1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
TTTATCCAAGAGTACTGAGGTGATGAAACTTGTCAATAACCTTATGAAAGCACCAGAGGTGGCTGCCACCATGCAGGAATTCAGCAAAGAGATGACCAAGgtatggattatgaaatgatcacatctcttccaaaggtttttcttgtcctgtatgcccatactagttcttacttcctgattgctgtggtgtag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os03g01810.1 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CATGCAGG-ATTCAGCAAAGAGATGACCAAG GCTGGTGTAATGGAAGAAATGGTGAACGATGCTGTGGATTCAGCGCTGGACEST: gi|27547715|gb|CA767395.2|CA767395
genomic: CATGCAGGAATTCAGCAAAGAGATGACCAAGgtatggatta ... tgtggtgtagGCTGGTGTAATGGAAGAAATGGTGAACGATGCTGTGGATTCAGCGCTGGAC
EST: CACCAGAGGTGGCTGCCACCATGCAGGAATTCAGCAAAGAGATGACCAAG GCTGGTGTAATGGAAGAAATGGTGAACGATGCTGTGGATTCAGCGCTGGACEST: gi|218480097|gb|FG955250.1|FG955250
genomic: CACCAGAGGTGGCTGCCACCATGCAGGAATTCAGCAAAGAGATGACCAAGgtatggatta ... tgtggtgtagGCTGGTGTAATGGAAGAAATGGTGAACGATGCTGTGGATTCAGCGCTGGAC
EST: CACCAGAGGTGGCTGCCACCATGCAGGAATTCAGCAAAGAGATGACCAAG GCTGGTGTAATGGAAGAAATGGTGAACGATGCTGTGGATTCAGCGCTGGACEST: gi|86493096|gb|CI135729.1|CI135729
genomic: CACCAGAGGTGGCTGCCACCATGCAGGAATTCAGCAAAGAGATGACCAAGgtatggatta ... tgtggtgtagGCTGGTGTAATGGAAGAAATGGTGAACGATGCTGTGGATTCAGCGCTGGAC
EST: CACCAGAGGTGGCTGCCACCATGCAGGAATTCAGCAAAGAGATGACCAAG GCTGGTGTAATGGAAGAAATGGTGAACGATGCTGTGGATTCAGCGCTGGACEST: gi|88979017|gb|CI025535.1|CI025535
genomic: CACCAGAGGTGGCTGCCACCATGCAGGAATTCAGCAAAGAGATGACCAAGgtatggatta ... tgtggtgtagGCTGGTGTAATGGAAGAAATGGTGAACGATGCTGTGGATTCAGCGCTGGAC
EST: CACCAGAGGTGGCTGCCACCATGCAGGAATTCAGCAAAGAGATGACCAAG GCTGGTGTAATGGAAGAAATGGTGAACGATGCTGTGGATTCAGCGCTGGACEST: gi|55439582|gb|CV733101.1|CV733101
genomic: CACCAGAGGTGGCTGCCACCATGCAGGAATTCAGCAAAGAGATGACCAAGgtatggatta ... tgtggtgtagGCTGGTGTAATGGAAGAAATGGTGAACGATGCTGTGGATTCAGCGCTGGAC
EST: CACCAGAGGTGGCTGCCACCATGCAGGAATTCAGCAAAGAGATGACCAAG GCTGGTGTAATGGAAGAAATGGTGAACGATGCTGTGGATTCAGCGCTGGACEST: gi|112785790|gb|EE591423.1|EE591423
genomic: CACCAGAGGTGGCTGCCACCATGCAGGAATTCAGCAAAGAGATGACCAAGgtatggatta ... tgtggtgtagGCTGGTGTAATGGAAGAAATGGTGAACGATGCTGTGGATTCAGCGCTGGAC
EST: CACCAGAGGTGGCTGCCACCATGCAGGAATTCAGCAAAGAGATGACCAAG GCTGGTGTAATGGAAGAAATGGTGAACGATGCTGTGGATTCAGCGCTGGACEST: gi|33666695|gb|CF297662.1|CF297662
genomic: CACCAGAGGTGGCTGCCACCATGCAGGAATTCAGCAAAGAGATGACCAAGgtatggatta ... tgtggtgtagGCTGGTGTAATGGAAGAAATGGTGAACGATGCTGTGGATTCAGCGCTGGAC
EST: CACCAGAGGTGGCTGCCACCATGCAGGAATTCAGCAAAGAGATGACCAAG GCTGGTGTAATGGAAGAAATGGTGAACGATGCTGTGGATTCAGCGCTGGACEST: gi|86542982|gb|CI183188.1|CI183188
genomic: CACCAGAGGTGGCTGCCACCATGCAGGAATTCAGCAAAGAGATGACCAAGgtatggatta ... tgtggtgtagGCTGGTGTAATGGAAGAAATGGTGAACGATGCTGTGGATTCAGCGCTGGAC
EST: GGAATTCAGCAAAGAGATGACCAAG GCTGGTGTAATGGAAGAAATGGTGAACGATGCTGTGGATTCAGCGCTGGAC
genomic: GGAATTCAGCAAAGAGATGACCAAGgtatggatta ... tgtggtgtagGCTGGTGTAATGGAAGAAATGGTGAACGATGCTGTGGATTCAGCGCTGGAC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TTTATCCAAGAGTACTGAGGTGATGAAACTTGTCAATAACCTTATGAAAGCACCAGAGGTGGCTGCCACCATGCAGGAATTCAGCAAAGAGATGACCAAGgtatggattatgaaatgatcacatctcttccaaaggtttttcttgtcctgtatgcccatactagttcttacttcctgattgctgtggtgtag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG