Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCCATGGTGCCACCTTACGGGACACCACCACCTTATATGATGTATCCTCCAGGAACTGTATATGCACATCCCTCTACTCCTgtatgcattttctacctgacagtcataatcaataatcttctctttgtacttgcacccatttattgacatgcttgtattaacaatgaactaattggtag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g03580.3
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g03580.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G153144_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
CCCATGGTGCCACCTTACGGGAC---ACCACCACCTTATATGATGTATCCTCCAGGAACTGTATATGCACATCCCTCTAC---TCCTgtatgcattttc-tacctgacagtcataatcaataatcttctctttgtacttgcacccatttat----------tgacatgcttgtattaacaatgaactaattggtag
|||||||| |||||||| |||||   ||||||||||||| |||||||||| || ||| | |||||||| |||||||||||   ||||||||| | |||  | ||| |||    ||| | | |  ||      |||||   ||||| || ||          ||||||  ||| || |  ||| || || |||| ||
CCCATGGTACCACCTTATGGGACTCCACCACCACCTTATGTGATGTATCCACCTGGAGCAGTATATGCCCATCCCTCTACACCTCCTgtatgaacttttatgcctaacaaatttaacctacatgctagctaatgtacacacaccctttgatcctgtttggctgacatttttgcatgatgaataaatta-ttggcag

upper sequence: LOC_Os02g03580.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G019106_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
CCCATGGTGCCACCTTACGGGACACC------ACCACCTTATATGATGTATCCTCCAGGAACTGTATATGCACATCCCTCTAC---TCCTgtatgcattttcta--cctgacagtcataatcaata----atcttctctttgtacttgcacccatttat-----------tgacatgcttgtattaacaatgaactaattggtag---
||||| ||||||||||||||||||||      |||||||||| |||||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||   ||||||||||| ||| ||  ||| |||    | | | | |    | ||  | |    ||   ||||| |||||           ||||||  || | |  |   |||   ||||  | |   
CCCATAGTGCCACCTTACGGGACACCGCCACCACCACCTTATGTGATGTATCCACCTGGAACAGTATATGCCCATCCCTCTACACCTCCTgtatgcactttttatgcctaacaaatttgacctacatgctagctaatgtacacacacacacccttttatccttgtttggctgacatatttttttgcatggtgagtaaattactggcag

upper sequence: LOC_Os02g03580.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G387310_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
CCCATGGTGCCACCTTACGGGACACC------ACCACCTTATATGATGTATCCTCCAGGAACTGTATATGCACATCCCTCTACTCCT-
||||| ||||||||||||||||||||      |||||||||| |||||||||| ||  |||| |||||||| || |||||||| |||   ||||||| ||| ||  ||| |||    | | | | |   |      |||||   ||| ||   |      ||  ||||| |     |     |  |||  | |                  
CCCATAGTGCCACCTTACGGGACACCGTCGCCACCACCTTATGTGATGTATCCACCTAGAACAGTATATGCCCACCCCTCTACACCTCATgtatgcactttgtatgcctaacaaatttgacctacatgttagctaatgtacacacacacacacacccttttgtccttgtttggttgacattttttttgcatggtgagtaaattattggcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29670500|gb|CB666775.1|CB666775
EST:     CTTATATGATGTATCCTCCAGGAACTGTATATGCACATCCCTCTACTCCT                         GGTGTGCATCCATTTAATCACTACCCTATGCTGGCAAATGGAAATGTTGAA
genomic: CTTATATGATGTATCCTCCAGGAACTGTATATGCACATCCCTCTACTCCTgtatgcattt ... taattggtagGGTGTGCATCCATTTAATCACTACCCTATGCTGGCAAATGGAAATGTTGAA
EST: gi|32948307|gb|BP184879.1|BP184879
EST:     CTTATATGATGTATCCTCCAGGAACTGTATATGCACATCCCTCTACTCCT                         GGTGTGCATCCATTTAATCACTACCCTATGCTGGCAAATGGAAATGTTGAA
genomic: CTTATATGATGTATCCTCCAGGAACTGTATATGCACATCCCTCTACTCCTgtatgcattt ... taattggtagGGTGTGCATCCATTTAATCACTACCCTATGCTGGCAAATGGAAATGTTGAA