Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGTTCAGTGATCCCCGTGATGCTGAGGAAGCAAGGTACAACCTTGATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtatgctgttcttcggttgcttctctaagcacatcctgattctattttttttctttaatatgaagctgctgctgaattgatctgtattttttgttgactgatgctcttttcaacaaattgagcatgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os05g02880.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os05g02880.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G099317_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
GAGTTCAGTGATCCCCGTGATGCTGAGGAAGCAAGGTACAACCTTGATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtatgctgt-tcttcggttgcttctctaagcacatcctgattctattttttttctttaatatgaagctgctgctgaattgatctgtattttttgttgactgatgctcttttcaacaaattgagcatgcag
        ||| |  |||||||| || |||||  ||||| | || |||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| | ||  |||||  || | |   |   |  ||  | |||||  | || || |||  ||   |     |      |  || |  || ||   ||  || |   |||| |  | |||||| || |||||
--------TGAACATCGTGATGCCGATGAAGCTCGGTACCAACTAGATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcctcttcaattacatgatt--tctgattgttattcttatcttattttttgttacttaa--attatcatgtgtattttgatattggatttgcttagtatcttgtgtataaattgtgcttgcag

upper sequence: LOC_Os05g02880.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G099317_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 4
GAGTTCAGTGATCCCCGTGATGCTGAGGAAGCAAGGTACAACCTTGATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtatgctgt-tcttcggttgcttctctaagcacatcctgattctattttttttctttaatatgaagctgctgctgaattgatctgtattttttgttgactgatgctcttttcaacaaattgagcatgcag
||||||||||| |  |||||||| || |||||  ||||| | || |||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| | ||  |||||  || | |   |   |  ||  | |||||  | || || |||  ||   |     |      |  || |  || ||   ||  || |   |||| |  | |||||| || |||||
GAGTTCAGTGAACATCGTGATGCCGATGAAGCTCGGTACCAACTAGATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaagttgcctcttcaattacatgatt--tctgattgttattcttatcttattttttgttacttaa--attatcatgtgtattttgatattggatttgcttagtatcttgtgtataaattgtgcttgcag

upper sequence: LOC_Os05g02880.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA03G33260.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
GAGTTCAGTGATCCCCGTGATGCTGAGGAAGCAAGGTACAACCTTGATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtatgctgttcttcggttgcttctctaagcacatcctgattctattttttttctttaatatga-agctgctgctg--aattgatctgtattttttgttgactgatgctcttttcaacaaattgagcatgcag----
|| || |||||||| || |||||||| || ||||| || ||| | |||||  |||||||||||||||| || ||| |||| || ||||| |||||||||||     |||   |      | || |   ||  |  | | ||  || | | |  |  ||  | ||| |  ||  |  | || || ||||| | ||     ||  |  | | | ||      |  |  |     
GATTTTAGTGATCCTCGAGATGCTGATGATGCAAGATATAACTTGGATGGTCGGGATGTTGATGGAAGTCGTATTATTGTGGAATTTGCAAAAGGGgtatgaaacactttaatacaagttttatg---atattattacaatagttgtacatggacttgggaactgtttttgttagattatttgcattttatatttttgtattgttgtctgatcatcacttgtttttaatcag

upper sequence: LOC_Os05g02880.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA19G35980.3 (Glycine max), 5'ss of exon 4
GAGTTCAGTGATCCCCGTGATGCTGAGGAAGCAAGGTACAACCTTGATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtatgctgttcttcggttgcttctctaagcacatcctgattctattttttttctttaatatgaa-gctgctgctg----aattgatctgtatttt----------ttgttgactgatgctcttttcaacaaattgagcatgcag
|| || |||||||| || |||||||| || ||||| || ||||| |||||  |||||||||||||||| || ||| |||| || ||||| ||||||||| |      |||  |  |   | | |  | ||  |  | | ||  || | | |  |  ||    ||| |  ||    | || ||||| | |||          || ||| |||||| ||  ||      | | ||       
GATTTTAGTGATCCTCGAGATGCTGATGATGCAAGATATAACCTGGATGGTCGGGATGTTGATGGAAGTCGGATTATTGTGGAATTTGCAAAAGGGgtaggaaacatttccat-acaagttttatgatatttt--tacaatagttgtacatagacttgggcactgtttttggtagatttaatctgcactttaatatttgtatttttgtctgatgttcacttgtttttaatcag-------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|38482227|gb|CF966277.1|CF966277
EST:     ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTTCCACGTGGTCCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCTCCT
genomic: ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtatgctgtt ... gagcatgcagGTTCCACGTGGTCCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCTCCT
EST: gi|33680756|gb|CF308995.1|CF308995
EST:     ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTTCCACGTGGTCCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCTCCT
genomic: ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtatgctgtt ... gagcatgcagGTTCCACGTGGTCCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCTCCT
EST: gi|10109161|gb|AU065224.2|AU065224
EST:     ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTTCCACGTGGTCCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCTCCT
genomic: ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtatgctgtt ... gagcatgcagGTTCCACGTGGTCCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCTCCT
EST: gi|58600797|gb|CK011325.1|CK011325
EST:     ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTTCCACGTGGTCCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCTCCT
genomic: ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtatgctgtt ... gagcatgcagGTTCCACGTGGTCCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCTCCT
EST: gi|88390715|gb|CI609340.1|CI609340
EST:     ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTTCCACGTGGTCCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCTCCT
genomic: ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtatgctgtt ... gagcatgcagGTTCCACGTGGTCCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCTCCT
EST: gi|218504539|gb|FG956722.1|FG956722
EST:     ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTTCCACGTGGTCCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCTCCT
genomic: ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtatgctgtt ... gagcatgcagGTTCCACGTGGTCCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCTCCT
EST: gi|117248692|gb|CT862835.1|CT862835
EST:     ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTTCCACGTGGTCCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCTCCT
genomic: ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtatgctgtt ... gagcatgcagGTTCCACGTGGTCCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCTCCT
EST: gi|88314811|gb|CI608270.1|CI608270
EST:     ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTTCCACGTGGTCCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCTCCT
genomic: ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtatgctgtt ... gagcatgcagGTTCCACGTGGTCCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCTCCT
EST: gi|58684979|gb|CK073666.1|CK073666
EST:     ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTTCCACGTGGTCCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCTCCT
genomic: ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtatgctgtt ... gagcatgcagGTTCCACGTGGTCCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCTCCT
EST: gi|88695479|gb|CI737517.1|CI737517
EST:     ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTTCCACGTGGTCCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGA
genomic: ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtatgctgtt ... gagcatgcagGTTCCACGTGGTCCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGA
EST: gi|66928258|gb|CX115106.1|CX115106
EST:     TGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         G-TCCACGTGGTCCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCTCCT
genomic: TGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtatgctgtt ... gagcatgcagGTTCCACGTGGTCCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCTCCT
EST: gi|88724817|gb|CI748076.1|CI748076
EST:     ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTTCCACGTGGTCCTGGTGGTTCACGTGAATATAT
genomic: ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtatgctgtt ... gagcatgcagGTTCCACGTGGTCCTGGTGGTTCACGTGAATATAT
EST: gi|218501403|gb|FG951125.1|FG951125
EST:     ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTATGCTAAAGGG                         GTTCCACGTGGTCCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCTCCT
genomic: ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtatgctgtt ... gagcatgcagGTTCCACGTGGTCCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCTCCT
EST: gi|58681569|gb|CK070256.1|CK070256
EST:     ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTTCCACGTGGTCCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCTCCT
genomic: ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtatgctgtt ... gagcatgcagGTTCCACGTGGTCCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCTCCT
EST: gi|88337350|gb|CI629640.1|CI629640
EST:     ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTTCCACGTGGTCCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAG
genomic: ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtatgctgtt ... gagcatgcagGTTCCACGTGGTCCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAG
EST: gi|88353004|gb|CI630182.1|CI630182
EST:     ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTTCCACGCTGGTCCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCTCC
genomic: ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtatgctgtt ... gagcatgcagGTTCCACG-TGGTCCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCTCC
EST: gi|88720052|gb|CI745142.1|CI745142
EST:     ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTTCCACGTGGTCCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGA
genomic: ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtatgctgtt ... gagcatgcagGTTCCACGTGGTCCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGA
EST: gi|88395056|gb|CI609372.1|CI609372
EST:     ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTTCCACGTGGTCCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCTCCT
genomic: ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtatgctgtt ... gagcatgcagGTTCCACGTGGTCCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCTCCT
EST: gi|88314217|gb|CI602549.1|CI602549
EST:     ATGG-AGGGATGTTGATGGAAGC-GCAT-CTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTTCCACGTGGCTCCTGGTGGTT-ACGTGAATATATGGGGAGAGGACCTCC
genomic: ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtatgctgtt ... gagcatgcagGTTCCACGTGG-TCCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCTCC
EST: gi|13420393|gb|AU174483.1|AU174483
EST:     ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTTCCACGTGGTCCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCTCCT
genomic: ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtatgctgtt ... gagcatgcagGTTCCACGTGGTCCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCTCCT
EST: gi|29655674|gb|CB651949.1|CB651949
EST:     ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGG                         GTTCCACGTGGTCCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCTCCT
genomic: ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtatgctgtt ... gagcatgcagGTTCCACGTGGTCCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCTCCT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 68 (upstream exon), 40 (downstream exon)
Score: 50

GAGTTCAGTGATCCCCGTGATGCTGAGGAAGCAAGGTACAACCTTGATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtatgctgtt ... gagcatgcagGTTCCACGTGGTCCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCTCCTCCTGGAACAGGTCGGTGTTTTAACTGTGGGATTGATGGTCACTGGGCAA




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAGTTCAGTGATCCCCGTGATGCTGAGGAAGCAAGGTACAACCTTGATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtatgctgttcttcggttgcttctctaagcacatcctgattctattttttttctttaatatgaagctgctgctgaattgatctgtattttttgttgactgatgctcttttcaacaaattgagcatgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG