Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTATGCAGCTGGCCGTTGGCATTTGTGGGAAAGCTTATCCCTGTCCCAGAGAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaactgcattagtgcatttctgtatttatgtttgacactaaaacatagtgcactttcttgcggaggcacagtaccgaagtgaaattttacagtag...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os04g51610.3
intron # 32
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88454788|gb|CI511760.1|CI511760
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATTTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAC                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACCCTGATCACAGCGATTTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88563740|gb|CI494457.1|CI494457
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88287274|gb|CI502631.1|CI502631
EST:     GGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88418859|gb|CI506620.1|CI506620
EST:     ATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: ATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88564503|gb|CI495220.1|CI495220
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88461179|gb|CI507235.1|CI507235
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATTTTTCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATNACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88292990|gb|CI507768.1|CI507768
EST:     AGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACNCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: AGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88464863|gb|CI512168.1|CI512168
EST:     TTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: TTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|163928563|gb|EG710872.1|EG710872
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88561746|gb|CI492463.1|CI492463
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGNTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88257095|gb|CI359483.1|CI359483
EST:     AGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: AGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATG-TTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88562876|gb|CI493593.1|CI493593
EST:     GAAACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTNCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88565673|gb|CI496390.1|CI496390
EST:     AGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: AGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|86889479|gb|CI317279.1|CI317279
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88383257|gb|CI540670.1|CI540670
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88462197|gb|CI511862.1|CI511862
EST:     GGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88566446|gb|CI497163.1|CI497163
EST:     GGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATNCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88562497|gb|CI493214.1|CI493214
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88434382|gb|CI501808.1|CI501808
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATAACGCTGATCACAGCGATTTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88287652|gb|CI507542.1|CI507542
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACCCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88462209|gb|CI511874.1|CI511874
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATTTTTCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACCCTGATCACANCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88566958|gb|CI497675.1|CI497675
EST:     CTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: CTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88561887|gb|CI492604.1|CI492604
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88287621|gb|CI507511.1|CI507511
EST:     CATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTNCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAA-GGTGATGACGCTGATCACACCGATGTATGAAGNTACG
genomic: CATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88292512|gb|CI502757.1|CI502757
EST:     GGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88562342|gb|CI493059.1|CI493059
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTGTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGNTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|88562892|gb|CI493609.1|CI493609
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
EST: gi|86883458|gb|CI338037.1|CI338037
EST:     GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCGGCCCAGGAAATAAACAAG                         CTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG
genomic: GAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaact ... tttggtgcagCTGCTGATGCCAAGGGTGATGACGCTGATCACAGCGATGTATGAAGCTACG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTATGCAGCTGGCCGTTGGCATTTGTGGGAAAGCTTATCCCTGTCCCAGAGAGACCATTAGGAGATTTCTTTGCATGTTGCTGCCCAGGAAGTAAACAAGgtaagcaactgcattagtgcatttctgtatttatgtttgacactaaaacatagtgcactttcttgcggaggcacagtaccgaagtgaaattttacagtag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC