Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGGTGGTTACATTGCTGGAGTCTTCTGTGCCATTGTCTCTCATCCAGCTGACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgtcttctactaataaaacccattatgtgcaagttttatttcttatcttgatgttactttcatgttggttgactgcatatgaaagttgcattt...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g52860.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g52860.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G015401_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
TGGTGGTTACATTGCTGGAGTCTTCTGTGCCATTGTCTCTCATCCAGCTGACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgtcttct-actaataaaacccattatgtgcaagttttatttcttatcttgatgttactttcatgttggttgactgcatatgaaagttgcattt
|||||||||| |||| || ||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||| | || |||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||  || ||  |  | |  ||||       |  | |     || | | ||  ||  || ||| |    |     || |          
TGGTGGTTACGTTGCCGGTGTCTTCTGTGCTATTGTTTCTCACCCGGCTGACAACCTTGTGTCTTTCCTGAACAATGCCAAGGGAGCTACAGTGGGAGATgtaagcatatattcttgctcatgca-tcaaacatgtatcgacgtcttgtacctactagctattggttatatattgttgctatattcttgcag---------

upper sequence: LOC_Os02g52860.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G060630_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
TGGTGGTTACATTGCTGGAGTCTTCTGTGCCATTGTCTCTCATCCAGCTGACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgtcttctactaataaaacccattatgtgcaagttttatttcttatcttgatgttactttcatgttggttgactgcatatgaaagttgcattt
|||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| || || || ||| | || |||||| ||||||| |||||||  ||||| || || |||||||| || | ||||     |      ||  | |      |||| ||  |   |||  | ||  ||  |  |||  |  || ||| |  |          
TGGTGGTTACATTGCTGGTGTCTTCTGTGCTATTGTTTCTCACCCGGCCGATAACCTTGTGTCTTTCCTGAACAATGCCAAGGATGCTACTGTTGGCGATgtaagtatatattcttgcttt----tgcagcaggcatgcattttcttgttgtgcttactatttgttatacattg--tcgctacatttttacag-------

upper sequence: LOC_Os02g52860.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G152827_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
TGGTGGTTACATTGCTGGAGTCTTCTGTGCCATTGTCTCTCATCCAGCTGACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgtcttct-actaataaaacccat-tatgtgcaagttttatttcttatcttgatgttactttcatgttggttgactgcatatgaaagttgcattt
||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||| | || |||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||  || ||  | |  |  | | |  | || || |  ||   || | | ||  ||  || ||| |    |     || |          
TGGTGGTTACATTGCCGGTGTCTTCTGTGCTATTGTTTCTCACCCGGCTGACAACCTTGTGTCTTTCCTGAACAATGCCAAGGGAGCTACAGTGGGAGATgtaagcatatattcttgctcatgcatcaaacatgtatctacgtcttgtaccta--ctagctattggttatatattgttgctatattcttgcag---------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116875543|gb|EC366051.1|EC366051
EST:     ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT                         GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: gi|88246899|gb|CI244676.1|CI244676
EST:     TACAGTGGGTGAT                         GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
genomic: TACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: gi|163929346|gb|EG713771.1|EG713771
EST:     ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGTGTGAT                         GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCT
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCT
EST: gi|38473055|gb|CF957187.1|CF957187
EST:     ACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT                         GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
genomic: ACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: gi|88958658|gb|CI096173.1|CI096173
EST:     GGGAGCTACAGTGGGTGAT                         GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
genomic: GGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: gi|4716135|gb|AU057251.1|AU057251
EST:     ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT                         GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: gi|86600207|gb|CI355964.1|CI355964
EST:     CAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT                         GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
genomic: CAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: gi|29628300|gb|CB633311.1|CB633311
EST:     ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT                         GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: gi|88908416|gb|CI091009.1|CI091009
EST:     GGGAGCTACAGTGGGTGAT                         GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
genomic: GGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: gi|58607960|gb|CK035993.1|CK035993
EST:     ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT                         GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: gi|29677044|gb|CB673319.1|CB673319
EST:     ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT                         GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: gi|218484707|gb|FG949606.1|FG949606
EST:     ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT                         GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: gi|88249127|gb|CI248976.1|CI248976
EST:     ACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT                         GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
genomic: ACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: gi|24468918|gb|CA305867.1|CA305867
EST:     ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAATGGGTGAT                         GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: gi|163928501|gb|EG711386.1|EG711386
EST:     ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT                         GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: gi|58663733|gb|CK052419.1|CK052419
EST:     TTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT                         GCTGTTAAAAAGCTTGGTC-TTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
genomic: TTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: gi|218505349|gb|FG953708.1|FG953708
EST:     ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT                         GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: gi|88990479|gb|CI107876.1|CI107876
EST:     GAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT                         GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGNCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
genomic: GAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: gi|89194306|gb|CI116743.1|CI116743
EST:     ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT                         GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: gi|86494238|gb|CI136871.1|CI136871
EST:     ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT                         GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: gi|27576228|gb|CA998922.1|CA998922
EST:     GAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT                         GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
genomic: GAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: gi|58686911|gb|CK075598.1|CK075598
EST:     ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT                         GCTGTTAAAAAGCTTGGT
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGT
EST: gi|89198437|gb|CI007497.1|CI007497
EST:     GGAGCTACAGTGGGTGAT                         GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
genomic: GGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: gi|58680384|gb|CK069071.1|CK069071
EST:     ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT                         GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: gi|14981582|gb|BI306260.1|BI306260
EST:     ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT                         GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: gi|66913316|gb|CX100164.1|CX100164
EST:     ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT                         GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: gi|29658502|gb|CB654777.1|CB654777
EST:     ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT                         GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: gi|2427781|gb|C72244.1|C72244
EST:     ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT                         GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: gi|116874996|gb|EC365504.1|EC365504
EST:     ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT                         GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: gi|88967755|gb|CI097997.1|CI097997
EST:     ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT                         GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: gi|11025863|gb|AU162464.1|AU162464
EST:     ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT                         GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: gi|29630080|gb|CB635089.1|CB635089
EST:     ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT                         GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: gi|86593967|gb|CI260196.1|CI260196
EST:     ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT                         GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: gi|218500946|gb|FG958841.1|FG958841
EST:     ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT                         GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCC-TTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: gi|86832581|gb|CI345015.1|CI345015
EST:     TCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT                         GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
genomic: TCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: gi|89168106|gb|CI109310.1|CI109310
EST:     CAAGGGAGCGACAGTGGGTGAT                         GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
genomic: CAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: gi|218501146|gb|FG957968.1|FG957968
EST:     ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAAGGAGCTACAGTGGGTGAT                         GCTGTTAAAAAGCT-GGTCTTTG
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTG
EST: gi|163929256|gb|EG713081.1|EG713081
EST:     ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGTGTGAT                         GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCC
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCC
EST: gi|86513485|gb|CI156118.1|CI156118
EST:     ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT                         GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: gi|116875503|gb|EC366011.1|EC366011
EST:     ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT                         GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTT
EST: gi|38470606|gb|CF954737.1|CF954737
EST:     ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGAT                         GCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCA
genomic: ACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 44 (upstream exon), 75 (downstream exon)
Score: 78

TGGTGGTTACATTGCTGGAGTCTTCTGTGCCATTGTCTCTCATCCAGCTGACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgt ... attatcacagGCTGTTAAAAAGCTTGGTCTTTGGGGCCTTTTCACTAGAGGACTGCCCCTTCGTATTGTTATGATTGGAACTCTTACTGGTGCTCAATGGGGTATTTATG




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGGTGGTTACATTGCTGGAGTCTTCTGTGCCATTGTCTCTCATCCAGCTGACAACTTGGTCTCTTTCTTGAACAACGCCAAGGGAGCTACAGTGGGTGATgtaagcatgtcttctactaataaaacccattatgtgcaagttttatttcttatcttgatgttactttcatgttggttgactgcatatgaaagttgcattt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aataaaa