1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
GCATTATCTCATTGTTTCTGCTGTCACAAACCTTTTGGTTAATTTACTTGGTGTTTGGTTCTTTCGGAGCTATGCTCGTGTTAACATAGgtaagtactccagtatccaatccagagtcacctcttgtacagatgccagtgtatacatatctaaaatctaagtttcacaatcgaaacatcattgatcaattgttgtctattaatgccag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g58580.1 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTCTTTCGGGAGCTATGCTCGTGTTAACCATAG TTTACAGGAAAGCAGAGGATATGAATTATCACTCTGTATGTTTGCATGTTEST: gi|29661174|gb|CB657449.1|CB657449
genomic: TTCTTTC-GGAGCTATGCTCGTGTTAA-CATAGgtaagtactc ... ttaatgccagTTTACAGGAAAGCAGAGGATATGAATTATCACTCTGTATGTTTGCATGTT
EST: TAATTTACTTGGTGTTTGGTTCTTTCGGAGCTATGCTCGTGTTAACATAG TTTACAGGAAAGCAGAGGATATGAATTATCACTCTGTATGTTTGCATGTTC
genomic: TAATTTACTTGGTGTTTGGTTCTTTCGGAGCTATGCTCGTGTTAACATAGgtaagtactc ... ttaatgccagTTTACAGGAAAGCAGAGGATATGAATTATCACTCTGTATGTTTGCATGTTC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GCATTATCTCATTGTTTCTGCTGTCACAAACCTTTTGGTTAATTTACTTGGTGTTTGGTTCTTTCGGAGCTATGCTCGTGTTAACATAGgtaagtactccagtatccaatccagagtcacctcttgtacagatgccagtgtatacatatctaaaatctaagtttcacaatcgaaacatcattgatcaattgttgtctattaatgccag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT