1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
ATCTGGCACTTCGGAGAATACAAAGGTTGTCATTGATCATGGGGCTGTACCAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAGgtatccgatcatctcctgacttgtctttgtgctttctgtacttccttgatattattttgattgagtgcattgttggagttattaatgtttttacctcttgaaaaaaaattgaag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g14950.1 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAG GCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCTAAEST: gi|29662761|gb|CB659036.1|CB659036
genomic: CAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAGgtatccgatc ... aaaattgaagGCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCTAA
EST: CAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAG GCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCTAAGTGCCGTGACEST: gi|88761467|gb|CI771023.1|CI771023
genomic: CAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAGgtatccgatc ... aaaattgaagGCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCTAAGTGCCGTGAC
EST: CAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAG GCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCTAAGTGCCGTGACEST: gi|58608932|gb|CK036965.1|CK036965
genomic: CAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAGgtatccgatc ... aaaattgaagGCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCTAAGTGCCGTGAC
EST: CAATATTTGTGAAGCTTCTGGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAG GCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCTAAGTGCCGTGACEST: gi|86851083|gb|CI311301.1|CI311301
genomic: CAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAGgtatccgatc ... aaaattgaagGCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCTAAGTGCCGTGAC
EST: CAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAG GCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCTAAGTGCCGTGACEST: gi|29622103|gb|CB627114.1|CB627114
genomic: CAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAGgtatccgatc ... aaaattgaagGCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCTAAGTGCCGTGAC
EST: CAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAG GCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCTAAGTGCCGTGACEST: gi|218497818|gb|FG965121.1|FG965121
genomic: CAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAGgtatccgatc ... aaaattgaagGCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCTAAGTGCCGTGAC
EST: CAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAG GCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCTAAGTGCCGTGACEST: gi|29677816|gb|CB674091.1|CB674091
genomic: CAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAGgtatccgatc ... aaaattgaagGCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCTAAGTGCCGTGAC
EST: CAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAG GCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCTAAGTGCCGTGACEST: gi|58676970|gb|CK065657.1|CK065657
genomic: CAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAGgtatccgatc ... aaaattgaagGCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCTAAGTGCCGTGAC
EST: CAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAG GCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCTAAGTGCCGTGACEST: gi|29662174|gb|CB658449.1|CB658449
genomic: CAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAGgtatccgatc ... aaaattgaagGCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCTAAGTGCCGTGAC
EST: CAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAG GCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCTAAGTGCCGTGACEST: gi|29680121|gb|CB676396.1|CB676396
genomic: CAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAGgtatccgatc ... aaaattgaagGCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCTAAGTGCCGTGAC
EST: CAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAG GCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCTAAGTGCCGTGACEST: gi|58588691|gb|CF986999.1|CF986999
genomic: CAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAGgtatccgatc ... aaaattgaagGCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCTAAGTGCCGTGAC
EST: CAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAG GCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCTAAGTGCCGTGACEST: gi|29640361|gb|CB645370.1|CB645370
genomic: CAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAGgtatccgatc ... aaaattgaagGCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCTAAGTGCCGTGAC
EST: CAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAG GCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCTAAGTGCCGTGACEST: gi|29643710|gb|CB648717.1|CB648717
genomic: CAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAGgtatccgatc ... aaaattgaagGCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCTAAGTGCCGTGAC
EST: CAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAG GCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCTAAGTGCCGTGACEST: gi|58684235|gb|CK072922.1|CK072922
genomic: CAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAGgtatccgatc ... aaaattgaagGCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCTAAGTGCCGTGAC
EST: CAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAG GCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCTAAGTGEST: gi|29629650|gb|CB634659.1|CB634659
genomic: CAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAGgtatccgatc ... aaaattgaagGCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCTAAGTG
EST: CAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAG GCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCTAAGTGCCGTGACEST: gi|33795122|gb|CF323434.1|CF323434
genomic: CAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAGgtatccgatc ... aaaattgaagGCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCTAAGTGCCGTGAC
EST: AATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTA-TGNATGATGTTCGTGAGCAG GCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTTGCTGGTGATTCCCCTAAGTGCCGTGAEST: gi|29676485|gb|CB672760.1|CB672760
genomic: AATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTG-ATGATGTTCGTGAGCAGgtatccgatc ... aaaattgaagGCTGTATGGGCATTGGGCAATGTT-GCTGGTGATTCCCCTAAGTGCCGTGA
EST: CAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAG GCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCTAAGTGCCGTGACEST: gi|66912883|gb|CX099731.1|CX099731
genomic: CAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAGgtatccgatc ... aaaattgaagGCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCTAAGTGCCGTGAC
EST: CAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAG GCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCTAAGTGCCGTGACEST: gi|29681891|gb|CB678166.1|CB678166
genomic: CAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAGgtatccgatc ... aaaattgaagGCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCTAAGTGCCGTGAC
EST: CAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAG GCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCTAAGTGCCGTGACEST: gi|58675322|gb|CK064009.1|CK064009
genomic: CAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAGgtatccgatc ... aaaattgaagGCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCTAAGTGCCGTGAC
EST: CAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAG GCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCTAAGTGCCGTGACEST: gi|58695850|gb|CK084537.1|CK084537
genomic: CAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAGgtatccgatc ... aaaattgaagGCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCTAAGTGCCGTGAC
EST: CAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAG GCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCTAAGTGCCGTGACEST: gi|58680439|gb|CK069126.1|CK069126
genomic: CAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAGgtatccgatc ... aaaattgaagGCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCTAAGTGCCGTGAC
EST: CAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAG GCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCTAAGTGCCGTGACEST: gi|58689500|gb|CK078187.1|CK078187
genomic: CAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAGgtatccgatc ... aaaattgaagGCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCTAAGTGCCGTGAC
EST: CAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAG GCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCTEST: gi|29677719|gb|CB673994.1|CB673994
genomic: CAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAGgtatccgatc ... aaaattgaagGCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCT
EST: CAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAG GCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCTAAGTGCCGTGAC
genomic: CAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAGgtatccgatc ... aaaattgaagGCTGTATGGGCATTGGGCAATGTTGCTGGTGATTCCCCTAAGTGCCGTGAC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ATCTGGCACTTCGGAGAATACAAAGGTTGTCATTGATCATGGGGCTGTACCAATATTTGTGAAGCTTCTTGGTTCTTCTAGTGATGATGTTCGTGAGCAGgtatccgatcatctcctgacttgtctttgtgctttctgtacttccttgatattattttgattgagtgcattgttggagttattaatgtttttacctcttgaaaaaaaattgaag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG