1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
GGCTGCCTATATGTTTCTATTGTTCCCATCCATTCTCCTCCTACTTAGATGGTGGATATGGGATGGATGCCTTCCAGCCTTGGCAGTTCAGATGTACCAGgtatttagtgccgtgcagtgattgaccctgaatatattttctctatgtatgactttgctgtccagcagaaacgatctaaagtttatttgttccacttaacag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g01720.1 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GGTGGATATGGGATGGATACCTTCCAGCCTTGGCAGTTCAGATGTACCAG GCTTGGCTACTATCCCTTTACACAAGTTTTGCTCTGCGGGAGAATGTGTTGEST: gi|88320028|gb|CI633517.1|CI633517
genomic: GGTGGATATGGGATGGATGCCTTCCAGCCTTGGCAGTTCAGATGTACCAGgtatttagtg ... cacttaacagGCTTGGCTACTATTCCTTTACACAAGTTTTGCTCTGCGGGAGAATGTGTTG
EST: GGTGGATATGGGATGGATGCCTTCCAGCCTTGGCAGTTCAGATGTACCAG GCTTGGCTACTATTCCTTTACACAAGTTTTGCTCTGCGGGAGAATGTGTTGEST: gi|95101218|gb|CI692957.1|CI692957
genomic: GGTGGATATGGGATGGATGCCTTCCAGCCTTGGCAGTTCAGATGTACCAGgtatttagtg ... cacttaacagGCTTGGCTACTATTCCTTTACACAAGTTTTGCTCTGCGGGAGAATGTGTTG
EST: GGTGGATATGGGATGGATGCCTTCCAGCCTTGGCAGTTCAGATGTACCAG GCTTGGCTACTATTCCTTTACACAAGTTTTGCTCTGCGGGAGAATGTGTTGEST: gi|29664288|gb|CB660563.1|CB660563
genomic: GGTGGATATGGGATGGATGCCTTCCAGCCTTGGCAGTTCAGATGTACCAGgtatttagtg ... cacttaacagGCTTGGCTACTATTCCTTTACACAAGTTTTGCTCTGCGGGAGAATGTGTTG
EST: GGTGGATATGGGATGGATGCCTCCCAGCCTTGGCAGTTCAGATGTACCAG GCTTGGCTACTATTCCTTTACACAAGTTTTGCTCTGCGGGAGAATGTGTTGEST: gi|88309328|gb|CI655336.1|CI655336
genomic: GGTGGATATGGGATGGATGCCTTCCAGCCTTGGCAGTTCAGATGTACCAGgtatttagtg ... cacttaacagGCTTGGCTACTATTCCTTTACACAAGTTTTGCTCTGCGGGAGAATGTGTTG
EST: GGTGGATATGGGATGGATGCCTTCCAGCCTTGGCAGTTCAGATGTACCAG GCTTGGCTACTATTCCTTTACACAAGTTTTGCTCTGCGGGAGAATGTGTTGEST: gi|88310867|gb|CI659470.1|CI659470
genomic: GGTGGATATGGGATGGATGCCTTCCAGCCTTGGCAGTTCAGATGTACCAGgtatttagtg ... cacttaacagGCTTGGCTACTATTCCTTTACACAAGTTTTGCTCTGCGGGAGAATGTGTTG
EST: GGTGGATATGGGATGGATGCCTTCCAGCCTTGGCAGTTCAGATGTACCAG GCTTGGCTACTATTCCTTTACACAAGTTTTGCTCTGCGGGAGAATGTGTTGEST: gi|88575701|gb|CI669846.1|CI669846
genomic: GGTGGATATGGGATGGATGCCTTCCAGCCTTGGCAGTTCAGATGTACCAGgtatttagtg ... cacttaacagGCTTGGCTACTATTCCTTTACACAAGTTTTGCTCTGCGGGAGAATGTGTTG
EST: GGTGGATATGGGATGGATGCCTTCCAGCCTTGGCAGTTCAGATGTACCAG GCTTGGCTACTATTCCTTTACACAAGTTTTGCTCTGCGGGAGAATGTGTTGEST: gi|88330832|gb|CI636844.1|CI636844
genomic: GGTGGATATGGGATGGATGCCTTCCAGCCTTGGCAGTTCAGATGTACCAGgtatttagtg ... cacttaacagGCTTGGCTACTATTCCTTTACACAAGTTTTGCTCTGCGGGAGAATGTGTTG
EST: GGTGGATATGGGATGGATGCCTTCCAGCCTTGGCAGTTCAGATGTACCAG GCTTGGCTACTATTCCTTTACACAAGTTTTGCTCTGCGGGAGAATGTGTTG
genomic: GGTGGATATGGGATGGATGCCTTCCAGCCTTGGCAGTTCAGATGTACCAGgtatttagtg ... cacttaacagGCTTGGCTACTATTCCTTTACACAAGTTTTGCTCTGCGGGAGAATGTGTTG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GGCTGCCTATATGTTTCTATTGTTCCCATCCATTCTCCTCCTACTTAGATGGTGGATATGGGATGGATGCCTTCCAGCCTTGGCAGTTCAGATGTACCAGgtatttagtgccgtgcagtgattgaccctgaatatattttctctatgtatgactttgctgtccagcagaaacgatctaaagtttatttgttccacttaacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG