1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' |
TTATCTTTTTACCGGGAGTCGGGATGGTACCTTGAAGAGGTGGGAACCAAAAAATGGAGTCGCAAGCTTCTCAGCAACTTTTGAGTCACATGTTGATTGGgtatgcgtttctctgtttttactccagtcgatttaatattgttatttgaccattacgttttgaaattttactagcccaaagttacatgatgacgcatacc...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os12g06810.4 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AAAATGGAGTCGCAAGCTTCTCAGCAACTTTTGAGTCACATGTTGATTGG GTTAATGATGCCATTEST: gi|88299299|gb|CI572251.1|CI572251
genomic: AAAATGGAGTCGCAAGCTTCTCAGCAACTTTTGAGTCACATGTTGATTGGgtatgcgttt ... tatcatgcagGTTAATGATGCCATT
EST: AAAATGGAGTCGCAAGCTTCTCAGCAACTTTTGAGTCACATGTTGATTGG GTTAATGATGCCATTATTEST: gi|88385685|gb|CI566547.1|CI566547
genomic: AAAATGGAGTCGCAAGCTTCTCAGCAACTTTTGAGTCACATGTTGATTGGgtatgcgttt ... tatcatgcagGTTAATGATGCCATTATT
EST: AAAATGGAGTCGCAAGCTTCTCAGCAACTTTTGAGTCACATGTTGATTGG GTTAATGATGCCATTATTGTTGGCCAAAATCTTGTTTCCTGTTCCTCAGATEST: gi|88575849|gb|CI669994.1|CI669994
genomic: AAAATGGAGTCGCAAGCTTCTCAGCAACTTTTGAGTCACATGTTGATTGGgtatgcgttt ... tatcatgcagGTTAATGATGCCATTATTGTTGGCCAAAATCTTGTTTCCTGTTCCTCAGAT
EST: AAAATGGAGTCGCAAGCTTCTCAGCAACTTTTGAGTCACATGTTGATTGG GTTAATGATGCCATTATTGTEST: gi|58659315|gb|CK047995.1|CK047995
genomic: AAAATGGAGTCGCAAGCTTCTCAGCAACTTTTGAGTCACATGTTGATTGGgtatgcgttt ... tatcatgcagGTTAATGATGCCATTATTGT
EST: AAAATGGAGTCGCAAGCTTCTCAGCAACTTTAGAGTCACATGTTGATTGG GTTAATGATGCCATTATTGTTGGCCAAAATCTTGTTTCCTGTTCCTCAGATEST: gi|88360459|gb|CI608461.1|CI608461
genomic: AAAATGGAGTCGCAAGCTTCTCAGCAACTTTTGAGTCACATGTTGATTGGgtatgcgttt ... tatcatgcagGTTAATGATGCCATTATTGTTGGCCAAAATCTTGTTTCCTGTTCCTCAGAT
EST: AAAATGGAGTCGCAAGCTTCTCAGCAACTTTTGAGTCACATGTTGATTGG GTTAATGATGCCATTATTGTTGGGCAAAATCTTGEST: gi|88392951|gb|CI614833.1|CI614833
genomic: AAAATGGAGTCGCAAGCTTCTCAGCAACTTTTGAGTCACATGTTGATTGGgtatgcgttt ... tatcatgcagGTTAATGATGCCATTATTGTTGGCCAAAATCTTG
EST: AAAATGGAGTCGCAAGCTTCTCAGCAACTTTTGAGTCACATGTTGATTGG GTTAATGATGCCATTATTGTTGGC-AAAATCTTGTTTCCTGTTCCTCAGATEST: gi|117217320|gb|CT852008.1|CT852008
genomic: AAAATGGAGTCGCAAGCTTCTCAGCAACTTTTGAGTCACATGTTGATTGGgtatgcgttt ... tatcatgcagGTTAATGATGCCATTATTGTTGGCCAAAATCTTGTTTCCTGTTCCTCAGAT
EST: AAAATGGAGTCGCAAGCTTCTCAGCAACTTTTGAGTCACATGTTGATTGG GTTAATGATGCCATTATTGTTGGCCAAAATCTTGTTTCCTGTTCCTCAGATEST: gi|87023589|gb|CI286340.1|CI286340
genomic: AAAATGGAGTCGCAAGCTTCTCAGCAACTTTTGAGTCACATGTTGATTGGgtatgcgttt ... tatcatgcagGTTAATGATGCCATTATTGTTGGCCAAAATCTTGTTTCCTGTTCCTCAGAT
EST: AAAATGGAGTCGCAAGCTTCTCAGCAACTTTTGAGTCACATGTTGATTGG GTTAATGATGCCATTATTGTTGGCCAAAATCTTGTTTCCTGTTCCTCAGATEST: gi|29666968|gb|CB663243.1|CB663243
genomic: AAAATGGAGTCGCAAGCTTCTCAGCAACTTTTGAGTCACATGTTGATTGGgtatgcgttt ... tatcatgcagGTTAATGATGCCATTATTGTTGGCCAAAATCTTGTTTCCTGTTCCTCAGAT
EST: AAAATGGAGTCGCAAGCTTCTCAGCAACTTTTGAGTCACATGTTGATTGG GTTAATGATGCCATTATTGTTGGCCAAAATCTTGTTTCCTGTTCCTCAGATEST: gi|29678629|gb|CB674904.1|CB674904
genomic: AAAATGGAGTCGCAAGCTTCTCAGCAACTTTTGAGTCACATGTTGATTGGgtatgcgttt ... tatcatgcagGTTAATGATGCCATTATTGTTGGCCAAAATCTTGTTTCCTGTTCCTCAGAT
EST: AAAATGGAGTCGCAAGCTTCTCAGCAACTTTTGAGTCACATGTTGATTGG GTTAATGATGCCATTATTGTTGGCCAAAATCTTGTTTCCTGTTCCTCAGAT
genomic: AAAATGGAGTCGCAAGCTTCTCAGCAACTTTTGAGTCACATGTTGATTGGgtatgcgttt ... tatcatgcagGTTAATGATGCCATTATTGTTGGCCAAAATCTTGTTTCCTGTTCCTCAGAT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TTATCTTTTTACCGGGAGTCGGGATGGTACCTTGAAGAGGTGGGAACCAAAAAATGGAGTCGCAAGCTTCTCAGCAACTTTTGAGTCACATGTTGATTGGgtatgcgtttctctgtttttactccagtcgatttaatattgttatttgaccattacgttttgaaattttactagcccaaagttacatgatgacgcatacc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT