1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
TGTGGAGAAGCTCCCCAATGATCTGGAAGGAATGGAATCCTCCATGGAAAAGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTGgtaagaaccttttggggcaaaattctcttatttcttatgtagtgcagtgttaaaaaggctttttccacccctatgtag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os05g01450.1 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTG GAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCTEST: gi|88958697|gb|CI381500.1|CI381500
genomic: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTGgtaagaacct ... ccctatgtagGAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCT
EST: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGACCTACAAATATGTTGATGATGTCGTG GAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCTEST: gi|88475801|gb|CI413072.1|CI413072
genomic: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTGgtaagaacct ... ccctatgtagGAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCT
EST: TGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTG GAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCTEST: gi|87013558|gb|CI267259.1|CI267259
genomic: TGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTGgtaagaacct ... ccctatgtagGAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCT
EST: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTG GAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCTEST: gi|88843246|gb|CI372146.1|CI372146
genomic: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTGgtaagaacct ... ccctatgtagGAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCT
EST: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTG GAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCTEST: gi|25807581|gb|CA763542.1|CA763542
genomic: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTGgtaagaacct ... ccctatgtagGAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCT
EST: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTG GAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCTEST: gi|58595951|gb|CK006479.1|CK006479
genomic: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTGgtaagaacct ... ccctatgtagGAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCT
EST: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTG GAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCTEST: gi|58598359|gb|CK008887.1|CK008887
genomic: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTGgtaagaacct ... ccctatgtagGAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCT
EST: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTG GAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCTEST: gi|88279070|gb|CI400070.1|CI400070
genomic: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTGgtaagaacct ... ccctatgtagGAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCT
EST: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCTTG GAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCTEST: gi|2431154|gb|C73574.1|C73574
genomic: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTGgtaagaacct ... ccctatgtagGAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCT
EST: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTG GAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCTEST: gi|88483829|gb|CI421100.1|CI421100
genomic: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTGgtaagaacct ... ccctatgtagGAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCT
EST: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTG GAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCTEST: gi|88846943|gb|CI005922.1|CI005922
genomic: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTGgtaagaacct ... ccctatgtagGAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCT
EST: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTG GAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCTEST: gi|3760827|gb|C98081.1|C98081
genomic: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTGgtaagaacct ... ccctatgtagGAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCT
EST: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTG GAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCTEST: gi|88254568|gb|CI353392.1|CI353392
genomic: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTGgtaagaacct ... ccctatgtagGAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCT
EST: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTG GAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCTEST: gi|88417790|gb|CI535949.1|CI535949
genomic: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTGgtaagaacct ... ccctatgtagGAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCT
EST: CTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTG GAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCTEST: gi|88223674|gb|CI223523.1|CI223523
genomic: CTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTGgtaagaacct ... ccctatgtagGAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCT
EST: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTG GAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCTEST: gi|86596215|gb|CI268515.1|CI268515
genomic: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTGgtaagaacct ... ccctatgtagGAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCT
EST: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTG GAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCTEST: gi|88517976|gb|CI445529.1|CI445529
genomic: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTGgtaagaacct ... ccctatgtagGAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCT
EST: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTG GAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCTEST: gi|88239784|gb|CI238946.1|CI238946
genomic: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTGgtaagaacct ... ccctatgtagGAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCT
EST: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTG GAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCTEST: gi|33803402|gb|CF327575.1|CF327575
genomic: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTGgtaagaacct ... ccctatgtagGAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCT
EST: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTG GAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCTEST: gi|88210483|gb|CI210332.1|CI210332
genomic: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTGgtaagaacct ... ccctatgtagGAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCT
EST: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTG GAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCTEST: gi|86495486|gb|CI138119.1|CI138119
genomic: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTGgtaagaacct ... ccctatgtagGAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCT
EST: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTG GAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCTEST: gi|88507869|gb|CI435375.1|CI435375
genomic: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTGgtaagaacct ... ccctatgtagGAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCT
EST: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTG GAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTAATGCTEST: gi|88201915|gb|CI202270.1|CI202270
genomic: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTGgtaagaacct ... ccctatgtagGAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCT
EST: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTG GAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCTEST: gi|218486117|gb|FG963040.1|FG963040
genomic: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTGgtaagaacct ... ccctatgtagGAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCT
EST: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTG GAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCTEST: gi|86845759|gb|CI347044.1|CI347044
genomic: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTGgtaagaacct ... ccctatgtagGAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCT
EST: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTG GAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCTEST: gi|88996578|gb|CI389244.1|CI389244
genomic: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTGgtaagaacct ... ccctatgtagGAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCT
EST: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGGTGTCGTG GAGGGGCGTGTAGCACCGGACAAT-AAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCTEST: gi|88985008|gb|CI011864.1|CI011864
genomic: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTGgtaagaacct ... ccctatgtagGAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCT
EST: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTG GAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCTEST: gi|117237389|gb|CT861885.1|CT861885
genomic: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTGgtaagaacct ... ccctatgtagGAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCT
EST: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTG GAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCTEST: gi|33689596|gb|CF317835.1|CF317835
genomic: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTGgtaagaacct ... ccctatgtagGAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCT
EST: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTG GAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCTEST: gi|88213076|gb|CI212740.1|CI212740
genomic: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTGgtaagaacct ... ccctatgtagGAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCT
EST: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTG GAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCTEST: gi|88262599|gb|CI366373.1|CI366373
genomic: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTGgtaagaacct ... ccctatgtagGAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCT
EST: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAAATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTG GAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCTEST: gi|88458985|gb|CI555666.1|CI555666
genomic: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTGgtaagaacct ... ccctatgtagGAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCT
EST: GTATGTCCTGATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTG GAGGGGCGTGTAGCACCGGACAAGAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCTEST: gi|86259276|gb|CI007953.1|CI007953
genomic: GTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTGgtaagaacct ... ccctatgtagGAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCT
EST: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTG GAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCT
genomic: AGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTGgtaagaacct ... ccctatgtagGAGGGGCGTGTAGCACCGGACAATAAAATTGGGAGATTCATCTCTGATGCT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGTGGAGAAGCTCCCCAATGATCTGGAAGGAATGGAATCCTCCATGGAAAAGCTGTATGTCCTTATTGACGAGATCTACAAATATGTTGATGATGTCGTGgtaagaaccttttggggcaaaattctcttatttcttatgtagtgcagtgttaaaaaggctttttccacccctatgtag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC