1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
GAAGCTCCAGCTGTTATTCAGTCATACTACAACAAAAGGATTGTTGGTTGTCCCGGTGGTGAAGGAGgtatagtacctgtgcatgctaatttccttgtttttgacctataaagaagcttctaggatgaaatcttctcctgcatcttctctataaatattcatcgactaaccaccaatggaattaacttaaactgcaaattgcaatgattgatattttcag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os06g05080.1 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TCAGTCATACTACAACAAAAGGATTGTTGGTTGTCCCGGTGGTGAAGGAG AGGACGAGCATGATGTCGTGTGGTTTTGGTTGGAGAAAGGCAAGCCACATGEST: gi|38478025|gb|CF962158.1|CF962158
genomic: TCAGTCATACTACAACAAAAGGATTGTTGGTTGTCCCGGTGGTGAAGGAGgtatagtacc ... atattttcagAGGACGAGCATGATGTCGTGTGGTTTTGGTTGGAGAAAGGCAAGCCACATG
EST: GTCCCGGTGGTGAAGGAG AGGACGAGCATGATGTCGTGTGGTTTTGGTTGGAGAGAGGCAAGCCACATGEST: gi|86511030|gb|CI153663.1|CI153663
genomic: GTCCCGGTGGTGAAGGAGgtatagtacc ... atattttcagAGGACGAGCATGATGTCGTGTGGTTTTGGTTGGAGAAAGGCAAGCCACATG
EST: CATACTACAACAAAAGGATTGTTGGTTGTCCCGGTGGTGAAGGAG AGGACGAGCATGATGTCGTGTGGTTTTGGTTGGAGAAAGGCAAGCCACATGEST: gi|86599818|gb|CI255980.1|CI255980
genomic: CATACTACAACAAAAGGATTGTTGGTTGTCCCGGTGGTGAAGGAGgtatagtacc ... atattttcagAGGACGAGCATGATGTCGTGTGGTTTTGGTTGGAGAAAGGCAAGCCACATG
EST: TCAGTCATACTACAACAAAAGGATTGTTGGTTGTCCCGGTGGTGAAGGAG AGGACGAGCATGATGTCGTGTGGTTTTGGTTGGAGAAAGGCAAGCCACATGEST: gi|86432882|gb|CI086493.1|CI086493
genomic: TCAGTCATACTACAACAAAAGGATTGTTGGTTGTCCCGGTGGTGAAGGAGgtatagtacc ... atattttcagAGGACGAGCATGATGTCGTGTGGTTTTGGTTGGAGAAAGGCAAGCCACATG
EST: CCCGGTGGTGAAGGAG AGGACGAGCATGATGTCGTGTGGTTTTGGTTGGAGAAAGGCAAGCCACATGEST: gi|27920981|gb|CB096789.1|CB096789
genomic: CCCGGTGGTGAAGGAGgtatagtacc ... atattttcagAGGACGAGCATGATGTCGTGTGGTTTTGGTTGGAGAAAGGCAAGCCACATG
EST: TCAGTCATACTACAACAAAAGGATTGTTGGTTGTCCCGGTGGTGAAGGAG AGGACGAGCATGATGTCGTGTGGTTTTGGTTGGAGAAAGGCAAGCCACATGEST: gi|86854015|gb|CI252006.1|CI252006
genomic: TCAGTCATACTACAACAAAAGGATTGTTGGTTGTCCCGGTGGTGAAGGAGgtatagtacc ... atattttcagAGGACGAGCATGATGTCGTGTGGTTTTGGTTGGAGAAAGGCAAGCCACATG
EST: TCAGTCATACTACAACAAAAGGATTGTTGGTTGTCCCGGTGGTGAAGGAG AGGACGAGCATGATGTCGTGTGGTTTTGGTTGGAGAAAGGCAAGCCACATGEST: gi|14713858|gb|AU197818.1|AU197818
genomic: TCAGTCATACTACAACAAAAGGATTGTTGGTTGTCCCGGTGGTGAAGGAGgtatagtacc ... atattttcagAGGACGAGCATGATGTCGTGTGGTTTTGGTTGGAGAAAGGCAAGCCACATG
EST: TCAGTCATACTACAACAAAAGGATTGTTGGTTGTCCCGGTGGTGAAGGAG AGGACGAGCATGATGTCGTGTGGTTTTGGTTGGAGAAAGGCAAGCCACATGEST: gi|88205449|gb|CI205298.1|CI205298
genomic: TCAGTCATACTACAACAAAAGGATTGTTGGTTGTCCCGGTGGTGAAGGAGgtatagtacc ... atattttcagAGGACGAGCATGATGTCGTGTGGTTTTGGTTGGAGAAAGGCAAGCCACATG
EST: TCAGTCATACTACAACAAAAGGATTGTTGGTTGTCCCGGTGGTGAAGGAG AGGACGAGCATGATGTCGTGTGGTTTTGGTTGGAGAAAGGCAAGCCACATGEST: gi|88242794|gb|CI240645.1|CI240645
genomic: TCAGTCATACTACAACAAAAGGATTGTTGGTTGTCCCGGTGGTGAAGGAGgtatagtacc ... atattttcagAGGACGAGCATGATGTCGTGTGGTTTTGGTTGGAGAAAGGCAAGCCACATG
EST: TGGTTGTCCCGGTGGTGAAGGAG AGGACGAGCATGATGTCGTGTGGTTTTGGTTGGAGAAAGGCAAGCCACATGEST: gi|25996302|gb|CA767047.1|CA767047
genomic: TGGTTGTCCCGGTGGTGAAGGAGgtatagtacc ... atattttcagAGGACGAGCATGATGTCGTGTGGTTTTGGTTGGAGAAAGGCAAGCCACATG
EST: TCAGTCATACTACAACAAAAGGATTGTTGGTTGTCCCGGTGGTGAAGGAG AGGACGAGCATGATGTCGTGTGGTTTTGGTTGGAGAAAGGCAAGCCACATGEST: gi|86512611|gb|CI155244.1|CI155244
genomic: TCAGTCATACTACAACAAAAGGATTGTTGGTTGTCCCGGTGGTGAAGGAGgtatagtacc ... atattttcagAGGACGAGCATGATGTCGTGTGGTTTTGGTTGGAGAAAGGCAAGCCACATG
EST: TCAGTCATACTACAACAAAAGGATTGTTGGTTGTCCCGGTGGTGAAGGAG AGGACGAGCATGATGTCGTGTGGTTTTGGTTGGAGAAAGGCAAGCCACATGEST: gi|87018425|gb|CI252179.1|CI252179
genomic: TCAGTCATACTACAACAAAAGGATTGTTGGTTGTCCCGGTGGTGAAGGAGgtatagtacc ... atattttcagAGGACGAGCATGATGTCGTGTGGTTTTGGTTGGAGAAAGGCAAGCCACATG
EST: TCAGTCATACTACAACAAAAGGATTGTTGGTTGTCCCGGTGGTGAAGGAG AGGACGAGCATGATGTCGTGTGGTTTTGGTTGGAGAAAGGCAAGCCACATGEST: gi|38482983|gb|CF966785.1|CF966785
genomic: TCAGTCATACTACAACAAAAGGATTGTTGGTTGTCCCGGTGGTGAAGGAGgtatagtacc ... atattttcagAGGACGAGCATGATGTCGTGTGGTTTTGGTTGGAGAAAGGCAAGCCACATG
EST: TCAGTCATACTACAACAAAAGGATTGTTGGTTGTCCCGGTGGTGAAGGAG AGGACGAGCATGATGTCGTGTGGTTTTGGTTGGAGAAAGGCAAGCCACATGEST: gi|86497846|gb|CI140479.1|CI140479
genomic: TCAGTCATACTACAACAAAAGGATTGTTGGTTGTCCCGGTGGTGAAGGAGgtatagtacc ... atattttcagAGGACGAGCATGATGTCGTGTGGTTTTGGTTGGAGAAAGGCAAGCCACATG
EST: TCATACTACAACAAAAGGATTGTTGGTTGTCCCGGTGGTGAAGGAG AGGACGAGCATGATGTCGTGTGGTTTTGGTTGGAGAAAGGCAAGCCACATGEST: gi|58600462|gb|CK010990.1|CK010990
genomic: TCATACTACAACAAAAGGATTGTTGGTTGTCCCGGTGGTGAAGGAGgtatagtacc ... atattttcagAGGACGAGCATGATGTCGTGTGGTTTTGGTTGGAGAAAGGCAAGCCACATG
EST: CAGTNCATACTACAACAAAAGGATTGTTGGTTGTCCCGGTGGTGAAGGAG AGGACGAGCATGATGTCGTGTGGTTTTGGTTGGAGAAAGGCAAGCCACATGEST: gi|4716340|gb|AU057456.1|AU057456
genomic: CAGT-CATACTACAACAAAAGGATTGTTGGTTGTCCCGGTGGTGAAGGAGgtatagtacc ... atattttcagAGGACGAGCATGATGTCGTGTGGTTTTGGTTGGAGAAAGGCAAGCCACATG
EST: TCAGTCATACTACAACAAAAGGATTGTTGGTTGTCCCGGTGGTGAAGGAG AGGACGAGCATGATGTCGTGTGGTTTTGGTTGGAGAAAGGCAAGCCACATGEST: gi|86822729|gb|CI251809.1|CI251809
genomic: TCAGTCATACTACAACAAAAGGATTGTTGGTTGTCCCGGTGGTGAAGGAGgtatagtacc ... atattttcagAGGACGAGCATGATGTCGTGTGGTTTTGGTTGGAGAAAGGCAAGCCACATG
EST: TCAGTCATACTACAACAAAAGGATTGTTGGTTGTCCCGGTGGTGAAGGAG AGGACGAGCATGATGTCGTGTGGTTTTGGTTGGAGAAAGGCAAGCCACATG
genomic: TCAGTCATACTACAACAAAAGGATTGTTGGTTGTCCCGGTGGTGAAGGAGgtatagtacc ... atattttcagAGGACGAGCATGATGTCGTGTGGTTTTGGTTGGAGAAAGGCAAGCCACATG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GAAGCTCCAGCTGTTATTCAGTCATACTACAACAAAAGGATTGTTGGTTGTCCCGGTGGTGAAGGAGgtatagtacctgtgcatgctaatttccttgtttttgacctataaagaagcttctaggatgaaatcttctcctgcatcttctctataaatattcatcgactaaccaccaatggaattaacttaaactgcaaattgcaatgattgatattttcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG