Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACATGCAAGGAATGTACTCATAGGGCATGCTAACAGCGGAAGGAACAGAAGGGCGAGAAGCTCATACTATGGTATTCAGCCTTTGATGATTGATGCACAGgtagattcttctccattcctactgtaatcaatatatatttgaattttaattatgaactgaaacaagatgttgtttctgaag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g06590.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29670363|gb|CB666638.1|CB666638
EST:     GGGCGAGAAGCTCATACTATGGTATTCAGCCTTTGATGATTGATGCACAG                         CAATTGATAATGATGCAACAATTTGCTCTCCGCGAATCAAGAGAAGCACAA
genomic: GGGCGAGAAGCTCATACTATGGTATTCAGCCTTTGATGATTGATGCACAGgtagattctt ... gtttctgaagCAATTGATAATGATGCAACAATTTGCTCTCCGCGAATCAAGAGAAGCACAA
EST: gi|29629980|gb|CB634989.1|CB634989
EST:     GGGCGAGAAGCTCATACTATGGTATTCAGCCTTTGATGATTGATGCACAG                         CAATTGATAATGATGCAACAATTTGCTCTCCGCGAATCAAGAGAAGCACAA
genomic: GGGCGAGAAGCTCATACTATGGTATTCAGCCTTTGATGATTGATGCACAGgtagattctt ... gtttctgaagCAATTGATAATGATGCAACAATTTGCTCTCCGCGAATCAAGAGAAGCACAA
EST: gi|33682425|gb|CF310664.1|CF310664
EST:     GGCGAGAAGCTCATACTATGGTATTCAGCCTTTGATGATTGATGCACAG                         CAATTGATAATGATTCAACAATTTGCTCTCCGCGAATCAAGAGAAGCACAA
genomic: GGCGAGAAGCTCATACTATGGTATTCAGCCTTTGATGATTGATGCACAGgtagattctt ... gtttctgaagCAATTGATAATGATGCAACAATTTGCTCTCCGCGAATCAAGAGAAGCACAA
EST: gi|29622198|gb|CB627209.1|CB627209
EST:     GGGCGAGAAGCTCATACTATGGTATTCAGCCTTTGATGATTGATGCACAG                         CAATTGATAATGATGCAACAATTTGCTCTCCGCGAATCAAGAGAAGCACAA
genomic: GGGCGAGAAGCTCATACTATGGTATTCAGCCTTTGATGATTGATGCACAGgtagattctt ... gtttctgaagCAATTGATAATGATGCAACAATTTGCTCTCCGCGAATCAAGAGAAGCACAA
EST: gi|29669273|gb|CB665548.1|CB665548
EST:     GGGCGAGAAGCTCATACTATGGTATTCAGCCTTTGATGATTGATGCACAG                         CAATTGATAATGATGCAACAATTTGCTCTCCGCGAATCAAGAGAAGCACAA
genomic: GGGCGAGAAGCTCATACTATGGTATTCAGCCTTTGATGATTGATGCACAGgtagattctt ... gtttctgaagCAATTGATAATGATGCAACAATTTGCTCTCCGCGAATCAAGAGAAGCACAA
EST: gi|3760896|gb|C98150.1|C98150
EST:     GGGCGAGAAGCTCATACTATGGTATTCAGCCTTTGATGATTGATGCACAG                         CAATTGATAATGATGCAACAATTTGCTCTCCGCGAATCAAGAGAAGCACAA
genomic: GGGCGAGAAGCTCATACTATGGTATTCAGCCTTTGATGATTGATGCACAGgtagattctt ... gtttctgaagCAATTGATAATGATGCAACAATTTGCTCTCCGCGAATCAAGAGAAGCACAA
EST: gi|29684935|gb|CB681210.1|CB681210
EST:     GGGCGAGAAGCTCATACTATGGTATTCAGCCTTTGATGATTGATGCACAG                         CAATTGATAATGATGCAACAATTTGCTCTCCGCGAATCAAGAGAAGCACAA
genomic: GGGCGAGAAGCTCATACTATGGTATTCAGCCTTTGATGATTGATGCACAGgtagattctt ... gtttctgaagCAATTGATAATGATGCAACAATTTGCTCTCCGCGAATCAAGAGAAGCACAA
EST: gi|3760897|gb|C98151.1|C98151
EST:     GCCTTTGATGATTGATGCACCAG                         CAATTGATAATGATGCAACAATTTGCTCTCCGCGAATCAAGAGAAGCACA
genomic: GCCTTTGATGATTGATGCA-CAGgtagattctt ... gtttctgaagCAATTGATAATGATGCAACAATTTGCTCTCCGCGAATCAAGAGAAGCACA
EST: gi|7839221|gb|AU090632.1|AU090632
EST:     GGGCGAGANGCTCATACTATGGTATTCAGCCTTTGATGATTGATGCACAG                         CAATTGATAATGATGCNACAATTTGCTCTCCGCGAATCAAGAGANGCACAA
genomic: GGGCGAGAAGCTCATACTATGGTATTCAGCCTTTGATGATTGATGCACAGgtagattctt ... gtttctgaagCAATTGATAATGATGCAACAATTTGCTCTCCGCGAATCAAGAGAAGCACAA
EST: gi|29669272|gb|CB665547.1|CB665547
EST:     GGGCGAGAAGCTCATACTATGGTATTCAGCCTTTGATGATTGATGCACAG                         CAATTGATAATGATGCAACAATTTGCTCTCCGCGAATCAAGAGAAGCACAA
genomic: GGGCGAGAAGCTCATACTATGGTATTCAGCCTTTGATGATTGATGCACAGgtagattctt ... gtttctgaagCAATTGATAATGATGCAACAATTTGCTCTCCGCGAATCAAGAGAAGCACAA
EST: gi|29623670|gb|CB628681.1|CB628681
EST:     GGGCGAGAAGCTCATACTATGGTATTCAGCCTTTGATGATTGATGCACAG                         CAATTGATAATGATGCAACAATTTGCTCTCCGCGAATCAAGAGAAGCACAA
genomic: GGGCGAGAAGCTCATACTATGGTATTCAGCCTTTGATGATTGATGCACAGgtagattctt ... gtttctgaagCAATTGATAATGATGCAACAATTTGCTCTCCGCGAATCAAGAGAAGCACAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ACATGCAAGGAATGTACTCATAGGGCATGCTAACAGCGGAAGGAACAGAAGGGCGAGAAGCTCATACTATGGTATTCAGCCTTTGATGATTGATGCACAGgtagattcttctccattcctactgtaatcaatatatatttgaattttaattatgaactgaaacaagatgttgtttctgaag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA