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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAGgtaaaagatatattaagtggccttttatcttatgcagctaaaaagatatattcttcatttgactcttatctctttctatttcaacactattccag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g46610.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g46610.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G033515_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAGgtaaaagatatattaagtggcctttta-tcttatgcagctaaaaagatatattcttcatttgactcttatctctttctatttcaacactattccag
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GTACAATGTGGCCATTAAGTGTGCGACCATTACTCCAGgtacatttgatcttatgcggatgaaaaatgtaatattgttgaagtacttttctgtgcaagtttatat-atctctgactattttgacatt-taacag

upper sequence: LOC_Os01g46610.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G432128_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAGgtaaaagatat-attaagtggcc----ttttatcttatgcagctaaaaagatatattcttcatttgactcttatctcttt--ctatttcaacactattccag
|||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |    ||  ||| |||| |    | |   ||  |     |    | |||  ||  |  ||    | |||| ||| |  ||| | || || | |   ||
GTACAACGTGGCTATTAAGTGTGCGACCATTACTCCAGgtacatttgattgttatgtggacgcaatatgtactcttaatatttttgaaatacctttctatttaagtttttatatctctaactactacagca-tgtgatag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88726843|gb|CI750498.1|CI750498
EST:     GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAG                         ATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATG
genomic: GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAGgtaaaagata ... actattccagATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATG
EST: gi|58662871|gb|CK051557.1|CK051557
EST:     GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAG                         ATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCCA
genomic: GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAGgtaaaagata ... actattccagATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCCA
EST: gi|29675350|gb|CB671625.1|CB671625
EST:     GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAG                         ATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCCA
genomic: GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAGgtaaaagata ... actattccagATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCCA
EST: gi|58693508|gb|CK082195.1|CK082195
EST:     GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGACTTACTCCAG                         ATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAAACTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCC
genomic: GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGA-TTACTCCAGgtaaaagata ... actattccagATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCC
EST: gi|88825022|gb|CI775587.1|CI775587
EST:     GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAG                         ATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGC
genomic: GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAGgtaaaagata ... actattccagATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGC
EST: gi|58678495|gb|CK067182.1|CK067182
EST:     GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAG                         ATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCCA
genomic: GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAGgtaaaagata ... actattccagATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCCA
EST: gi|58695560|gb|CK084247.1|CK084247
EST:     GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAG                         ATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCCA
genomic: GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAGgtaaaagata ... actattccagATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCCA
EST: gi|33799235|gb|CF325475.1|CF325475
EST:     GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAG                         ATGAGGCTCGG
genomic: GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAGgtaaaagata ... actattccagATGAGGCTCGG
EST: gi|88696142|gb|CI739717.1|CI739717
EST:     GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAG                         ATGAGGCTCGGGTTA
genomic: GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAGgtaaaagata ... actattccagATGAGGCTCGGGTTA
EST: gi|58610693|gb|CK038405.1|CK038405
EST:     GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAG                         ATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCACAC-TAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCC
genomic: GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAGgtaaaagata ... actattccagATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCA-ACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCC
EST: gi|88722444|gb|CI745954.1|CI745954
EST:     GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAG                         ATGAGGCTCGGGTTAAGGAG
genomic: GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAGgtaaaagata ... actattccagATGAGGCTCGGGTTAAGGAG
EST: gi|58606127|gb|CK034160.1|CK034160
EST:     GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAG                         ATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCCA
genomic: GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAGgtaaaagata ... actattccagATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCCA
EST: gi|88399083|gb|CI603750.1|CI603750
EST:     GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAG                         ATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCCA
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EST: gi|88718625|gb|CI742135.1|CI742135
EST:     GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAG                         ATGAGGCTCGGGTTAAGGAGT
genomic: GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAGgtaaaagata ... actattccagATGAGGCTCGGGTTAAGGAGT
EST: gi|88389850|gb|CI626619.1|CI626619
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EST: gi|88397851|gb|CI583169.1|CI583169
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EST: gi|572311|gb|D41822.1|D41822
EST:     GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAG                         ATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCCA
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EST: gi|58656887|gb|CK045567.1|CK045567
EST:     GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAG                         ATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCCA
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EST: gi|58589191|gb|CF987499.1|CF987499
EST:     GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACGCCAG                         ATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCCA
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EST: gi|58607291|gb|CK035324.1|CK035324
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EST: gi|58667102|gb|CK055788.1|CK055788
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EST: gi|88393276|gb|CI618164.1|CI618164
EST:     GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAG                         ATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCCC
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EST: gi|88696104|gb|CI739679.1|CI739679
EST:     GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAG                         ATGAGGCTCGGGTTAAGGAG
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EST: gi|58659479|gb|CK048159.1|CK048159
EST:     GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAG                         ATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCCA
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EST: gi|29635621|gb|CB640630.1|CB640630
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EST: gi|88738619|gb|CI762127.1|CI762127
EST:     GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAG                         ATGAGGCTCGG
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EST: gi|58679016|gb|CK067703.1|CK067703
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EST: gi|58691522|gb|CK080209.1|CK080209
EST:     GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAG                         ATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCCA
genomic: GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAGgtaaaagata ... actattccagATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCCA
EST: gi|88737594|gb|CI761102.1|CI761102
EST:     GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAG                         ATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCCA
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EST: gi|58587564|gb|CF985872.1|CF985872
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EST: gi|88385801|gb|CI566663.1|CI566663
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EST: gi|58666863|gb|CK055549.1|CK055549
EST:     GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAG                         ATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCCA
genomic: GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAGgtaaaagata ... actattccagATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCCA
EST: gi|58681761|gb|CK070448.1|CK070448
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genomic: GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAGgtaaaagata ... actattccagATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCCA
EST: gi|58691966|gb|CK080653.1|CK080653
EST:     GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAG                         ATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCCA
genomic: GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAGgtaaaagata ... actattccagATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCCA
EST: gi|58670722|gb|CK059408.1|CK059408
EST:     GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAG                         ATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCCA
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EST: gi|58685196|gb|CK073883.1|CK073883
EST:     GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAG                         ATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCCA
genomic: GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAGgtaaaagata ... actattccagATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCCA
EST: gi|58662324|gb|CK051004.1|CK051004
EST:     GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAG                         ATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAGAGCAAATGTGGAAGAGCCCCA
genomic: GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAGgtaaaagata ... actattccagATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCCA
EST: gi|29643695|gb|CB648702.1|CB648702
EST:     GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAG                         ATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCCA
genomic: GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAGgtaaaagata ... actattccagATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCCA
EST: gi|88741247|gb|CI764755.1|CI764755
EST:     GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAG                         ATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTT
genomic: GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAGgtaaaagata ... actattccagATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTT
EST: gi|88392597|gb|CI625419.1|CI625419
EST:     GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAG                         ATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCCA
genomic: GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAGgtaaaagata ... actattccagATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCCA
EST: gi|88737787|gb|CI761295.1|CI761295
EST:     GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGAAGATTACTCCAG                         ATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCCA
genomic: GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAGgtaaaagata ... actattccagATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCCA
EST: gi|88445127|gb|CI589605.1|CI589605
EST:     GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAG                         ATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAG
genomic: GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAGgtaaaagata ... actattccagATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAG
EST: gi|58674328|gb|CK063014.1|CK063014
EST:     GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAG                         ATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCCA
genomic: GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAGgtaaaagata ... actattccagATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCCA
EST: gi|88744954|gb|CI768314.1|CI768314
EST:     GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAG                         ATGAGGCTCGGGTT
genomic: GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAGgtaaaagata ... actattccagATGAGGCTCGGGTT
EST: gi|86847808|gb|CI288856.1|CI288856
EST:     GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAG                         ATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCCA
genomic: GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAGgtaaaagata ... actattccagATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCCA
EST: gi|58686068|gb|CK074755.1|CK074755
EST:     GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAG                         ATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCCA
genomic: GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAGgtaaaagata ... actattccagATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCCA
EST: gi|33794465|gb|CF323117.1|CF323117
EST:     GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAG                         ATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCCA
genomic: GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAGgtaaaagata ... actattccagATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCCA
EST: gi|58663486|gb|CK052172.1|CK052172
EST:     GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAG                         ATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCCA
genomic: GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAGgtaaaagata ... actattccagATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCCA
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genomic: GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAGgtaaaagata ... actattccagATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCCA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 35 (upstream exon), 75 (downstream exon)
Score: 161

GTACAATGTGGCTATTAAGTGTGCGACGATTACTCCAGgtaaaagata ... actattccagATGAGGCTCGGGTTAAGGAGTTCAACCTAAAGCAAATGTGGAAGAGCCCCAATGGCACAATTAGGAATATTATCAATG




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