1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
AACCAGCATATTATAACTATGTCTGTGCGATGTTACTACTGAATGGCATATCACTGTTTGGATGTTTCCTTGTTGCAACTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtaaacactagcccttttgtagtatttcagtgtgatgctaattcaacatttgagagcattatttgagcaaatatttcttgttacag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os03g54920.1 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTGTTGCAACTGGAGCTGGATTTGGTTTATG GTTGTACAATCTCACCAGTGTATGTTATCATTCTCTTTACCTTCCACTTCTEST: gi|86835747|gb|CI348204.1|CI348204
genomic: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTGTTGCAACTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtaaacacta ... cttgttacagGTTGTACAATCTCACCAGTGTATGTTATCATTCTCTTTACCTTCCACTTCT
EST: TCACT-TTTGGATGTTTCCTTGTTGCAACTGGAGCTGGATTTGGTTTATG GTTGTACAATCTCACCAGTGTATGTTATCATTCTCTTTACCTTCCACTTCTEST: gi|88543335|gb|CI473334.1|CI473334
genomic: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTGTTGCAACTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtaaacacta ... cttgttacagGTTGTACAATCTCACCAGTGTATGTTATCATTCTCTTTACCTTCCACTTCT
EST: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTGTTGCAACTGGAGCTGGATTTGGTTTATG GTTGTACAATCTCACCAGTGTATGTTATCATTCTCTTTACCTTCCACTTCTEST: gi|88202487|gb|CI200842.1|CI200842
genomic: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTGTTGCAACTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtaaacacta ... cttgttacagGTTGTACAATCTCACCAGTGTATGTTATCATTCTCTTTACCTTCCACTTCT
EST: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTGTTGCAACTGGAGCTGGATTTGGTTTATG GTTGTACAATCTCACCAGTGTATGTTATCATTCTCTTTACCTTCCACTTCTEST: gi|88554329|gb|CI484502.1|CI484502
genomic: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTGTTGCAACTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtaaacacta ... cttgttacagGTTGTACAATCTCACCAGTGTATGTTATCATTCTCTTTACCTTCCACTTCT
EST: TGTTTCCTTGTTGCAACTGGAGCTGGATTTGGTTTATG GTTGTACAATCTCACCAGTGTATGTTATCATTCTCTTTACCTTCCACTTCTEST: gi|86542850|gb|CI183056.1|CI183056
genomic: TGTTTCCTTGTTGCAACTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtaaacacta ... cttgttacagGTTGTACAATCTCACCAGTGTATGTTATCATTCTCTTTACCTTCCACTTCT
EST: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTGTTGCAACTGGAGCTGGATTTGGTTTATG GTTGTACAATCTCACCAGTGTATGTTATCATTCTCTTTACCTTCCACTTCTEST: gi|87008567|gb|CI315025.1|CI315025
genomic: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTGTTGCAACTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtaaacacta ... cttgttacagGTTGTACAATCTCACCAGTGTATGTTATCATTCTCTTTACCTTCCACTTCT
EST: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTGTTGCAAC-GGAGCT-GATTTGGTTTATG GTTGTACAATCTCACCAGTGTATG-TATCATTCTCTTTACCTTCCACTTCTEST: gi|86892806|gb|CI312118.1|CI312118
genomic: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTGTTGCAACTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtaaacacta ... cttgttacagGTTGTACAATCTCACCAGTGTATGTTATCATTCTCTTTACCTTCCACTTCT
EST: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTGTTGCAACTGGAGCTGGATTTGGTTTATG GTTGTACAATCTCACCAGTGTATGTTATCATTCTCTTTACCTTCCACTTCTEST: gi|55438101|gb|CV732344.1|CV732344
genomic: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTGTTGCAACTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtaaacacta ... cttgttacagGTTGTACAATCTCACCAGTGTATGTTATCATTCTCTTTACCTTCCACTTCT
EST: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTGTTGCAACTGGAGCTGGATTTGGTTTATG GTTGTACAATCTCACCAGTGTATGTTATCATTCTCTTTACCTTCCACTTCTEST: gi|88962251|gb|CI097404.1|CI097404
genomic: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTGTTGCAACTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtaaacacta ... cttgttacagGTTGTACAATCTCACCAGTGTATGTTATCATTCTCTTTACCTTCCACTTCT
EST: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTGTTGCAACTGGAGCTGGATTTGGTTTATG GTTGTACAATCTCACCAGTGTATGTTATCATTCTCTTTACCTTCCACTTCTEST: gi|86543258|gb|CI183464.1|CI183464
genomic: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTGTTGCAACTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtaaacacta ... cttgttacagGTTGTACAATCTCACCAGTGTATGTTATCATTCTCTTTACCTTCCACTTCT
EST: CACTGTTTTGGATGTTTCCTTGTTGCAACTGGAGCTGGATTTGGTTTATG GTTGTACAATCTCACCAGTGTATGTTATCATTCTCTTTACCTTCCACTTCTEST: gi|88559941|gb|CI490561.1|CI490561
genomic: CACTG-TTTGGATGTTTCCTTGTTGCAACTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtaaacacta ... cttgttacagGTTGTACAATCTCACCAGTGTATGTTATCATTCTCTTTACCTTCCACTTCT
EST: TTTGGATGTTTCCTTGTTGCAACTGGAGCTGGATTTGGTTTATG GTTGTACAATCTCACCAGTGTATG-TANTCATTCTCTTTACCTTCCACTTCEST: gi|86863609|gb|CI345283.1|CI345283
genomic: TTTGGATGTTTCCTTGTTGCAACTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtaaacacta ... cttgttacagGTTGTACAATCTCACCAGTGTATGTTA-TCATTCTCTTTACCTTCCACTTC
EST: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTGTTGCAACTGGAGCTGGATTTGGTTTATG GTTGTACAATCTCACCAGTGTATGTTATCATTCTCTTTACCTTCCACTTCTEST: gi|88522143|gb|CI449880.1|CI449880
genomic: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTGTTGCAACTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtaaacacta ... cttgttacagGTTGTACAATCTCACCAGTGTATGTTATCATTCTCTTTACCTTCCACTTCT
EST: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTGTTGCAACTGGAGCTGGATTTGGTTTATG GTTGTACAATCTCACCAGTGTATGTTATCATTCTCTTTACCTTCCACTTCT
genomic: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTGTTGCAACTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtaaacacta ... cttgttacagGTTGTACAATCTCACCAGTGTATGTTATCATTCTCTTTACCTTCCACTTCT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AACCAGCATATTATAACTATGTCTGTGCGATGTTACTACTGAATGGCATATCACTGTTTGGATGTTTCCTTGTTGCAACTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtaaacactagcccttttgtagtatttcagtgtgatgctaattcaacatttgagagcattatttgagcaaatatttcttgttacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA