Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAATTCAGTGATCCCCGTGATGCTGATGAAGCGCGGTATAACCTAGATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGAgtaagcagttctttggttgcattcctaagcacatcctgatactaatttattttcttccttcatgtcatgctgctgctgaattgattatctgtacttttgttggctctgatgttcttttcaaaaaattgtgcatgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g17710.2
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g17710.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G099317_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
GAATTCAGTGATCCCCGTGATGCTGATGAAGCGCGGTATAACCTAGATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGAgtaagcagttctttggttgcattcctaagcacatcctgatactaatttattttcttccttcatgtcatgctgctgctgaattgattatctgtacttt--tgttggctctgat--gt-tcttttcaaaaaattgtgcatgcag
        ||| |  |||||||| |||||||| |||||  | ||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||           |||| |    ||  ||||  |  | || |||  | |||||   | || |  || | ||  | |||| || || |||| |||  | |||| | || |  || |||| |  | ||||||||| |||||
--------TGAACATCGTGATGCCGATGAAGCTCGGTACCAACTAGATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaag-----------ttgcctcttcaattacatgat--ttctgattgttattcttatcttattttttgttact--taaatt-atcatgtgtattttgatattggatttgcttagtatcttgtgtataaattgtgcttgcag

upper sequence: LOC_Os03g17710.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G099317_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 4
GAATTCAGTGATCCCCGTGATGCTGATGAAGCGCGGTATAACCTAGATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGAgtaagcagttctttggttgcattcctaagcacatcctgatactaatttattttcttccttcatgtcatgctgctgctgaattgattatctgtacttt--tgttggctctgat--gt-tcttttcaaaaaattgtgcatgcag
|| |||||||| |  |||||||| |||||||| |||||  | ||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||           |||| |    ||  ||||  |  | || |||  | |||||   | || |  || | ||  | |||| || || |||| |||  | |||| | || |  || |||| |  | ||||||||| |||||
GAGTTCAGTGAACATCGTGATGCCGATGAAGCTCGGTACCAACTAGATGGCAGGGATGTCGATGGAAGTCGCATTGTTGTTGAGTTTGCTAAAGGGgtaag-----------ttgcctcttcaattacatgat--ttctgattgttattcttatcttattttttgttact--taaatt-atcatgtgtattttgatattggatttgcttagtatcttgtgtataaattgtgcttgcag

upper sequence: LOC_Os03g17710.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA03G33260.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
GAATTCAGTGATCCCCGTGATGCTGATGAAGCGCGGTATAACCTAGATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGAgtaagcagttctttggttgcattcctaagcacatcctgatactaatttattttcttccttcatgtcatgctgctgctgaattgattatctgtacttttgttggctctgatgttcttttcaaaaaattgtgcatgcag
|| || |||||||| || ||||||||||| ||  | |||||| | |||||  |||||||||||||||| || ||| |||| || ||||| ||||| ||| | |   ||||  |   | |  || | | ||  | | | || ||   |   |    |   |   || |  || |  |||  ||   | |  | || || |   || |||    |    |    | |  |  |||
GATTTTAGTGATCCTCGAGATGCTGATGATGCAAGATATAACTTGGATGGTCGGGATGTTGATGGAAGTCGTATTATTGTGGAATTTGCAAAAGGGgtatgaaacactttaatacaagttttatg-atattattacaatagtt--gtacatggacttgggaactgtttttgttagattatttgcattttatatt-tttgtattgttgtctgatcatcacttgtttttaatcag

upper sequence: LOC_Os03g17710.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA19G35980.3 (Glycine max), 5'ss of exon 4
GAATTCAGTGATCCCCGTGATGCTGATGAAGCGCGGTATAACCTAGATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGAgtaagcagttctttggttgcattcctaagcacatcctgatactaatttattttcttccttcatgtcatgctgctgctgaattgattatctgtacttt--tgttggctctgatgttcttttcaaaaaattgtgcatgcag
|| || |||||||| || ||||||||||| ||  | |||||||| |||||  |||||||||||||||| || ||| |||| || ||||| ||||| ||| | |    ||   |   | |  || | | ||  | | | || ||   |   |    |   |   || |  || |  |||  | ||||| |||||  | || |   |  |||    |    |    | |  |  |||
GATTTTAGTGATCCTCGAGATGCTGATGATGCAAGATATAACCTGGATGGTCGGGATGTTGATGGAAGTCGGATTATTGTGGAATTTGCAAAAGGGgtaggaaacatttccatacaagttttatg-atatttttacaatagtt--gtacatagacttgggcactgtttttggtagatt--taatctgcactttaatatttgtatttttgtctgatgttcacttgtttttaatcag

upper sequence: LOC_Os03g17710.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv08s0040g02860.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
GAATTCAGTGATCCCCGTGATGCTGATGAAGCGCGGTATAACCTAGATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGAgtaagcagttctttggttgcattcctaagcacatcctgatactaatttattttcttccttcatgtcatgctgctgctgaattgat-tatctgtacttttgttggctctg-atgttcttttcaaaaaattgtgcatgcag
||||||||||||||||| ||||||||||| ||  | |||||| || ||||  | ||| |||||||||| || ||  |||| || ||||| ||||| |||||       |||  || | |   |   || | |||  ||||| ||           | |   |||| |  || || |   ||  | || |        |||||||| |||     ||                   
GAATTCAGTGATCCCCGAGATGCTGATGATGCAAGATATAACTTAAATGGACGAGATTTTGATGGAAGTCGTATCATTGTGGAATTTGCGAAAGGGgtaag-------ttgtgtgaactttca--tactttctgtgactaaatt-----------tgagaacatgtttatgttggaagtatgcaactcttaaccaaatggctctggatgaatgctt-------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33654664|gb|CF277278.1|CF277278
EST:     ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTACTAAAGGA                         GTTCCACGTGGTGCTGCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGNAGAGGACC
genomic: ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGAgtaagcagtt ... gtgcatgcagGTTCCACGTGGTGCTGCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGG-AGAGGACC
EST: gi|88422877|gb|CI615177.1|CI615177
EST:     ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGA                         GTTCCACGTGGTGCTGCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGG
genomic: ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGAgtaagcagtt ... gtgcatgcagGTTCCACGTGGTGCTGCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGG
EST: gi|58673537|gb|CK062223.1|CK062223
EST:     ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGA                         GTTCCACGTGGTGCTGCTGGTGGTTCACGTGAATCTATGGGGAGAGGACCT
genomic: ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGAgtaagcagtt ... gtgcatgcagGTTCCACGTGGTGCTGCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCT
EST: gi|58602955|gb|CK013483.1|CK013483
EST:     ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGA                         GTTCCACGTGGTGCTGCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCT
genomic: ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGAgtaagcagtt ... gtgcatgcagGTTCCACGTGGTGCTGCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCT
EST: gi|58653740|gb|CK042420.1|CK042420
EST:     ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGA                         GTTCCACGTGGTGCTGCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCT
genomic: ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGAgtaagcagtt ... gtgcatgcagGTTCCACGTGGTGCTGCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCT
EST: gi|88573286|gb|CI664857.1|CI664857
EST:     ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGA                         GTTCCACGTGGTGCTGCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCT
genomic: ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGAgtaagcagtt ... gtgcatgcagGTTCCACGTGGTGCTGCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCT
EST: gi|33654208|gb|CF276822.1|CF276822
EST:     ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGA                         GTTCCACGTGGTGCTGCTGGTGGTTCACGTGAATATAT
genomic: ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGAgtaagcagtt ... gtgcatgcagGTTCCACGTGGTGCTGCTGGTGGTTCACGTGAATATAT
EST: gi|88327495|gb|CI646681.1|CI646681
EST:     ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTNGAGTTTGCTAAAGGA                         GTTCCACGTGGTGCTGCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCT
genomic: ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGAgtaagcagtt ... gtgcatgcagGTTCCACGTGGTGCTGCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCT
EST: gi|218497275|gb|FG960321.1|FG960321
EST:     ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGA                         GTTCCACGTGGTGCTGCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCT
genomic: ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGAgtaagcagtt ... gtgcatgcagGTTCCACGTGGTGCTGCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCT
EST: gi|88572064|gb|CI663635.1|CI663635
EST:     ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGA                         GTTCCACGTGGTGCTGCTG
genomic: ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGAgtaagcagtt ... gtgcatgcagGTTCCACGTGGTGCTGCTG
EST: gi|109974555|gb|DT806973.1|DT806973
EST:     ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGA                         GTTCCACGTGGTGCTGCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAAGACCT
genomic: ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGAgtaagcagtt ... gtgcatgcagGTTCCACGTGGTGCTGCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCT
EST: gi|88349704|gb|CI632839.1|CI632839
EST:     ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGA                         GTTCCACGTGGTGCTGCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCT
genomic: ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGAgtaagcagtt ... gtgcatgcagGTTCCACGTGGTGCTGCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCT
EST: gi|58674796|gb|CK063483.1|CK063483
EST:     ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGA                         GTTCCACGTGGTGCTGCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCT
genomic: ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGAgtaagcagtt ... gtgcatgcagGTTCCACGTGGTGCTGCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCT
EST: gi|117220967|gb|CT861417.1|CT861417
EST:     ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGA                         GTTCCACGTGGTGCTGCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCT
genomic: ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGAgtaagcagtt ... gtgcatgcagGTTCCACGTGGTGCTGCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCT
EST: gi|88720424|gb|CI743723.1|CI743723
EST:     ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATCCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGA                         GTTCCACGTGGTGCTGCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCT
genomic: ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGAgtaagcagtt ... gtgcatgcagGTTCCACGTGGTGCTGCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCT
EST: gi|218481184|gb|FG968534.1|FG968534
EST:     ATGGCA-GGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGA                         G-TCCACGTGGTGCTGCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCT
genomic: ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGAgtaagcagtt ... gtgcatgcagGTTCCACGTGGTGCTGCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCT
EST: gi|88424660|gb|CI606459.1|CI606459
EST:     ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGA                         GTTCCACGTGGTGCTACTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCT
genomic: ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGAgtaagcagtt ... gtgcatgcagGTTCCACGTGGTGCTGCTGGTGGTTCACGTGAATATATGGGGAGAGGACCT
EST: gi|88342002|gb|CI644339.1|CI644339
EST:     ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGA                         GTTCCACGTGGTGCTGCTGGTGGTTCACGTGAAT
genomic: ATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGAgtaagcagtt ... gtgcatgcagGTTCCACGTGGTGCTGCTGGTGGTTCACGTGAAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAATTCAGTGATCCCCGTGATGCTGATGAAGCGCGGTATAACCTAGATGGCAGGGATGTTGATGGAAGCCGCATTCTTGTTGAGTTTGCTAAAGGAgtaagcagttctttggttgcattcctaagcacatcctgatactaatttattttcttccttcatgtcatgctgctgctgaattgattatctgtacttttgttggctctgatgttcttttcaaaaaattgtgcatgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG