1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
CATTGCCATTGCAGAGCAGCAGCTGCTGCAAGCTGAATTTGATGATTGTGTGTCCTCAAATTCAAGTGGTGCCACATGCTGCCGAACTGTTGTTTTAATTgtacgtttgagaatcttttctatattaaaccgattcttatattgttatagtgctggaggggatgtacagtacactaacaatgttttttttaacttttgaatgcag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g66970.3 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CACATGCTGCCGAACTGTTGTTTTAATT TTGATGTTACTTTTGCTTGTGCGCCATGTAGTTGTGTTTGTGAGAGATGTTEST: gi|55408236|gb|CV720612.1|CV720612
genomic: CACATGCTGCCGAACTGTTGTTTTAATTgtacgtttga ... ttgaatgcagTTGATGTTACTTTTGCTTGTGCGCCATGTAGTTGTGTTTGTGAGAGATGTT
EST: TGTCCTCAAATTCAAGTGGTGCCACATGCTGCCGAACTGTTGTTTTAATT TTGATGTTACTTTTGCTTGTGCGCCATGTAGTTGTGTTTGTGAGAGATGTTEST: gi|58694156|gb|CK082843.1|CK082843
genomic: TGTCCTCAAATTCAAGTGGTGCCACATGCTGCCGAACTGTTGTTTTAATTgtacgtttga ... ttgaatgcagTTGATGTTACTTTTGCTTGTGCGCCATGTAGTTGTGTTTGTGAGAGATGTT
EST: GTCCTCAAATTCAAGTGGTGCCACATGCTGCCGAACTGTTGTTTTAATT TTGATGTTACTTTTGCTTGTGCGCCATGTAGTTGTGTTTGTGAGAGATGTTEST: gi|88966199|gb|CI013075.1|CI013075
genomic: GTCCTCAAATTCAAGTGGTGCCACATGCTGCCGAACTGTTGTTTTAATTgtacgtttga ... ttgaatgcagTTGATGTTACTTTTGCTTGTGCGCCATGTAGTTGTGTTTGTGAGAGATGTT
EST: CACATGCTGCCGAACTGTTGTTTTAATT TTGATGTTACTTTTGCTTGTGCGCCATGTAGTTGTGTTTGTGAGAGATGTTEST: gi|702921|gb|D49212.1|D49212
genomic: CACATGCTGCCGAACTGTTGTTTTAATTgtacgtttga ... ttgaatgcagTTGATGTTACTTTTGCTTGTGCGCCATGTAGTTGTGTTTGTGAGAGATGTT
EST: TCAAGTGGTGCCACATGCTGCCGAACTGTTGTTTTAATT TTNATGTTACTTTTGCTTGTGCGCCATNTAGTTGTGTTTGTNAGAGATGTT
genomic: TCAAGTGGTGCCACATGCTGCCGAACTGTTGTTTTAATTgtacgtttga ... ttgaatgcagTTGATGTTACTTTTGCTTGTGCGCCATGTAGTTGTGTTTGTGAGAGATGTT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CATTGCCATTGCAGAGCAGCAGCTGCTGCAAGCTGAATTTGATGATTGTGTGTCCTCAAATTCAAGTGGTGCCACATGCTGCCGAACTGTTGTTTTAATTgtacgtttgagaatcttttctatattaaaccgattcttatattgttatagtgctggaggggatgtacagtacactaacaatgttttttttaacttttgaatgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC