1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
TGAAGAATTGGGTAAAACATCACATACAGATGCAAGATTACCTTCAAGCACTGATACTGCAGTTATTATGTATACAAGTGGAAGTACGGGTCTTCCCAAGgtacacttgtgctcaaagatattctgattttttctgtcatatgctgttatctatttttattcatgaaaataaataaggacaaaagcaggggtcattcttt...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os05g25310.1 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CTGATACTGCAGTTATTATGTATACAAGTGGAAGTACGGGTCTTCCCAAG GGTGTAATGATTACACATGGAAATATGGTGGCCACAACTGCAGCTGTCATGEST: gi|88474061|gb|CI411332.1|CI411332
genomic: CTGATACTGCAGTTATTATGTATACAAGTGGAAGTACGGGTCTTCCCAAGgtacacttgt ... tttgacatagGGTGTAATGATTACACATGGAAATATGGTGGCCACAACTGCAGCTGTCATG
EST: CTGATACTGCAGTTATTATGTATACAAGTGGAAGTACGGGTCTTCCCAAG GGTGTAATGATTACACATGGAAATATGGTGGCCACAACTGCAGCTGTCATGEST: gi|3763367|gb|AU030119.1|AU030119
genomic: CTGATACTGCAGTTATTATGTATACAAGTGGAAGTACGGGTCTTCCCAAGgtacacttgt ... tttgacatagGGTGTAATGATTACACATGGAAATATGGTGGCCACAACTGCAGCTGTCATG
EST: CTGATACTGCAGTTATTATGTATACAAGTGGANGTACGGGTCTTCCCAAG GGTGTAATGATTACACATGGAAATATGGTGGCCACAACTGCAGCTGTCATGEST: gi|33794084|gb|CF322932.1|CF322932
genomic: CTGATACTGCAGTTATTATGTATACAAGTGGAAGTACGGGTCTTCCCAAGgtacacttgt ... tttgacatagGGTGTAATGATTACACATGGAAATATGGTGGCCACAACTGCAGCTGTCATG
EST: CTGATACTGCAGTTATTATGTATACAAGTGGAAGTACGGGTCTTCCCAAG GGTGTAATGATTACACATGGAAATATGGTGGCCACAACTGCAGCTGTCATG
genomic: CTGATACTGCAGTTATTATGTATACAAGTGGAAGTACGGGTCTTCCCAAGgtacacttgt ... tttgacatagGGTGTAATGATTACACATGGAAATATGGTGGCCACAACTGCAGCTGTCATG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGAAGAATTGGGTAAAACATCACATACAGATGCAAGATTACCTTCAAGCACTGATACTGCAGTTATTATGTATACAAGTGGAAGTACGGGTCTTCCCAAGgtacacttgtgctcaaagatattctgattttttctgtcatatgctgttatctatttttattcatgaaaataaataaggacaaaagcaggggtcattcttt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG