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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAGgtatgtgttccctaccatatttctgtgcatattacagtattaaattcatgtatgtttacatattctgttggctttgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g14450.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88426468|gb|CI576710.1|CI576710
EST:     GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG                         GACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
genomic: GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAGgtatgtgttc ... ggctttgcagGACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
EST: gi|88301205|gb|CI594731.1|CI594731
EST:     GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG                         GACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
genomic: GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAGgtatgtgttc ... ggctttgcagGACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
EST: gi|58661980|gb|CK050660.1|CK050660
EST:     GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATCGGCAAG                         GACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
genomic: GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAGgtatgtgttc ... ggctttgcagGACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
EST: gi|5701699|gb|AU063506.2|AU063506
EST:     GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG                         GACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
genomic: GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAGgtatgtgttc ... ggctttgcagGACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
EST: gi|88695201|gb|CI739239.1|CI739239
EST:     GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG                         GACCCTACAGAACAG
genomic: GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAGgtatgtgttc ... ggctttgcagGACCCTACAGAACAG
EST: gi|13895987|gb|AU182323.1|AU182323
EST:     GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG                         GACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
genomic: GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAGgtatgtgttc ... ggctttgcagGACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
EST: gi|88351968|gb|CI625968.1|CI625968
EST:     GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG                         GACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
genomic: GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAGgtatgtgttc ... ggctttgcagGACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
EST: gi|117233450|gb|CT848145.1|CT848145
EST:     GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATCGGCAAG                         GACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
genomic: GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAGgtatgtgttc ... ggctttgcagGACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
EST: gi|88352980|gb|CI630158.1|CI630158
EST:     GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG                         GACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTC
genomic: GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAGgtatgtgttc ... ggctttgcagGACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTC
EST: gi|88315321|gb|CI613590.1|CI613590
EST:     GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG                         GACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAAGTGGAT
genomic: GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAGgtatgtgttc ... ggctttgcagGACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
EST: gi|4878131|gb|AU062430.1|AU062430
EST:     GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG                         GACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACA
genomic: GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAGgtatgtgttc ... ggctttgcagGACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACA
EST: gi|88427267|gb|CI586815.1|CI586815
EST:     GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG                         GACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
genomic: GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAGgtatgtgttc ... ggctttgcagGACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
EST: gi|88430123|gb|CI565136.1|CI565136
EST:     GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG                         GACCCTACAGAACAGA
genomic: GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAGgtatgtgttc ... ggctttgcagGACCCTACAGAACAGA
EST: gi|27553945|gb|CA997845.1|CA997845
EST:     GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG                         GACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
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EST: gi|88744176|gb|CI767536.1|CI767536
EST:     GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG                         GACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGG
genomic: GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAGgtatgtgttc ... ggctttgcagGACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGG
EST: gi|88443516|gb|CI596983.1|CI596983
EST:     GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG                         GACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
genomic: GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAGgtatgtgttc ... ggctttgcagGACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
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EST:     GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG                         GACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
genomic: GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAGgtatgtgttc ... ggctttgcagGACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
EST: gi|88360198|gb|CI610312.1|CI610312
EST:     GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG                         GACCCTACAGAACAGAC
genomic: GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAGgtatgtgttc ... ggctttgcagGACCCTACAGAACAGAC
EST: gi|88388974|gb|CI595208.1|CI595208
EST:     GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG                         GACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
genomic: GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAGgtatgtgttc ... ggctttgcagGACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
EST: gi|88425382|gb|CI567102.1|CI567102
EST:     GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG                         GACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
genomic: GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAGgtatgtgttc ... ggctttgcagGACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
EST: gi|56158086|gb|C72608.2|C72608
EST:     GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG                         GACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCA-CTGGAT
genomic: GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAGgtatgtgttc ... ggctttgcagGACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
EST: gi|88300608|gb|CI587412.1|CI587412
EST:     GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG                         GACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
genomic: GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAGgtatgtgttc ... ggctttgcagGACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
EST: gi|88398014|gb|CI585517.1|CI585517
EST:     GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG                         GACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
genomic: GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAGgtatgtgttc ... ggctttgcagGACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
EST: gi|88724710|gb|CI747969.1|CI747969
EST:     GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG                         GACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
genomic: GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAGgtatgtgttc ... ggctttgcagGACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
EST: gi|88728882|gb|CI752392.1|CI752392
EST:     GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG                         GACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAAC
genomic: GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAGgtatgtgttc ... ggctttgcagGACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAAC
EST: gi|88393823|gb|CI621318.1|CI621318
EST:     GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG                         GACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
genomic: GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAGgtatgtgttc ... ggctttgcagGACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
EST: gi|58600258|gb|CK010786.1|CK010786
EST:     GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATCGGCAAG                         GACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
genomic: GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAGgtatgtgttc ... ggctttgcagGACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
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EST:     GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG                         GACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCA
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EST: gi|88388874|gb|CI592762.1|CI592762
EST:     GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG                         GACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
genomic: GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAGgtatgtgttc ... ggctttgcagGACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
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EST:     GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG                         GACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
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EST:     GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG                         GACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
genomic: GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAGgtatgtgttc ... ggctttgcagGACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
EST: gi|4880550|gb|AU064849.1|AU064849
EST:     GCTGTTGACANTGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG                         GACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
genomic: GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAGgtatgtgttc ... ggctttgcagGACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
EST: gi|88696367|gb|CI739942.1|CI739942
EST:     GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG                         GACCCTACAGAACAGAC
genomic: GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAGgtatgtgttc ... ggctttgcagGACCCTACAGAACAGAC
EST: gi|88354348|gb|CI624738.1|CI624738
EST:     GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGG-AAG                         GACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
genomic: GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAGgtatgtgttc ... ggctttgcagGACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
EST: gi|88721933|gb|CI743445.1|CI743445
EST:     GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG                         GACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
genomic: GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAGgtatgtgttc ... ggctttgcagGACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
EST: gi|88370957|gb|CI595069.1|CI595069
EST:     GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG                         GACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCAT
genomic: GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAGgtatgtgttc ... ggctttgcagGACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCAT
EST: gi|88421393|gb|CI569238.1|CI569238
EST:     GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG                         GACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACA-CTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
genomic: GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAGgtatgtgttc ... ggctttgcagGACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
EST: gi|88424448|gb|CI608034.1|CI608034
EST:     GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG                         GACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
genomic: GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAGgtatgtgttc ... ggctttgcagGACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
EST: gi|88571245|gb|CI662618.1|CI662618
EST:     GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG                         GACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
genomic: GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAGgtatgtgttc ... ggctttgcagGACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
EST: gi|4879156|gb|AU063455.1|AU063455
EST:     GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTNGATTGGCAAG                         GACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACA
genomic: GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATT-GATTGGCAAGgtatgtgttc ... ggctttgcagGACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACA
EST: gi|88724437|gb|CI747696.1|CI747696
EST:     GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG                         GACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
genomic: GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAGgtatgtgttc ... ggctttgcagGACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
EST: gi|88424498|gb|CI608084.1|CI608084
EST:     GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG                         GACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
genomic: GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAGgtatgtgttc ... ggctttgcagGACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
EST: gi|27553947|gb|CA997847.1|CA997847
EST:     GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG                         GACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
genomic: GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAGgtatgtgttc ... ggctttgcagGACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
EST: gi|88300718|gb|CI589710.1|CI589710
EST:     GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG                         GACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
genomic: GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAGgtatgtgttc ... ggctttgcagGACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
EST: gi|32947868|gb|BP184440.1|BP184440
EST:     GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG                         GACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
genomic: GCTGTTGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAGgtatgtgttc ... ggctttgcagGACCCTACAGAACAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGGAT
EST: gi|88726581|gb|CI750236.1|CI750236
EST:     GCTGTCGACAATGTGAACTCTATTATTGGACCAGCATTGATTGGCAAG                         GACCCTACAGAAGAGACTGTCATTGACAACTTCATGGTTCAGCAACTGG
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