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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCTGCCAATCAACTTGTGCATCTTCGCAATGTTGTTGAACAAATTCGTCAGGGAAGAGGTGGAAGGTTTGAGgtcagaattgaatcttttgttgtaaattatattttccaatggtgcatgtattttctctgcgggtctgttaattgtgtaacttgagccttcgatttagtga...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os04g10680.3
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86858271|gb|CI271144.1|CI271144
EST:     ATTCGTCAGGGAAGAGNTGGAAGGTTTGAG                         GATCCTAATTTTGAACGTGCACTTTTTGCAAGGCGTGCCAGTTTAATTGAC
genomic: ATTCGTCAGGGAAGAGGTGGAAGGTTTGAGgtcagaattg ... tttgggacagGATCCTAATTTTGAACGTGCACTTTTTGCAAGGCGTGCCAGTTTAATTGAC
EST: gi|86482180|gb|CI124813.1|CI124813
EST:     TTCGCAATGTTGTTGAACAAATTCGTCAGGGAAGAGGTGGAAGGTTTGAG                         GATCCTAATTTTGAACGTGCACTTTTTGCAAGGCGTGCCAGTTTAATTGAC
genomic: TTCGCAATGTTGTTGAACAAATTCGTCAGGGAAGAGGTGGAAGGTTTGAGgtcagaattg ... tttgggacagGATCCTAATTTTGAACGTGCACTTTTTGCAAGGCGTGCCAGTTTAATTGAC
EST: gi|86596969|gb|CI270765.1|CI270765
EST:     AACAANTTCGTCAGGGAAGAGGTGGAAGGTTTGAG                         GATCCTAATTTTGAACGTGCACTTTTTGCAAGGCGTGCCAGTTTAATTGAC
genomic: AACAAATTCGTCAGGGAAGAGGTGGAAGGTTTGAGgtcagaattg ... tttgggacagGATCCTAATTTTGAACGTGCACTTTTTGCAAGGCGTGCCAGTTTAATTGAC
EST: gi|86597654|gb|CI274645.1|CI274645
EST:     TTCGCAATGTTGTTGAACAAATTCGTCAGGGAAGAGGTGGAAGGTTTGAG                         GATCCTAATTTTGAACGTGCACTTTTTGCAAGGCGTGCCAGTTTAATTGAC
genomic: TTCGCAATGTTGTTGAACAAATTCGTCAGGGAAGAGGTGGAAGGTTTGAGgtcagaattg ... tttgggacagGATCCTAATTTTGAACGTGCACTTTTTGCAAGGCGTGCCAGTTTAATTGAC
EST: gi|87029704|gb|CI274385.1|CI274385
EST:     TTCGCAATGTTGTTGAACAAATTCGTCAGGGAAGAGGTGGAAGGTTTGAG                         GATCCTAATTTTGAACGTGCACTTTTTGCAAGGCGTGCCAGTTTAATTGAC
genomic: TTCGCAATGTTGTTGAACAAATTCGTCAGGGAAGAGGTGGAAGGTTTGAGgtcagaattg ... tttgggacagGATCCTAATTTTGAACGTGCACTTTTTGCAAGGCGTGCCAGTTTAATTGAC
EST: gi|87023224|gb|CI272052.1|CI272052
EST:     ATTCGTCAGGGAAGAGGTGGAAGGTTTGAG                         GATCCTAATTTTGAACGTGCACTTTTTGCAAGGCGTGCCAGTTTAATTGAC
genomic: ATTCGTCAGGGAAGAGGTGGAAGGTTTGAGgtcagaattg ... tttgggacagGATCCTAATTTTGAACGTGCACTTTTTGCAAGGCGTGCCAGTTTAATTGAC
EST: gi|86908010|gb|CI298787.1|CI298787
EST:     TTCGCAATGTTGTTGAACAAATTCGTCAGGGAAGAGGTGGAAGGTTTGAG                         GATCCTAATTTTGAACGTGCACTTTTTGCAAGGCGTGCCAGTTTAATTGAC
genomic: TTCGCAATGTTGTTGAACAAATTCGTCAGGGAAGAGGTGGAAGGTTTGAGgtcagaattg ... tttgggacagGATCCTAATTTTGAACGTGCACTTTTTGCAAGGCGTGCCAGTTTAATTGAC
EST: gi|87021046|gb|CI271853.1|CI271853
EST:     TTCGCAATGTTGTTGAACAAATACGTCAGGGAAGAGGTGGAAGGTTTGAG                         GATCCTAATTTTGAACGTGCACTTTTTGCAAGGCGTGCCAGTTTAATTGAC
genomic: TTCGCAATGTTGTTGAACAAATTCGTCAGGGAAGAGGTGGAAGGTTTGAGgtcagaattg ... tttgggacagGATCCTAATTTTGAACGTGCACTTTTTGCAAGGCGTGCCAGTTTAATTGAC
EST: gi|87021454|gb|CI274061.1|CI274061
EST:     TTCGCAATGTTGTTGAACAAATTCGTCAGGGAAGAGGTGGAAGGTTTGAG                         GATCCTAATTTTGAACGTGCACTTTTTGCAAGGCGTGCCAGTTTAATTGAC
genomic: TTCGCAATGTTGTTGAACAAATTCGTCAGGGAAGAGGTGGAAGGTTTGAGgtcagaattg ... tttgggacagGATCCTAATTTTGAACGTGCACTTTTTGCAAGGCGTGCCAGTTTAATTGAC
EST: gi|86481757|gb|CI124390.1|CI124390
EST:     TTCGCAATGTTGTTGAACAAATTCGTCAGGGAAGAGGTGGAAGGTTTGAG                         GATCCTAATTTTGAACGTGCACTTTTTGCAAGGCGTGCCAGTTTAATTGAC
genomic: TTCGCAATGTTGTTGAACAAATTCGTCAGGGAAGAGGTGGAAGGTTTGAGgtcagaattg ... tttgggacagGATCCTAATTTTGAACGTGCACTTTTTGCAAGGCGTGCCAGTTTAATTGAC
EST: gi|87015031|gb|CI273429.1|CI273429
EST:     GAACAAATTCGTCAGGGAAGAGGTGGAAGGTTTGAG                         GATCCTAATTTTGAACGTGCAC-TTTTGCAAAGGCGTGCCAGTTTAATTTG
genomic: GAACAAATTCGTCAGGGAAGAGGTGGAAGGTTTGAGgtcagaattg ... tttgggacagGATCCTAATTTTGAACGTGCACTTTTTGC-AAGGCGTGCCAGTTTAA-TTG
EST: gi|86481246|gb|CI123879.1|CI123879
EST:     GTTGTTGAACAAATTCGTCAGGGAAGAGCTGGAAGGTTTGAG                         GATCCTAATTTTGAACGTGCACTTTTTGCCAAGGCGTGCCAGTTTAATTGA
genomic: GTTGTTGAACAAATTCGTCAGGGAAGAGGTGGAAGGTTTGAGgtcagaattg ... tttgggacagGATCCTAATTTTGAACGTGCACTTTTTG-CAAGGCGTGCCAGTTTAATTGA
EST: gi|86480797|gb|CI123430.1|CI123430
EST:     TTCGCAATGTTGTTGAACAAATTCGTCAGGGAAGAGGTGGAAGGTTTGAG                         GATCCTAATTTTGAACGTGCACTTTTTGCAAGGCGTGCCAGTTTAATTGAC
genomic: TTCGCAATGTTGTTGAACAAATTCGTCAGGGAAGAGGTGGAAGGTTTGAGgtcagaattg ... tttgggacagGATCCTAATTTTGAACGTGCACTTTTTGCAAGGCGTGCCAGTTTAATTGAC
EST: gi|86437917|gb|CI119837.1|CI119837
EST:     TTCGCAATGTTGTTGAACAAATTCGTCAGGGAAGAGGTGGAAGGTCTGAG                         GATCCTAATTTTGAACGTGCACTTTTTGCAAGGCGTGCCAGTTTAATTGAC
genomic: TTCGCAATGTTGTTGAACAAATTCGTCAGGGAAGAGGTGGAAGGTTTGAGgtcagaattg ... tttgggacagGATCCTAATTTTGAACGTGCACTTTTTGCAAGGCGTGCCAGTTTAATTGAC
EST: gi|87016233|gb|CI271644.1|CI271644
EST:     TGGAAGGTTTGAG                         GATCCTAATTTTGAACGTGCACTTTTTGCAAGGCGTGCCAGTTTAATTGAC
genomic: TGGAAGGTTTGAGgtcagaattg ... tttgggacagGATCCTAATTTTGAACGTGCACTTTTTGCAAGGCGTGCCAGTTTAATTGAC
EST: gi|87034747|gb|CI189371.1|CI189371
EST:     TTCGCAATGTTGTTGAACAAATTCGTCAGGGAAGAGGTGGAAGGTTTGAG                         GATCCTAATTTTGAACGTGCACTTTTTGCAAGGCGTGCCAGTTTAATTGAC
genomic: TTCGCAATGTTGTTGAACAAATTCGTCAGGGAAGAGGTGGAAGGTTTGAGgtcagaattg ... tttgggacagGATCCTAATTTTGAACGTGCACTTTTTGCAAGGCGTGCCAGTTTAATTGAC
EST: gi|86892833|gb|CI312131.1|CI312131
EST:     AACAAATTCGTCAAGGGAAAAGGTGNAAGGTTTTGAG                         GATCCTAATTTTGAACGTGCACCTTTTTGCAAGGCGTGCCAGTTTAATTG
genomic: AACAAATTCGTC-AGGGAAGAGGTGGAAGG-TTTGAGgtcagaattg ... tttgggacagGATCCTAATTTTGAACGTGCA-CTTTTTGCAAGGCGTGCCAGTTTAATTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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TCTGCCAATCAACTTGTGCATCTTCGCAATGTTGTTGAACAAATTCGTCAGGGAAGAGGTGGAAGGTTTGAGgtcagaattgaatcttttgttgtaaattatattttccaatggtgcatgtattttctctgcgggtctgttaattgtgtaacttgagccttcgatttagtga

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