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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATATCAAAGAGAACCCAGTCTTGATCTACATGAAGGGTTTTCCTGAGTCTCCTATGTGTGGATTCAGTGCATTGGCAGTTAAAGTCCTCAAGCTATATGgtaagttaacactgagttctgatttgtttgaaatacagttgatgatacgtgggtgcgccataaattcttaaaccatatatcataatctattgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g07950.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g07950.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: AC208327.4_FGT002 (Zea mays), 5'ss of exon 5
GATATCAAAGAGAACCCAGTCTTGATCTACATGAAGGGTTTTCCTGAGTCTCCTATGTGTGGATTCAGTGCATTGGCAGTTAAAGTCCTCAAGCTATATGgtaagttaacactgagttctgatttgtttgaaatacagttgatgatacgtgggtgcgccataaattcttaaaccatatatcataatctattgcag
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GATATCAAGGAGAACCCAGTCTTGATCTACATGAAGGGTTTTCCTGAGTCTCCAATGTGTGGCTTCAGTGCACTGGCTGTTAAGGTCTTTCAGCAATATGgtaagttagctctaattagtagattgcaggctgttttgtt--tcaaatgcaggt---------agttttaagctctatgttattg---atttcag

upper sequence: LOC_Os01g07950.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM5G880300_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
GATATCAAAGAGAACCCAGTCTTGATCTACATGAAGGGTTTTCCTGAGTCTCCTATGTGTGGATTCAGTGCATTGGCAGTTAAAGTCCTCAAGCTATATGgtaagttaacactgagt------tc------tgatttgtttgaaatacagttgatgatacgtgggtgcgccataaattcttaaaccatatatcataatctattgcag
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GATATCAAGGAGAACCCAGTCTTGATCTACATGAAGGGTTTTCCTGAGTCTCCAATGTGTGGCTTCAGTGCACTGGCTGTTAAGGTCTTCCAGCAATATGgtaagttggctctaattagtagatcgcaggatgatttgtttcgaatgcaggtaatagtaaatga-cactttttaaatt-ttaagctctatgttattg---atttcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33687689|gb|CF315928.1|CF315928
EST:     TCCTATGTGTGGATTCAGTGCATTGGCAGTTAAAGTCCTCAAGCTATATG                         ATGTCCCTATCAGTGCTAGAGATATTTTGGGAGACCTCAAGCTCAAAGAGT
genomic: TCCTATGTGTGGATTCAGTGCATTGGCAGTTAAAGTCCTCAAGCTATATGgtaagttaac ... tctattgcagATGTCCCTATCAGTGCTAGAGATATTTTGGGAGACCTCAAGCTCAAAGAGT
EST: gi|86869918|gb|CI316646.1|CI316646
EST:     TCCTATGTGTGGATTCAGTGCATTGGCAGTTAAAGTCCTCAAGCTATATG                         ATGTCCCTATCAGTGCTAGAGATATTTTGGGAGACCTCAAGCTCAAAGAGT
genomic: TCCTATGTGTGGATTCAGTGCATTGGCAGTTAAAGTCCTCAAGCTATATGgtaagttaac ... tctattgcagATGTCCCTATCAGTGCTAGAGATATTTTGGGAGACCTCAAGCTCAAAGAGT
EST: gi|86595567|gb|CI264664.1|CI264664
EST:     TCCTATGTGTGGATTCAGTGCATTGGCAGTTAAAGTCCTCAAGCTATATG                         ATGTCCCTATCAGTGCTAGAGATATTTTGGGAGACCTCAAGCTCAAAGAGT
genomic: TCCTATGTGTGGATTCAGTGCATTGGCAGTTAAAGTCCTCAAGCTATATGgtaagttaac ... tctattgcagATGTCCCTATCAGTGCTAGAGATATTTTGGGAGACCTCAAGCTCAAAGAGT
EST: gi|88955766|gb|CI092055.1|CI092055
EST:     ATGTGTGGATTCAGTGCATTGGCAGTTAAAGTCCTCAAGCTATATG                         ATGTCCCTATCAGTGCTAGAGATATTTTGGGAGACCTCAAGCTCAAAGAGT
genomic: ATGTGTGGATTCAGTGCATTGGCAGTTAAAGTCCTCAAGCTATATGgtaagttaac ... tctattgcagATGTCCCTATCAGTGCTAGAGATATTTTGGGAGACCTCAAGCTCAAAGAGT
EST: gi|88476854|gb|CI414125.1|CI414125
EST:     TCAAGCTATATG                         ATGTCCCTATCAGTGCTAGAGATATTTTGGGAGACCTCAAGCTCAAAGAGT
genomic: TCAAGCTATATGgtaagttaac ... tctattgcagATGTCCCTATCAGTGCTAGAGATATTTTGGGAGACCTCAAGCTCAAAGAGT
EST: gi|88199623|gb|CI199473.1|CI199473
EST:     TCCTATGTGTGGATTCAGTGCATTGGCAGTTAAAGTCCTCAAGCTATATG                         ATGTCCCTATCAGTGCTAGAGATATTTTGGGAGACCTCAAGCTCAAAGAGT
genomic: TCCTATGTGTGGATTCAGTGCATTGGCAGTTAAAGTCCTCAAGCTATATGgtaagttaac ... tctattgcagATGTCCCTATCAGTGCTAGAGATATTTTGGGAGACCTCAAGCTCAAAGAGT
EST: gi|88836536|gb|CI010792.1|CI010792
EST:     TCCTATGTGTGGATTCAGTGCATTGGCAGTTAAAGTCCTCAAGCTATATG                         ATGTCCCTATCAGTGCTAGAGATATTTTGGGAGACCTCAAGCTCAAAGAGT
genomic: TCCTATGTGTGGATTCAGTGCATTGGCAGTTAAAGTCCTCAAGCTATATGgtaagttaac ... tctattgcagATGTCCCTATCAGTGCTAGAGATATTTTGGGAGACCTCAAGCTCAAAGAGT
EST: gi|88239324|gb|CI240486.1|CI240486
EST:     TCCTATGTGTGGATTCAGTGCATTGGCAGTTAAAGTCCTCAAGCTATATG                         ATGTCCCTATCAGTGCTAGAGATATTTTGGGAGACCTCAAGCTCAAAGAGT
genomic: TCCTATGTGTGGATTCAGTGCATTGGCAGTTAAAGTCCTCAAGCTATATGgtaagttaac ... tctattgcagATGTCCCTATCAGTGCTAGAGATATTTTGGGAGACCTCAAGCTCAAAGAGT
EST: gi|33685064|gb|CF313303.1|CF313303
EST:     TCCTATGTGTGGATTCAGTGCATTGGCAGTTAAAGTCCTCAAGCTATATG                         ATGTCCCTATCAGTGCTAGAGATATTTTGGGAGACCTCAAGCTCAAAGAGT
genomic: TCCTATGTGTGGATTCAGTGCATTGGCAGTTAAAGTCCTCAAGCTATATGgtaagttaac ... tctattgcagATGTCCCTATCAGTGCTAGAGATATTTTGGGAGACCTCAAGCTCAAAGAGT
EST: gi|87013732|gb|CI269231.1|CI269231
EST:     TCCTATGTGTGGATTCAGTGCATTGGCAGTTAAAGTCCTCAAGCTATATG                         ATGTCCCTATCAGTGCTAGAGATATTTTGGGAGACCTCAAGCTCAAAGAGT
genomic: TCCTATGTGTGGATTCAGTGCATTGGCAGTTAAAGTCCTCAAGCTATATGgtaagttaac ... tctattgcagATGTCCCTATCAGTGCTAGAGATATTTTGGGAGACCTCAAGCTCAAAGAGT
EST: gi|86545203|gb|CI185409.1|CI185409
EST:     TCCTATGTGTGGATTCAGTGCATTGGCAGTTAAAGTCCTCAAGCTATATG                         ATGTCCCTATCAGTGCTAGAGATATTTTGGGAGACCTCAAGCTCAAAGAGT
genomic: TCCTATGTGTGGATTCAGTGCATTGGCAGTTAAAGTCCTCAAGCTATATGgtaagttaac ... tctattgcagATGTCCCTATCAGTGCTAGAGATATTTTGGGAGACCTCAAGCTCAAAGAGT
EST: gi|86539017|gb|CI179223.1|CI179223
EST:     CCTCAAGCTATATG                         ATGTCCCTATCAGTGCTAGAGATATTTTGGGAGACCTCAAGCTCAAAGAGT
genomic: CCTCAAGCTATATGgtaagttaac ... tctattgcagATGTCCCTATCAGTGCTAGAGATATTTTGGGAGACCTCAAGCTCAAAGAGT
EST: gi|87031444|gb|CI261818.1|CI261818
EST:     TCCTATGTGTGGATTCAGTGCATTGGCAGTTAAAGTCCTCAAGCTATATG                         ATGTCCCTATCAGTGCTAGAGATATTTTGGGAGACCTCAAGCTCAAAGAGT
genomic: TCCTATGTGTGGATTCAGTGCATTGGCAGTTAAAGTCCTCAAGCTATATGgtaagttaac ... tctattgcagATGTCCCTATCAGTGCTAGAGATATTTTGGGAGACCTCAAGCTCAAAGAGT
EST: gi|55441732|gb|CV734193.1|CV734193
EST:     CCTATGTGTGGATTCAGTGCATTGGCAGTTAAAGTCCTCAAGCTATATG                         ATGTCCCTATCAGTGCTAGAGATATTTTGGGAGACCTCAAGCTCAAAGAGT
genomic: CCTATGTGTGGATTCAGTGCATTGGCAGTTAAAGTCCTCAAGCTATATGgtaagttaac ... tctattgcagATGTCCCTATCAGTGCTAGAGATATTTTGGGAGACCTCAAGCTCAAAGAGT
EST: gi|88367351|gb|CI566317.1|CI566317
EST:     TCCTATGTGTGGATTCAGTGCATTGGCAGTTAAAGTCCTCAAGCTATATG                         ATGTCC-TATCAGTGCTAGAGAT-TTTTGGGAGAC
genomic: TCCTATGTGTGGATTCAGTGCATTGGCAGTTAAAGTCCTCAAGCTATATGgtaagttaac ... tctattgcagATGTCCCTATCAGTGCTAGAGATATTTTGGGAGAC
EST: gi|86602178|gb|CI260648.1|CI260648
EST:     TCCTATGTGTGGATTCAGTGCATTGGCAGTTAAAGTCCTCAAGCTATATG                         ATGTCCCTATCAGTGCTAGAGATATTTTGGGAGACCTCAAGCTCAAAGAGT
genomic: TCCTATGTGTGGATTCAGTGCATTGGCAGTTAAAGTCCTCAAGCTATATGgtaagttaac ... tctattgcagATGTCCCTATCAGTGCTAGAGATATTTTGGGAGACCTCAAGCTCAAAGAGT
EST: gi|87033132|gb|CI187756.1|CI187756
EST:     AAAGTCCTCAAGCTATATG                         ATGTCCCTATCAGTGCTAGAGATATTTTGGGAGACCTCAAGCTCAAAGAGT
genomic: AAAGTCCTCAAGCTATATGgtaagttaac ... tctattgcagATGTCCCTATCAGTGCTAGAGATATTTTGGGAGACCTCAAGCTCAAAGAGT
EST: gi|88842800|gb|CI371700.1|CI371700
EST:     TGGATTCAGTGCATTGGCAGTTAAAGTCCTCAAGCTATATG                         ATGTCCCTATCAGTGCTAGAGATATTTTGGGAGACCTCAAGCTCAAAGAGT
genomic: TGGATTCAGTGCATTGGCAGTTAAAGTCCTCAAGCTATATGgtaagttaac ... tctattgcagATGTCCCTATCAGTGCTAGAGATATTTTGGGAGACCTCAAGCTCAAAGAGT
EST: gi|88241295|gb|CI241144.1|CI241144
EST:     AGTCCTCAAGCTATATG                         ATGTCCCAATCAGTGCTAGAGATATTTTGGGAGACCTCAAGCTCAAAGAGT
genomic: AGTCCTCAAGCTATATGgtaagttaac ... tctattgcagATGTCCCTATCAGTGCTAGAGATATTTTGGGAGACCTCAAGCTCAAAGAGT
EST: gi|88902750|gb|CI088288.1|CI088288
EST:     GTGCATTGGCAGTTAAAGTCCTCAAGCTATATG                         ATGTCCCTATCAGTGCTAGAGATATTTTGGGAGACCTCAAGCTCAAAGAGT
genomic: GTGCATTGGCAGTTAAAGTCCTCAAGCTATATGgtaagttaac ... tctattgcagATGTCCCTATCAGTGCTAGAGATATTTTGGGAGACCTCAAGCTCAAAGAGT
EST: gi|33660934|gb|CF291901.1|CF291901
EST:     TCCTATGTGTGGATTCAGTGCATTGGCAGTTAAAGTCCTCAAGCTATATG                         ATGTCCCTATCAGTGCTAGAGATATTTTGGGAGACCTCAAGCTCAAAGAGT
genomic: TCCTATGTGTGGATTCAGTGCATTGGCAGTTAAAGTCCTCAAGCTATATGgtaagttaac ... tctattgcagATGTCCCTATCAGTGCTAGAGATATTTTGGGAGACCTCAAGCTCAAAGAGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 68 (upstream exon), 67 (downstream exon)
Score: 37

GATATCAAAGAGAACCCAGTCTTGATCTACATGAAGGGTTTTCCTGAGTCTCCTATGTGTGGATTCAGTGCATTGGCAGTTAAAGTCCTCAAGCTATATGgtaagttaac ... tctattgcagATGTCCCTATCAGTGCTAGAGATATTTTGGGAGACCTCAAGCTCAAAGAGTGTGTCAAAGCCCACAC




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Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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GATATCAAAGAGAACCCAGTCTTGATCTACATGAAGGGTTTTCCTGAGTCTCCTATGTGTGGATTCAGTGCATTGGCAGTTAAAGTCCTCAAGCTATATGgtaagttaacactgagttctgatttgtttgaaatacagttgatgatacgtgggtgcgccataaattcttaaaccatatatcataatctattgcag

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