Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCTATGCTACCATTGCTGGTGATATCGTGATGGCTGCTGCCTACTCCCATGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcctcagttgaatgaatacgcagaatgctggtttgtgttgctgtatgaatgcaatttaattcctctgttttgatgcattgtgtag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g67134.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g67134.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G163081_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 4
GTCTATGCTACCATTGCTGGTGATATCGTGATGGCTGCTGCCTACTCCCATGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcctcagttgaatgaatacgcagaatgctggtt-tgtgttgctgtatgaatgcaatttaattcctctgttttgatgcattgtgtag
 | | |||||  || || |||||||| ||  | ||| |||||||||| |||||| |||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||| |||  ||  | |||  |||    | | |||   || | | ||  |||||  ||      || |  ||   |    |  |||  |||||
ATATCTGCTAGTATAGCGGGTGATATGGTTCTTGCTTCTGCCTACTCGCATGAGTTGCCACGATATGGTCTTGAAGTTGGTCTGACCAACTATGCAGCTGgta-ttttttccatggaaataatgtataaattgcatattatattttaatgtatttata-----tattctctaaatcaacacccatcttgtag

upper sequence: LOC_Os01g67134.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM5G815894_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 4
GTCTATGCTACCATTGCTGGTGATATCGTGATGGCTGCTGCCTACTCCCATGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcctcagttgaatgaatacgcagaatgctggtt-tgtgttgctgtatgaatgcaatt--taattcctctgttttgatgcattgtgtag
 ||| |||||  || || |||||||| ||  | ||| |||| ||||| |||||| |||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||| |||||    | |||  | |  | | | |||   || |   ||  || ||  ||  | |   || |||  ||| ||  |  |||  |||||
ATCTCTGCTAGTATAGCAGGTGATATGGTTCTTGCTTCTGCTTACTCGCATGAGTTGCCACGATATGGTCTTGAAGTTGGTCTGACCAACTATGCAGCTGgtaatttcccttctggaaatattgtgtaaattgcatattgtaccttaatgaatttatatattcactagttcaactgcttacactcatcttgtag

upper sequence: LOC_Os01g67134.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G090738_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
GTCTATGCTACCATTGCTGGTGATATCGTGATGGCTGCTGCCTACTCCCATGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcctcagttgaatgaatacgcagaatgctggtttgtgttgctgtatgaatgcaattta-attcct--ctgttttgatgcattgtgtag
|| | ||| |  ||  | ||||||||  |  | |||||||| || |||| ||||||||| || || ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||  ||  |   |  || ||||  | | | ||    ||   ||| ||      ||  | |||  ||| ||  ||  ||     |||  | |||
GTATCTGCAAGTATCACGGGTGATATTATTCTTGCTGCTGCATATTCCCGTGAGCTGCCACGATACGGTCTAGAAGTTGGTCTGACCAACTATGCTGCAGgtatatttatgtctgcaaagaat--gtaaattgtctatt---gttactaagcacatatattttgtattgctaactccttgcccacatcttctag

upper sequence: LOC_Os01g67134.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G163081_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 4
----GTCTATGCTACCATTGCTGGTGATATCGTGATGGCTGCTGCCTACTCCCATGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcctcagttgaatgaatacgcagaatgctggtt-tgtgttgctgtatgaatgcaatttaattcctctgttttgatgcattgtgtag
     | | |||||  || || |||||||| ||  | ||| |||||||||| |||||| |||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||| |||  ||  | |||  |||    | | |||   || | | ||  |||||  ||      || |  ||   |    |  |||  |||||
AATCATATCTGCTAGTATAGCGGGTGATATGGTTCTTGCTTCTGCCTACTCGCATGAGTTGCCACGATATGGTCTTGAAGTTGGTCTGACCAACTATGCAgctggta-ttttttccatggaaataatgtataaattgcatattatattttaatgtatttata-----tattctctaaatcaacacccatcttgtag

upper sequence: LOC_Os01g67134.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv05s0094g00870.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
GTCTATGCTACCATTGCTGGTGATATCGTGATGGCTGCTGCCTACTCCCATGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcctcag---ttgaatgaatacgcagaatgct----ggtttgtgttgctgtatgaatgcaatttaattcctctgttttgatgcat----tgtgtag-----------------------------------------
   |  |||| ||||||||||||||| ||  | ||| |||| || || |||||||| |||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||  ||  ||||   |||  | | |   |  | |  |      |||||  || | |||||||      |  | ||||| | |     |||    ||||||                                          
ACATCCGCTAGCATTGCTGGTGATATAGTCCTTGCTTCTGCATATTCTCATGAGCTACCTCACTATGGACTTGAAGTTGGTCTGACCAACTATGCTGCAGgtatatttatcagaaattggttcattgttcctatttatttaaaatttgtcatgtt-tatgaatttttacttgtgcctctttgtaagaacataccatgtgtaacttttttgtggcattaacatggactaattccttttgagtag

upper sequence: LOC_Os01g67134.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv00s0174g00190.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
GTCTATGCTACCATTGCTGGTGATATCGTGATGGCTGCTGCCTACTCCCATGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcctcagttgaatgaatacgcagaatgctggtttgtgttgctgtatgaatgcaatttaattcctctgttttgatgcattgtgtag
 | | |||||  |||||||||||||| ||  | || || ||||| |||||||| ||||||| |||||| |||||||| ||||| || || || ||||||||||  |   |    |  || | |    |  |  ||  | | ||| |  ||||         | | | | ||| |  ||| |||| |     
ATATCTGCTAGTATTGCTGGTGATATGGTTCTTGCAGCGGCCTATTCCCATGAACTGCCTCACTATGGGCTTGAAGTGGGTCTTACAAATTACGCGGCAGgtatatatttactctccattagtctatatcac-cttctatatgtggaagtatt-------ctcactgcttctatcatga-gcatag-----

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58658098|gb|CK046778.1|CK046778
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
EST: gi|88315543|gb|CI615415.1|CI615415
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
EST: gi|218502752|gb|FG953444.1|FG953444
EST:     TGAGCTGCCTCGTTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTACTGCACTGGCTTGCTTCTGGCTCGCCGTGTGCTCACGCTCCGTGGTT
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
EST: gi|58604817|gb|CK015345.1|CK015345
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
EST: gi|218492462|gb|FG964263.1|FG964263
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
EST: gi|33689831|gb|CF318070.1|CF318070
EST:     GAGCTGCCTCGCTATGGTCCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGC
genomic: GAGCTGCCTCGCTATGGTC-TTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGC
EST: gi|11863316|gb|AU065822.2|AU065822
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         TTTATTGCACTGGCTTGCTTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGG
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTT-GGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGG
EST: gi|44667460|gb|CR280894.1|CR280894
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCCCAAGCTCCGTGGTT
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
EST: gi|33799084|gb|CF325402.1|CF325402
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
EST: gi|88388750|gb|CI592638.1|CI592638
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGGTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
EST: gi|33654169|gb|CF276783.1|CF276783
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGGT
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGG-T
EST: gi|88316468|gb|CI621707.1|CI621707
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGATCGCCGTGTGCTCAA
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAA
EST: gi|88362740|gb|CI608889.1|CI608889
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGC
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGC
EST: gi|29657555|gb|CB653830.1|CB653830
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
EST: gi|88352341|gb|CI615595.1|CI615595
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCT
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCT
EST: gi|88317346|gb|CI627995.1|CI627995
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGT
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGT
EST: gi|33820922|gb|CF336266.1|CF336266
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGC
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGC
EST: gi|33693282|gb|CF321521.1|CF321521
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
EST: gi|88762360|gb|CI771916.1|CI771916
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGC
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGC
EST: gi|55409447|gb|CV721823.1|CV721823
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCG
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCG
EST: gi|58597352|gb|CK007880.1|CK007880
EST:     TGAGCTGCCTCGTTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTACTGCACTGGCTTGCTT
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTT
EST: gi|11565253|gb|AU165889.1|AU165889
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTAATTGCACTGGCTTGCNTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGG
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTA-TTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGG-
EST: gi|33689690|gb|CF317929.1|CF317929
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCTT
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTT
EST: gi|58686254|gb|CK074941.1|CK074941
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
EST: gi|29687293|gb|CB683568.1|CB683568
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGGCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
EST: gi|33664208|gb|CF295175.1|CF295175
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAA-CTNCCGTGGT
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCT-CCGTGGT
EST: gi|32948464|gb|BP185036.1|BP185036
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
EST: gi|33690075|gb|CF318314.1|CF318314
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTTCCGGTGG
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCT-CCG-TGG
EST: gi|9884543|gb|BE607376.1|BE607376
EST:     TGAGCTGCCTCGTTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTACTGCACTGGCTTGCTTCTGGCTCGCCGTGTGCTCACGCTCCGTGGTT
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
EST: gi|33823119|gb|CF337362.1|CF337362
EST:     GAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCCGTGTGCTCAAGC
genomic: GAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAA-GTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCC-GTGTGCTCAAGC
EST: gi|88726436|gb|CI750091.1|CI750091
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTG
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTG
EST: gi|32948110|gb|BP184682.1|BP184682
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
EST: gi|117251436|gb|CT844165.1|CT844165
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
EST: gi|33810868|gb|CF331325.1|CF331325
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCACCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
EST: gi|86905628|gb|CI287193.1|CI287193
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCTTT
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTT
EST: gi|88356667|gb|CI617750.1|CI617750
EST:     GAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCTAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAG
genomic: GAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGC-AGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAG
EST: gi|33688829|gb|CF317068.1|CF317068
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAA-CTCCGTGGTT
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
EST: gi|86596791|gb|CI286704.1|CI286704
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
EST: gi|58602021|gb|CK012549.1|CK012549
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
EST: gi|58599223|gb|CK009751.1|CK009751
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
EST: gi|33823697|gb|CF337654.1|CF337654
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCTT--GGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
EST: gi|33690461|gb|CF318700.1|CF318700
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAA-CTCCGTGGGT
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGG-T
EST: gi|163917751|gb|EG711285.1|EG711285
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
EST: gi|88385545|gb|CI564205.1|CI564205
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
EST: gi|58683059|gb|CK071746.1|CK071746
EST:     CTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGG-T
genomic: CTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
EST: gi|58591763|gb|CF990071.1|CF990071
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
EST: gi|88731290|gb|CI754903.1|CI754903
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTG
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTG
EST: gi|58593862|gb|CF992170.1|CF992170
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
EST: gi|12405044|gb|AU166645.1|AU166645
EST:     TGAGCTGCCTCGTTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTACTGCACTGGCTTGCTTCTGGCTCGTCGTGTGCTCACGCTCCGTGGTT
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
EST: gi|38568588|gb|CD670803.1|CD670803
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGGGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
EST: gi|88360056|gb|CI610170.1|CI610170
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
EST: gi|33664336|gb|CF295303.1|CF295303
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
EST: gi|88393147|gb|CI616631.1|CI616631
EST:     GAGCCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
genomic: GAGC-TGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
EST: gi|87023897|gb|CI288250.1|CI288250
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCA
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCA
EST: gi|4878238|gb|AU062537.1|AU062537
EST:     GAGCTNGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAN                         -TTATTGCACTGGCTT
genomic: GAGCT-GCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTT
EST: gi|11025899|gb|AU162500.1|AU162500
EST:     GAGCTGCCTCGCTATGGTCTTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         TTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGTTCCGTGGTT
genomic: GAGCTGCCTCGCTATGGTCTT-GAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
EST: gi|88726414|gb|CI750069.1|CI750069
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGNTCGCCG
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCG
EST: gi|87006113|gb|CI291309.1|CI291309
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCG
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCG
EST: gi|33693846|gb|CF322085.1|CF322085
EST:     TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAG                         CTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT
genomic: TGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 73 (upstream exon), 75 (downstream exon)
Score: 38

GTCTATGCTACCATTGCTGGTGATATCGTGATGGCTGCTGCCTACTCCCATGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcct ... cattgtgtagCTTATTGCACTGGCTTGCTTTTGGCTCGCCGTGTGCTCAAGCTCCGTGGTTTGGACCAGGAGTACGAGGGCAATATTGAG




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTCTATGCTACCATTGCTGGTGATATCGTGATGGCTGCTGCCTACTCCCATGAGCTGCCTCGCTATGGTCTTGAAGTTGGTCTCACCAACTATGCGGCAGgtagtttcctcagttgaatgaatacgcagaatgctggtttgtgttgctgtatgaatgcaatttaattcctctgttttgatgcattgtgtag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG