1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
GTCCCTATTCTAGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgatacatagcaaggattccgttcttttaatccttttctctctattgcttgatttagttctaagttcctctcattttcctgaag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g12800.5 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATEST: gi|88593431|gb|CI713385.1|CI713385
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG TTACTCGCTCGEST: gi|88730660|gb|CI754273.1|CI754273
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCG
EST: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG TTACTCGCTCGAAGTCTEST: gi|88402796|gb|CI613244.1|CI613244
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCT
EST: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCEST: gi|88370462|gb|CI587852.1|CI587852
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACC
EST: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCAGTGATTGAATEST: gi|88412219|gb|CI573495.1|CI573495
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATEST: gi|88722148|gb|CI745658.1|CI745658
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG TTACTCGCTCGAAGTEST: gi|88391242|gb|CI595496.1|CI595496
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGT
EST: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAEST: gi|88668271|gb|CI723010.1|CI723010
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGA
EST: AGAGAATCCTGATGGTCCTGTNTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCANTCTATGGGTCTTCACTGATTGEST: gi|88357098|gb|CI615985.1|CI615985
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTG
EST: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATEST: gi|88354432|gb|CI624822.1|CI624822
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATEST: gi|88325783|gb|CI648228.1|CI648228
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATEST: gi|88668076|gb|CI722815.1|CI722815
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGAT
EST: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCEST: gi|88356851|gb|CI619337.1|CI619337
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTC
EST: ACAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATEST: gi|88351346|gb|CI627362.1|CI627362
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATEST: gi|88362359|gb|CI606549.1|CI606549
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATEST: gi|88423568|gb|CI579280.1|CI579280
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATEST: gi|88727710|gb|CI749512.1|CI749512
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG TTACTCGCTCGAAGTCTGAEST: gi|88719721|gb|CI743231.1|CI743231
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGA
EST: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATEST: gi|88426801|gb|CI584164.1|CI584164
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATEST: gi|88674113|gb|CI728226.1|CI728226
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG TTACTCGCTCGAAGTCTGACEST: gi|88676535|gb|CI730648.1|CI730648
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGAC
EST: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACEST: gi|5667502|gb|AU077471.1|AU077471
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAAC
EST: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATEST: gi|88673829|gb|CI727942.1|CI727942
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTEST: gi|88391578|gb|CI600767.1|CI600767
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCT
EST: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATEST: gi|88359484|gb|CI621015.1|CI621015
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAEST: gi|88668453|gb|CI722319.1|CI722319
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAA
EST: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTEST: gi|88357209|gb|CI616096.1|CI616096
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACT
EST: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATEST: gi|88677135|gb|CI731248.1|CI731248
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTAEST: gi|88422993|gb|CI615293.1|CI615293
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTA
EST: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG TTAGTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATEST: gi|88677083|gb|CI731196.1|CI731196
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCAEST: gi|88362086|gb|CI607086.1|CI607086
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCA
EST: ACAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATEST: gi|88668186|gb|CI722925.1|CI722925
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAEST: gi|88314933|gb|CI609992.1|CI609992
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAA
EST: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATEST: gi|88392598|gb|CI625420.1|CI625420
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTGGAAAGCAATGCGATTGGACGATATG TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATEST: gi|88665785|gb|CI715941.1|CI715941
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCEST: gi|88397790|gb|CI583108.1|CI583108
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTC
EST: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAATEST: gi|88904944|gb|CI712243.1|CI712243
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG TTANTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTEST: gi|88726584|gb|CI750239.1|CI750239
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCT
EST: ACAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTAT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTCCCTATTCTAGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgatacatagcaaggattccgttcttttaatccttttctctctattgcttgatttagttctaagttcctctcattttcctgaag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA