Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCAACTTGCAGTGAGTACTCTATGCAAGCATACAAAAAATACGGTGTTGCAAAGGGTACAATCTTGACAGCTTGGCGTCTATGCCGCTGTAATCCTCTTGgtatgtaggttttttcgttggttcatagttcttttgatttcttcgacagtcgcagtctgcacctgcatcatatcatatttattaaatttcttttacaataaacaaacag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g15970.2
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g15970.5 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM5G819212_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
CCAACTTGCAGTGAGTACTCTATGCAAGCATACAAAAAATACGGTGTTGCAAAGGGTACAATCTTGACAGCTTGGCGTCTATGCCGCTGTAATCCTCTTGgtatgtaggttttttcgttg--gttcatagttcttttgatttctt--cgacagtcgca---gtctgcacctgcatcatatcatatttatt-----aaattt---cttttacaataaacaaacag
|||||||||||||||||||||||||| || ||||||  ||| ||||||| ||||||| | |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||  |    || | ||||| | |   ||  ||  |     ||  |   || |  | |||  ||| || | ||||| |       | ||   | | |   ||  | |  |||
CCAACTTGCAGTGAGTACTCTATGCAGGCGTACAAACGATATGGTGTTGTAAAGGGTTCCATCTTGACTGCTTGGCGCCTTTGCCGTTGTAATCCTCTTGgtatgtagttttttttctctatgtgcttagttatctctgttgtttgacatttttcatatatgtatagatctgtgtcacataacatttaatttgtgggacttagacctctctgatttatatgcag

upper sequence: LOC_Os02g15970.5 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
lower sequence: Vv08s0007g00520.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 3
CCAACTTGCAGTGAGTACTCTATGCAAGCATACAAAAAATACGGTGTTGCAAAGGGTACAATCTTGACAGCTTGGCGTCTATGCCGCTGTAATCCTCTTGgtatg----taggttttttcg-----ttggtt------catagttcttttgatttcttcgac--agtcgcagtctgcacctgcatcatatcatatttattaaatttcttttaca---ataaacaaacag--------------------
|| || || |||||||| || ||| |||| || || ||||| || |||| |||||| ||  |||||||  |||||||||| |||||||||||||| |||||||          | |||| |     |||  |      || | |||| |    || |  |||  |||    || ||     |  || ||  |  | ||||  |  || |   ||    |||| |   ||                    
CCCACATGTAGTGAGTATTCCATGGAAGCCTATAAGAAATATGGAGTTGTAAAGGGCACCGTCTTGACCACTTGGCGTCTCTGCCGCTGTAATCCCCTTGgtacaatttctactctttttgcaatcttgaataccatacaaaattctgtgctcttttctgacctagttatggtatgttttcg-gtcttaaga-gtatatttcacctcatgggcatctgtaaatatgaagccaattatattcttttccag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|30227684|gb|CB965576.1|CB965576
EST:     AAAGGGTACAATCTTGACAGCTTGGCGTCTATGCCGCTGTAATCCTCTTG                         GTGGTCATGGATATGATCCCCCAAGGTGGTTTGGTGAGGAAGAGCTACCAA
genomic: AAAGGGTACAATCTTGACAGCTTGGCGTCTATGCCGCTGTAATCCTCTTGgtatgtaggt ... aaacaaacagGTGGTCATGGATATGATCCCCCAAGGTGGTTTGATGAGGAAGAGCTACCAA
EST: gi|88956707|gb|CI092896.1|CI092896
EST:     AAAGGGTACAATCTTGACAGCTTGGCGTCTATGCCGCTGTAATCCTCTTG                         GTGGTCATGGATATGATCCCCCAAGGTGGTTTGATGAGGAAGAGCTACCAA
genomic: AAAGGGTACAATCTTGACAGCTTGGCGTCTATGCCGCTGTAATCCTCTTGgtatgtaggt ... aaacaaacagGTGGTCATGGATATGATCCCCCAAGGTGGTTTGATGAGGAAGAGCTACCAA
EST: gi|86852485|gb|CI320410.1|CI320410
EST:     AAAGGGTACAATCTTGACAGC-TGGCGTCTA-GCCCCTGTAATCCTCTT-                         GT-GTCATGGATATGATCCCCCAAGGTGGTTTGATGAGGAAGAGCTACCAA
genomic: AAAGGGTACAATCTTGACAGCTTGGCGTCTATGCCGCTGTAATCCTCTTGgtatgtaggt ... aaacaaacagGTGGTCATGGATATGATCCCCCAAGGTGGTTTGATGAGGAAGAGCTACCAA
EST: gi|33687072|gb|CF315311.1|CF315311
EST:     AAAGGGTACAATCTTGACAGCTTGGCGTCTATGCCGCTGTAATCCTCTTG                         GTGGTCATGGATATGATCCCCCAAGGTGGTTTGATGAGGAAGAGCTACCAA
genomic: AAAGGGTACAATCTTGACAGCTTGGCGTCTATGCCGCTGTAATCCTCTTGgtatgtaggt ... aaacaaacagGTGGTCATGGATATGATCCCCCAAGGTGGTTTGATGAGGAAGAGCTACCAA
EST: gi|86499914|gb|CI142547.1|CI142547
EST:     AAAGGGTACAATCTTGACAGCTTGGCGTCTATGCCGCTGTAATCCTCTTG                         GTGGTCATGGATATGATCCCCCAAGGTGGTTTGATGAGGAAGAGCTACCAA
genomic: AAAGGGTACAATCTTGACAGCTTGGCGTCTATGCCGCTGTAATCCTCTTGgtatgtaggt ... aaacaaacagGTGGTCATGGATATGATCCCCCAAGGTGGTTTGATGAGGAAGAGCTACCAA
EST: gi|86842367|gb|CI335266.1|CI335266
EST:     AAGGGTACAATCTTGACAGCTTGGCGTCTATGCCGCTGTAATCCTCTTG                         GTGGTCATGGATATGATCCCCCAAGGTGGTTTGATGAGGAAGAGCTACCAA
genomic: AAGGGTACAATCTTGACAGCTTGGCGTCTATGCCGCTGTAATCCTCTTGgtatgtaggt ... aaacaaacagGTGGTCATGGATATGATCCCCCAAGGTGGTTTGATGAGGAAGAGCTACCAA
EST: gi|88971274|gb|CI387197.1|CI387197
EST:     CTTGGCGTCTATGCCCCTGTAATCCTCTTG                         GTGGTCATGGATATGATCCCCCAAGGTGGTTTGATGAGGAAGAGCTACCAA
genomic: CTTGGCGTCTATGCCGCTGTAATCCTCTTGgtatgtaggt ... aaacaaacagGTGGTCATGGATATGATCCCCCAAGGTGGTTTGATGAGGAAGAGCTACCAA
EST: gi|86511453|gb|CI154086.1|CI154086
EST:     AAAGGGTACAATCTTGACAGCTTGGCGTCTATGCCGCTGTCATCCTCTTG                         GTGGTCATGGATATGATCCCCCAAGGTGGTTTGATGAGGAAGAGCTACCAA
genomic: AAAGGGTACAATCTTGACAGCTTGGCGTCTATGCCGCTGTAATCCTCTTGgtatgtaggt ... aaacaaacagGTGGTCATGGATATGATCCCCCAAGGTGGTTTGATGAGGAAGAGCTACCAA
EST: gi|86428139|gb|CI073236.1|CI073236
EST:     AAAGGGTACAATCTTGACAGCTTGGCGTTTATGCCGCTGTAATCCTCTTG                         GTGGTCATGGATATGATCCCCCAAGGTGGTTTGATGAGGAAGAGCTACCAA
genomic: AAAGGGTACAATCTTGACAGCTTGGCGTCTATGCCGCTGTAATCCTCTTGgtatgtaggt ... aaacaaacagGTGGTCATGGATATGATCCCCCAAGGTGGTTTGATGAGGAAGAGCTACCAA
EST: gi|30227453|gb|CB965345.1|CB965345
EST:     AAAGGGTACAATCTTGACAGCTTGGCGTCTATGCCGCTGTAATCCTCTTG                         GTGGTCATGGATATGATCCCCCAAGGTGGTTTGGTGAGGCAGAGCTACCAA
genomic: AAAGGGTACAATCTTGACAGCTTGGCGTCTATGCCGCTGTAATCCTCTTGgtatgtaggt ... aaacaaacagGTGGTCATGGATATGATCCCCCAAGGTGGTTTGATGAGGAAGAGCTACCAA
EST: gi|3760931|gb|C98185.1|C98185
EST:     TACAATCTTGACAGCTTGGCGTCTATGCCGCTGTAATCCTCTTG                         GTGGTCATGGATATGANCCCCCAAGGTGGTTTGATGAGGAAGAGCTACCAA
genomic: TACAATCTTGACAGCTTGGCGTCTATGCCGCTGTAATCCTCTTGgtatgtaggt ... aaacaaacagGTGGTCATGGATATGATCCCCCAAGGTGGTTTGATGAGGAAGAGCTACCAA