1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
TTGACAAGACCTGGAATGCTAAGCTTTCTGATTTTGGGCTAGCAAAGCTTTTGGGCTCAGAGAGGAGTTATGTAACAACCAGAGTTATGGGGACATTTGGgttagaaattagcacccttgtaatgtgataattgtacaagacacatgaatattttgcttatgcatcttttgttctttgcag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os04g35080.1 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTGGGCTCAGAGAGGAGTTATGTAACAACCAGAGTTATGGGGACATTTGG GTACGTAGCTCCAGAGTATGCTGGTACTGGCATGTTAAATGAAACTAGTGAEST: gi|58657777|gb|CK046457.1|CK046457
genomic: TTGGGCTCAGAGAGGAGTTATGTAACAACCAGAGTTATGGGGACATTTGGgttagaaatt ... ttctttgcagGTACGTAGCTCCAGAGTATGCTGGTACTGGCATGTTAAATGAAACTAGTGA
EST: TTGGGCTCAGAGAGGAGTTATGTGGCAACCAGAGTTATGGGGACATTTGG GTACGTAGCTCCAGAGTATGCTGGTACTGGCATGTTAAATGAAACTAGTGAEST: gi|27554264|gb|CA998164.1|CA998164
genomic: TTGGGCTCAGAGAGGAGTTATGTAACAACCAGAGTTATGGGGACATTTGGgttagaaatt ... ttctttgcagGTACGTAGCTCCAGAGTATGCTGGTACTGGCATGTTAAATGAAACTAGTGA
EST: TTATGGGGACATTTGG GTACGTAGCTCCAGAGTATGCTGGTACTGGCATGTTAAATGAAACTAGTGAEST: gi|33381394|gb|CF196737.1|CF196737
genomic: TTATGGGGACATTTGGgttagaaatt ... ttctttgcagGTACGTAGCTCCAGAGTATGCTGGTACTGGCATGTTAAATGAAACTAGTGA
EST: TTGGGCTCAGAGAGGAGTTATGTAACAACCAGAGTTATGGGGACATTTGG GTACGTAGCTCCAGAGTATGCTGGTACTGGCATGTTAAATGAAACTAGTGAEST: gi|27578162|gb|CB000857.1|CB000857
genomic: TTGGGCTCAGAGAGGAGTTATGTAACAACCAGAGTTATGGGGACATTTGGgttagaaatt ... ttctttgcagGTACGTAGCTCCAGAGTATGCTGGTACTGGCATGTTAAATGAAACTAGTGA
EST: GTTATGGGGACATTTGG GTACGTAGCTCCAGAGTATGCTGGTACTGGCATGTTAAATGAAACTAGTGA
genomic: GTTATGGGGACATTTGGgttagaaatt ... ttctttgcagGTACGTAGCTCCAGAGTATGCTGGTACTGGCATGTTAAATGAAACTAGTGA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TTGACAAGACCTGGAATGCTAAGCTTTCTGATTTTGGGCTAGCAAAGCTTTTGGGCTCAGAGAGGAGTTATGTAACAACCAGAGTTATGGGGACATTTGGgttagaaattagcacccttgtaatgtgataattgtacaagacacatgaatattttgcttatgcatcttttgttctttgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG