1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
ATCTTTAATGGAGTGTTCTTGAAGGTCAACAAAGCCACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagctaccataattacattcgagcctaatatattatatatatgcaccatcttgctattttattttgaattaccatctgttgttttactagaaatgtga...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os04g51630.3 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AAAGCCACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG GTACCCAAATTTGAAGAGTGTCCGTGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGGEST: gi|86527124|gb|CI167330.1|CI167330
genomic: AAAGCCACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagctacc ... tatgttttagGTACCCAAATTTGAAGAGTGTCCGTGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: AAAGCCACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG GTACCCAAATTTGAAGAGTGTCCGTGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGGEST: gi|29618048|gb|CB623060.1|CB623060
genomic: AAAGCCACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagctacc ... tatgttttagGTACCCAAATTTGAAGAGTGTCCGTGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: AAAGCCACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG GTACCCAAATTTGAAGAGTGTCCGTGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGGEST: gi|86899550|gb|CI327449.1|CI327449
genomic: AAAGCCACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagctacc ... tatgttttagGTACCCAAATTTGAAGAGTGTCCGTGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: AAAGCCACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG GTACCCAAATTTGAAGAGTGTCCGTGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGGEST: gi|29618050|gb|CB623062.1|CB623062
genomic: AAAGCCACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagctacc ... tatgttttagGTACCCAAATTTGAAGAGTGTCCGTGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: AAAGCCACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG GTACCCAAATTTGAAGAGTGTCCGTGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGGEST: gi|88276870|gb|CI396033.1|CI396033
genomic: AAAGCCACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagctacc ... tatgttttagGTACCCAAATTTGAAGAGTGTCCGTGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: ATATGTTGCATATGG GTACCCAAATTTGAAGAGTGTCCGTGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGGEST: gi|29641909|gb|CB646916.1|CB646916
genomic: ATATGTTGCATATGGgtaagctacc ... tatgttttagGTACCCAAATTTGAAGAGTGTCCGTGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: AAAGCCACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG GTACCCAAATTTGAAGAGTGTCCGTGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGGEST: gi|27577886|gb|CB000581.1|CB000581
genomic: AAAGCCACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagctacc ... tatgttttagGTACCCAAATTTGAAGAGTGTCCGTGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: AAAGCCACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG GTACCCAAATTTGAAGAGTGTCCGTGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGGEST: gi|27554300|gb|CA998200.1|CA998200
genomic: AAAGCCACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagctacc ... tatgttttagGTACCCAAATTTGAAGAGTGTCCGTGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: AAAGCCACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG GTACCCAAATTTGAAGAGTGTCCGTGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGGEST: gi|15847027|gb|BI795303.1|BI795303
genomic: AAAGCCACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagctacc ... tatgttttagGTACCCAAATTTGAAGAGTGTCCGTGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: CCACCATTAACATGCTGCGCA-GGTTGA-CCATATGTTGCATATGG GTACCCAAATTTGAAGAGTGTCCGTGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: CCACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagctacc ... tatgttttagGTACCCAAATTTGAAGAGTGTCCGTGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ATCTTTAATGGAGTGTTCTTGAAGGTCAACAAAGCCACCATTAACATGCTGCGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagctaccataattacattcgagcctaatatattatatatatgcaccatcttgctattttattttgaattaccatctgttgttttactagaaatgtga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC