Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCCCTATTCTAGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgatacatagcaaggattccgttcttttaatccttttctctctattgcttgatttagttctaagttcctctcattttcctgaag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g12800.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g12800.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G134582_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
GTCCCTATTCTAGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgatacatagcaaggattccgttcttttaatccttttctctctattgcttgatttagttctaagttcctctcattttcctgaag
 | ||| | || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||| | | |  ||||||  |||  ||| |||  |  ||  | | |  |||  ||  |||||  || | ||| | |||| ||  |||||
ATTCCTGTCCTGGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAGAGCAATGCAATTGCAAGATATGgtaattcaaatgtagcaaccattgggtttttt--agtctcctgtttgcatttatttttttagcactgaattc-tgtcatctttttgaag

upper sequence: LOC_Os02g12800.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G029559_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
GTCCCTATTCTAGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgatacatagcaaggattccgttcttttaatccttttctctctattgcttgatttagttctaagttcctctcattttcctgaag
|| ||| | || ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| || ||| |||||||||| | | |  | ||||  |||  |||  |||| || |||  |  |  ||  |||||| ||  |  | ||| | |||| | |||||||
GTTCCTGTCCTGGAGACACCTGATGGTCCTGTCTTTGAGAGCAATGCAATAGCAAGATATGgtaatttaaatgttgcaacaattg-gtttgtttagtcttttgtttgcatttatttgattgagcaccgaattc-tgtcatctccctgaag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88593431|gb|CI713385.1|CI713385
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCG
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCG
EST: gi|88351346|gb|CI627362.1|CI627362
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88730660|gb|CI754273.1|CI754273
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCT
EST: gi|88402796|gb|CI613244.1|CI613244
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACC
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACC
EST: gi|88389743|gb|CI626512.1|CI626512
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88354432|gb|CI624822.1|CI624822
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|33656262|gb|CF278876.1|CF278876
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|58685364|gb|CK074051.1|CK074051
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGTGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88722148|gb|CI745658.1|CI745658
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGT
EST: gi|29678878|gb|CB675153.1|CB675153
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88391242|gb|CI595496.1|CI595496
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGA
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGA
EST: gi|88668271|gb|CI723010.1|CI723010
EST:     AGAGAATCCTGATGGTCCTGTNTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCANTCTATGGGTCTTCACTGATTG
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTG
EST: gi|88372777|gb|CI612705.1|CI612705
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88314792|gb|CI608251.1|CI608251
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88357098|gb|CI615985.1|CI615985
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|58599056|gb|CK009584.1|CK009584
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGTGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|58663459|gb|CK052145.1|CK052145
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGTGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88325783|gb|CI648228.1|CI648228
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGAT
EST: gi|88356851|gb|CI619337.1|CI619337
EST:     ACAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88430785|gb|CI596899.1|CI596899
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAAACCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|58663492|gb|CK052178.1|CK052178
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGTGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|58656426|gb|CK045106.1|CK045106
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGTGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88314623|gb|CI606691.1|CI606691
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88370228|gb|CI585233.1|CI585233
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88668076|gb|CI722815.1|CI722815
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTC
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTC
EST: gi|14571342|gb|BI118710.1|BI118710
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGTGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88991494|gb|CI034829.1|CI034829
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|58607460|gb|CK035493.1|CK035493
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGTGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88370462|gb|CI587852.1|CI587852
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCAGTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88412219|gb|CI573495.1|CI573495
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88731450|gb|CI755063.1|CI755063
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88363687|gb|CI609044.1|CI609044
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACC-ACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88423568|gb|CI579280.1|CI579280
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|58652610|gb|CK041290.1|CK041290
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGTGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|5667502|gb|AU077471.1|AU077471
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|58652699|gb|CK041379.1|CK041379
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGTGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88430286|gb|CI567305.1|CI567305
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88362359|gb|CI606549.1|CI606549
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|58673852|gb|CK062538.1|CK062538
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGTGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88727710|gb|CI749512.1|CI749512
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGA
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGA
EST: gi|88392598|gb|CI625420.1|CI625420
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTGGAAAGCAATGCGATTGGACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|33795619|gb|CF323679.1|CF323679
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88395559|gb|CI613081.1|CI613081
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|33797146|gb|CF324438.1|CF324438
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88372833|gb|CI597136.1|CI597136
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88422993|gb|CI615293.1|CI615293
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTAGTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|33687433|gb|CF315672.1|CF315672
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88391164|gb|CI595418.1|CI595418
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88674113|gb|CI728226.1|CI728226
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGAC
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGAC
EST: gi|88676535|gb|CI730648.1|CI730648
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAAC
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAAC
EST: gi|88362086|gb|CI607086.1|CI607086
EST:     ACAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88673829|gb|CI727942.1|CI727942
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCT
EST: gi|88359484|gb|CI621015.1|CI621015
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAA
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAA
EST: gi|88668453|gb|CI722319.1|CI722319
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACT
EST: gi|88677135|gb|CI731248.1|CI731248
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTA
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTA
EST: gi|88391578|gb|CI600767.1|CI600767
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|58653428|gb|CK042108.1|CK042108
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGTGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88677083|gb|CI731196.1|CI731196
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCA
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCA
EST: gi|88357209|gb|CI616096.1|CI616096
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88719721|gb|CI743231.1|CI743231
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88668186|gb|CI722925.1|CI722925
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAA
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAA
EST: gi|88665785|gb|CI715941.1|CI715941
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTC
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTC
EST: gi|88397790|gb|CI583108.1|CI583108
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88904944|gb|CI712243.1|CI712243
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTANTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCT
EST: gi|88726584|gb|CI750239.1|CI750239
EST:     ACAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTAT
EST: gi|88314933|gb|CI609992.1|CI609992
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|58681115|gb|CK069802.1|CK069802
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGTGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88667046|gb|CI719182.1|CI719182
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
EST: gi|88426801|gb|CI584164.1|CI584164
EST:     AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATG                         TTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT
genomic: AGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgata ... tttcctgaagTTACTCGCTCGAAGTCTGACAACCCACTCTATGGGTCTTCACTGATTGAAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTCCCTATTCTAGAGACTCCTGATGGTCCTGTTTTTGAAAGCAATGCGATTGCACGATATGgtaagtgatacatagcaaggattccgttcttttaatccttttctctctattgcttgatttagttctaagttcctctcattttcctgaag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA