Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   		43  
 5'  3'   		44  
 5'  3'   		45  
 5'  3'   		46  
 5'  3'   		47  
 5'  3'   		48  
 5'  3'   		49  
 5'  3'   		50  
 5'  3'   		51  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAATCAATGGAGAAGGCTGTAAAGAACAAAGTGGCCAAAGCAGTTGTACCTGCTATTGATGTGATGTTTCAGGCACTTAGgtaagctcatagttgtatttttgccatcctgttatattttttttttgtacttcattaacatctttcttctactag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g60040.2
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g60040.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G070126_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
GAATCAATGGAGAAGGCTGTAAAGAACAAAGTGGCCAAAGCAGTTGTACCTGCTATTGATGTGATGTTTCAGGCACTTAGgtaagctcatagttg---tatttttgccatcctgttatattttttttttgt--act-tcattaacatctttcttctactag
||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | || | | ||     | |||| |   ||| | |  |   || ||||  ||| | |  |||||||||| ||| ||||
GAATCTATGGAGAAGGCTGTGAAGAACAAAGTGGCTAAAGCAGTTGTACCTGCTATTGATGTGATGTTTCAAGCACTCAGgtatgttcctggctggttcttctttggctcactgatttggtaagttcttgtcaactcttaccaacatctttcctctgctag

upper sequence: LOC_Os01g60040.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G068755_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 4
GAATCAATGGAGAAGGCTGTAAAGAACAAAGTGGCCAAAGCAGTTGTACCTGCTATTGATGTGATGTTTCAGGCACTTAGgtaagctcatagttgtatttttgccatcctgttatattttttttttgta---cttcattaacatctttcttctactag
||| | |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | || ||| |   | |||  |  |||| | |      || |||||     | |  ||||| |||| ||| ||||
GAAGCTATGGAGAAGGCTGTGAAGAACAAAGTGGCTAAAGCAGTTGTACCTGCTATTGATGTGATGTTTCAAGCACTAAGgtatgttcctagctagttcttttactccctgatttcgcaagttcttgtaaactcttaccaacatgtttcctctgctag

upper sequence: LOC_Os01g60040.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv10s0116g00490.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
GAATCAATGGAGAAGGCTGTAAAGAACAAAGTGGCCAAAGCAGTTGTACCTGCTATTGATGTGATGTTTCAGGCACTTAGgtaagctcatagttgtattt--ttgccatcctgttatattttttttttg--tacttcattaacatctttcttctactag-------
||  | |||||||| ||  | || |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || || || ||||  |  ||| | | | |||  | |  |  ||| | |||||| |  ||   |  ||     || || || || |  | |       
GATGCCATGGAGAAAGCAATTAAAAACAAAGTTGCCAAAGCAGTTGTACCTGCCATTGATGTTATGTTCCAAGCCCTAAGgtttgtgcattgatttctttgctggaaactctgctttattttatgcttagctgattttcagacttcattgttgtgtttgtaatcag