1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
GCACGGAAGCCCTACCCAGATAAAGGAATTGGCCGACCAGCTTATTGGACGTGTTCTTGCTCTCAGTCTTCAGATGTATGGATGCCGGGTTATACAGAAGgtggttattactggatcttttctttaaccttggaagttattaagagttcttgcttttttggaattttttatctgattaatctgtgttattgcccttttga...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os05g01910.1 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TCTCAGGCTTCAGATGTATGGATGCCGGGTTATACAGAAG GCTATAGAGGTTGTTGGTTTAGATCAGCAGACTAAAATGGTTGCTGAGCTGEST: gi|27576978|gb|CA999672.1|CA999672
genomic: TCTCAGTCTTCAGATGTATGGATGCCGGGTTATACAGAAGgtggttatta ... atatatgcagGCTATAGAGGTTGTTGGTTTAGATCAGCAGACTAAAATGGTTGCTGAGCTG
EST: GTGTTCTTGCTCTCAGTCTTCAGATGTATGGATGCCGGGTTATACAGAAG GCTATAGAGGTTGTTGGTTTAGATCAGCAGACTAAAATGGTTGCTGAGCTGEST: gi|58652414|gb|CK041094.1|CK041094
genomic: GTGTTCTTGCTCTCAGTCTTCAGATGTATGGATGCCGGGTTATACAGAAGgtggttatta ... atatatgcagGCTATAGAGGTTGTTGGTTTAGATCAGCAGACTAAAATGGTTGCTGAGCTG
EST: GTGTTCTTGCTCTCAGTCTTCAGATGTATGGATGCCGGGTTATACAGAAG GCTATAGAGGTTGTTGGTTTAGATCAGCAGACTAAAATGGTTGCTGAGCTGEST: gi|58662202|gb|CK050882.1|CK050882
genomic: GTGTTCTTGCTCTCAGTCTTCAGATGTATGGATGCCGGGTTATACAGAAGgtggttatta ... atatatgcagGCTATAGAGGTTGTTGGTTTAGATCAGCAGACTAAAATGGTTGCTGAGCTG
EST: GTGTTC-TGCTCTCAGTCTTCAGATGTATGGATGCCGGGTTATACAGAAG GCTATAGAGGTTGTTGGTTTAGATCAGCAGACTAAAATGGTTGCTGAGCTGEST: gi|66928352|gb|CX115200.1|CX115200
genomic: GTGTTCTTGCTCTCAGTCTTCAGATGTATGGATGCCGGGTTATACAGAAGgtggttatta ... atatatgcagGCTATAGAGGTTGTTGGTTTAGATCAGCAGACTAAAATGGTTGCTGAGCTG
EST: GTGTTCTTGCTCTCAGTCTTCAGATGTATGGATGCCGGGTTATACAGAAG GCTATAGAGGTTGTTGGTTTAGATCAGCAGACTAAAATGGTTGCTGAGCTG
genomic: GTGTTCTTGCTCTCAGTCTTCAGATGTATGGATGCCGGGTTATACAGAAGgtggttatta ... atatatgcagGCTATAGAGGTTGTTGGTTTAGATCAGCAGACTAAAATGGTTGCTGAGCTG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GCACGGAAGCCCTACCCAGATAAAGGAATTGGCCGACCAGCTTATTGGACGTGTTCTTGCTCTCAGTCTTCAGATGTATGGATGCCGGGTTATACAGAAGgtggttattactggatcttttctttaaccttggaagttattaagagttcttgcttttttggaattttttatctgattaatctgtgttattgcccttttga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG