATAGTGA
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGA
EST: gi|1631791|gb|C19520.1|C19520
EST:     GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: gi|58604003|gb|CK014531.1|CK014531
EST:     GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: gi|58600793|gb|CK011321.1|CK011321
EST:     GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGG
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGG
EST: gi|10931156|gb|AU161430.1|AU161430
EST:     GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: gi|58695529|gb|CK084216.1|CK084216
EST:     GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: gi|87028445|gb|CI263787.1|CI263787
EST:     AATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
genomic: AATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: gi|88976012|gb|CI024261.1|CI024261
EST:     TGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
genomic: TGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: gi|86432198|gb|CI085809.1|CI085809
EST:     AATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
genomic: AATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: gi|286718|gb|D15525.1|D15525
EST:     GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: gi|58586566|gb|CF984874.1|CF984874
EST:     GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCGGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: gi|58592922|gb|CF991230.1|CF991230
EST:     GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: gi|87030568|gb|CI254997.1|CI254997
EST:     GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: gi|218499941|gb|FG967251.1|FG967251
EST:     GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGC
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGC
EST: gi|8857457|gb|AU094775.1|AU094775
EST:     GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: gi|87020073|gb|CI277805.1|CI277805
EST:     GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: gi|22307308|gb|BQ908530.1|BQ908530
EST:     TGGGATGGGACTGTCAATTGGTACCAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG                         GTTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCCAAGGCTCATGGGAA-
genomic: TGGGATGGGACTGTCAATTGGTA-CAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCG-CAAGGCTCATGGGAAG
EST: gi|88839518|gb|CI005306.1|CI005306
EST:     GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: gi|86534366|gb|CI174572.1|CI174572
EST:     GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: gi|88984991|gb|CI011849.1|CI011849
EST:     TGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGNTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
genomic: TGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: gi|87030611|gb|CI255040.1|CI255040
EST:     GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: gi|87024937|gb|CI261446.1|CI261446
EST:     GGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
genomic: GGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: gi|88847618|gb|CI018309.1|CI018309
EST:     GCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
genomic: GCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: gi|33801628|gb|CF326686.1|CF326686
EST:     GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
EST: gi|3762012|gb|C99260.1|C99260
EST:     GTGGGATGGGACTGTC-ANTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAG                         GGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC
genomic: GTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 74 (upstream exon), 71 (downstream exon)
Score: 132

CTCTATTGCTGGTGCTTCAAAGCTTTTGGCCAACATCCTGTACTCCTACCGTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcag ... ctcgatctagGGTCCTGGCTTGTACTATGTTGATAGTGAGGGCGCAAGGCTCATGGGAAGCCGATTCTCTGTTGGATCAGGTTCTCTGTATGCCTATGGTATCTTGGACG




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTCTATTGCTGGTGCTTCAAAGCTTTTGGCCAACATCCTGTACTCCTACCGTGGGATGGGACTGTCAATTGGTACAATGATTGCTGGATGGGATGAGAAGgtgaattcagcctacatgcctttgattagaagtcttaagtttatgtgctgtgtgctactctatacttaatgtgttctatctcgatctag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA