1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
TTATTTCTTGGGAGTACCCATGGTCAGCATGCTTCTTTATGTCTGGAGCAGAGAATATCCGAATTCTCAGATCAGCATGTATGGCCTTGTCCAACTGAGGgtaagcttcactactaccatatatagaactcgatgccctttataggtcatcaatattggtttcaagtcttgtggagcaaattatgtttgattgtggttaatatactccatttctgcag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os05g09550.3 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GAGAATATCCGAATTCTCAGATCAGCATGTATGGCCTTGTCCAACTGAGG TCCTTTTATCTACCATGGGCAATGCTTGGGTTGGATGTGATATTTGGCTCAEST: gi|27578253|gb|CB000948.1|CB000948
genomic: GAGAATATCCGAATTCTCAGATCAGCATGTATGGCCTTGTCCAACTGAGGgtaagcttca ... atttctgcagTCCTTTTATCTACCATGGGCAATGCTTGGGTTGGATGTGATATTTGGCTCA
EST: GAGAATATCCGAATTCTCAGATCAGCATGTATGGCCTTGTCCAACTGAGG TCCTTTTATCTACCATGGGCAATGCTTGGGTTGGATGTGATATTTGGCTCAEST: gi|218492921|gb|FG948483.1|FG948483
genomic: GAGAATATCCGAATTCTCAGATCAGCATGTATGGCCTTGTCCAACTGAGGgtaagcttca ... atttctgcagTCCTTTTATCTACCATGGGCAATGCTTGGGTTGGATGTGATATTTGGCTCA
EST: GAGAATATCCGAATTCTCAGATCAGCATGTATGGCCTTGTCCAACTGAGG TCCTTTTATCTACCATGGGCAATGCTTGGGTTGGATGTGATATTTGGCTCAEST: gi|44669030|gb|CR282464.1|CR282464
genomic: GAGAATATCCGAATTCTCAGATCAGCATGTATGGCCTTGTCCAACTGAGGgtaagcttca ... atttctgcagTCCTTTTATCTACCATGGGCAATGCTTGGGTTGGATGTGATATTTGGCTCA
EST: GAGAATATCCGAATTCTCAGATCAGCATGTATGGCCCTGTCCAACTGAGG TCCTTTTATCTACCATGGGCAATGCTTGGGTTGGATGTGATATTTGGCTCAEST: gi|86501898|gb|CI144531.1|CI144531
genomic: GAGAATATCCGAATTCTCAGATCAGCATGTATGGCCTTGTCCAACTGAGGgtaagcttca ... atttctgcagTCCTTTTATCTACCATGGGCAATGCTTGGGTTGGATGTGATATTTGGCTCA
EST: GAGAATATCCGAATTCTCAGATCAGCATGTATGGCCTTGTCCAACTGAGG TCCTTTTATCTACCATGGGCAATGCTTGGGTTGGATGTGATATTTGGCTCAEST: gi|38476086|gb|CF960219.1|CF960219
genomic: GAGAATATCCGAATTCTCAGATCAGCATGTATGGCCTTGTCCAACTGAGGgtaagcttca ... atttctgcagTCCTTTTATCTACCATGGGCAATGCTTGGGTTGGATGTGATATTTGGCTCA
EST: GAGAATATCCGAATTCTCAGATCAGCATGTATGGGCGGGTCCAACTGAGG TCCTTTTATCTACCATGGGCAATGCTTGGGTTGGATGTGATATTTGGCTCA
genomic: GAGAATATCCGAATTCTCAGATCAGCATGTATGGCCTTGTCCAACTGAGGgtaagcttca ... atttctgcagTCCTTTTATCTACCATGGGCAATGCTTGGGTTGGATGTGATATTTGGCTCA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TTATTTCTTGGGAGTACCCATGGTCAGCATGCTTCTTTATGTCTGGAGCAGAGAATATCCGAATTCTCAGATCAGCATGTATGGCCTTGTCCAACTGAGGgtaagcttcactactaccatatatagaactcgatgccctttataggtcatcaatattggtttcaagtcttgtggagcaaattatgtttgattgtggttaatatactccatttctgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA