Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGTCTTTTTATTATGGGTTGTCTGATGAGGAATTGGTCCATGTTCATGATTATAACTTTGATCATCCAGgtatgatgcatattcctaagaagtttgcctaagtatgctggtgactagagctgtgcactgattttggtgctactgctgctgtccttatttcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g17320.3
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g17320.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G034143_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
GAGTCTTTTTATTATGGGTTGTCTGATGAGGAATTGGTCCATGTTCATGATTATAACTTTGATCATCCAGgtatgatgcatattcctaagaagtttgc-ctaagtatgctggtgactagagctgtgcactgattttggtgctactgctg-ctgtccttatttcag
||||| ||||||||||| ||| | ||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||   || |||  |   |  |   ||    | | ||| || ||  | |||| | |||||||| | || ||||    ||  || | | ||||||||
GAGTCCTTTTATTATGGATTGACGGATGAAGAATTAGTCCATGTTCATGATTATAATTTTGATCATCCAGgtcgaattcatccttacacaagaattatatttactatcctagtcccaagagttctgcactgaatgtgctgctgtatctatcttttcctatttcag

upper sequence: LOC_Os02g17320.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G169462_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
GAGTCTTTTTATTATGGGTTGTCTGATGAGGAATTGGTCCATGTTCATGATTATAACTTTGATCATCCAGgtatgatgcatattcctaagaagtttgccta-agtatgctggtgact---agagctgtgcactgattttggtgctactgctgctgtccttatttcag
||||| ||||||||||| ||| | ||||| ||||| || ||||| ||| |||||||||||||||||||||||  ||| |||  | | |  |   ||   |  | | | ||  |  |    |||| | |||||||| |    |||| |||   || | | ||||||||
GAGTCCTTTTATTATGGATTGACGGATGAAGAATTAGTACATGTCCATAATTATAACTTTGATCATCCAGgt-cgattcatccttccacaagaattatatgtactgtcctactagccccaagagttctgcactgaat---atgctgctgtgtcttttcctatttcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29643325|gb|CB648332.1|CB648332
EST:     GTCTGATGAGGAATTGGTCCATGTTCATGATTATAACTTTGATCATCCAG                         ATGCATTTGATACGGAGTTACTACTCTCTTGTATGGAGAACTTGAAACATG
genomic: GTCTGATGAGGAATTGGTCCATGTTCATGATTATAACTTTGATCATCCAGgtatgatgca ... cttatttcagATGCATTTGATACGGAGTTACTACTCTCTTGTATGGAGAACTTGAAACATG
EST: gi|44678675|gb|CR292109.1|CR292109
EST:     GTCTGATGAGGAATTGGTCCATGTTCATGATTATAACTTTGATCATCCAG                         ATGCATTTGATACGGAGTTACTACTCTCTTGTATGGAGAACTTGAAACATG
genomic: GTCTGATGAGGAATTGGTCCATGTTCATGATTATAACTTTGATCATCCAGgtatgatgca ... cttatttcagATGCATTTGATACGGAGTTACTACTCTCTTGTATGGAGAACTTGAAACATG
EST: gi|33799739|gb|CF325735.1|CF325735
EST:     GTCTGATGAGGAATTGGTCCATGTTCATGATTATAACTTTGATCATCCAG                         ATGCATTTGATACGGAGTTACTACTCTCTTGTATGGAGAACTTGAAACATG
genomic: GTCTGATGAGGAATTGGTCCATGTTCATGATTATAACTTTGATCATCCAGgtatgatgca ... cttatttcagATGCATTTGATACGGAGTTACTACTCTCTTGTATGGAGAACTTGAAACATG
EST: gi|33794950|gb|CF323355.1|CF323355
EST:     TGATCATCCAG                         ATGCATTTGATACGGAGTTACTACTCTCTTGTATGGAGAACTTGAAACATG
genomic: TGATCATCCAGgtatgatgca ... cttatttcagATGCATTTGATACGGAGTTACTACTCTCTTGTATGGAGAACTTGAAACATG
EST: gi|58591679|gb|CF989987.1|CF989987
EST:     GTCTGATGAGGAATTGGTCCATGTTCATGATTATAACTTTGATCATCCAG                         ATGCATTTGATACGGAGTTACTACTCTCTTGTATGGAGAACTTGAAACATG
genomic: GTCTGATGAGGAATTGGTCCATGTTCATGATTATAACTTTGATCATCCAGgtatgatgca ... cttatttcagATGCATTTGATACGGAGTTACTACTCTCTTGTATGGAGAACTTGAAACATG