Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAGCGAAGCAGTCAACTTTCTTAGTGAGAAACAAATACAAGATAAGATAATGACTATCCTTCATGACACTTGTTCTCAGACATTCTCCTTTGAGCAAAAGgtaattgttcccttttgatttggtttgttagatcttatatattgtgtctgtatattagaaatacaaccaatttgatcaaaagatatgacacatgtaggaatttgattcccttactaaagtaccaagaaggaaagatattccatgaacaatagtagtttaacatgatcactttgtatgtctgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os12g02094.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|112786000|gb|EE591849.1|EE591849
EST:     TGACTATCCTTCATGACACTTGTTCTCAGACATTCTCCTTTGAGCAAAAG                         TGTCTTGAGACTATGGACTCCTATGCAACTCTCGTCTTTGCAAAAATTGCT
genomic: TGACTATCCTTCATGACACTTGTTCTCAGACATTCTCCTTTGAGCAAAAGgtaattgttc ... atgtctgcagTGTCTTGAGACTATGGACTCCTATGCAACTCTCGTCTTTGCAAAAATTGCT
EST: gi|33799287|gb|CF325500.1|CF325500
EST:     TGACTATCCTTCATGACACTTGTTCTCAGACATTCTCCTTTGAGCAAAAG                         TGTCTTGAGACTATGGACTCCTATGCAACTCTCGTCTTTGCAAAAATTGCT
genomic: TGACTATCCTTCATGACACTTGTTCTCAGACATTCTCCTTTGAGCAAAAGgtaattgttc ... atgtctgcagTGTCTTGAGACTATGGACTCCTATGCAACTCTCGTCTTTGCAAAAATTGCT
EST: gi|33682433|gb|CF310672.1|CF310672
EST:     TGACTATCCTTCATGACACTTGTTCTCAGACATTCTCCTTTGAGCAAAAG                         TGTCTTGAGACTATGGACTCCTATGCAACTCTCGTCTTTGCAAAAATTGCT
genomic: TGACTATCCTTCATGACACTTGTTCTCAGACATTCTCCTTTGAGCAAAAGgtaattgttc ... atgtctgcagTGTCTTGAGACTATGGACTCCTATGCAACTCTCGTCTTTGCAAAAATTGCT
EST: gi|33685697|gb|CF313936.1|CF313936
EST:     TGACTATCCTTCATGACACTTGTTCTCAGACATTCTCCTTTGAGCAAAAG                         TGTCTTGAGACTATGGACTCCTATGCAACTCTCGTCTTTGCAAAAATTGCT
genomic: TGACTATCCTTCATGACACTTGTTCTCAGACATTCTCCTTTGAGCAAAAGgtaattgttc ... atgtctgcagTGTCTTGAGACTATGGACTCCTATGCAACTCTCGTCTTTGCAAAAATTGCT
EST: gi|33662366|gb|CF293333.1|CF293333
EST:     TGACTATCCTTCATGACACTTGTTCTCAGACATTCTCCTTTGAGCAAAAG                         TGTCTTGAGACTATGGACTCCTATGCAACTCTCGTCTTTGCAAAAATTGCT
genomic: TGACTATCCTTCATGACACTTGTTCTCAGACATTCTCCTTTGAGCAAAAGgtaattgttc ... atgtctgcagTGTCTTGAGACTATGGACTCCTATGCAACTCTCGTCTTTGCAAAAATTGCT
EST: gi|33674096|gb|CF302335.1|CF302335
EST:     TGACTATCCTTCATGACACTTGTTCTCAGACATTCTCCTTTGAGCAAAAG                         TGTCTTGAGACTATGGACTCCTATGCAACTCTCGTCTTTGCAAAAA
genomic: TGACTATCCTTCATGACACTTGTTCTCAGACATTCTCCTTTGAGCAAAAGgtaattgttc ... atgtctgcagTGTCTTGAGACTATGGACTCCTATGCAACTCTCGTCTTTGCAAAAA
EST: gi|3759063|gb|C96762.1|C96762
EST:     TGACTATCCTTCATGACACTTGTTCTCAGACATTCTCCTTTGAGCAAAAG                         TGTCTTGAGACTATGGACTCCTATGGCAACTCTCGTCTTTGCAAAAATTGC
genomic: TGACTATCCTTCATGACACTTGTTCTCAGACATTCTCCTTTGAGCAAAAGgtaattgttc ... atgtctgcagTGTCTTGAGACTATGGACTCCTATG-CAACTCTCGTCTTTGCAAAAATTGC
EST: gi|163920568|gb|EG714508.1|EG714508
EST:     TGACTATCCTTCATGACACTTGTTCTCAGACATTCTCCTTTGAGCAAAAG                         TGTCTTGAGACTATGGACTCCTATGCAACTCTCGTCTTTGCAAAAATTGCT
genomic: TGACTATCCTTCATGACACTTGTTCTCAGACATTCTCCTTTGAGCAAAAGgtaattgttc ... atgtctgcagTGTCTTGAGACTATGGACTCCTATGCAACTCTCGTCTTTGCAAAAATTGCT
EST: gi|88403184|gb|CI570925.1|CI570925
EST:     TGACTATCCTTCATGACACTTGTTCTCAGACATTCTCCTTTGAGCAAAAG                         TGTCTTGAGACTATGGACTCCTATGCAACTCTCGTCTTTGGAAAA-TTGCT
genomic: TGACTATCCTTCATGACACTTGTTCTCAGACATTCTCCTTTGAGCAAAAGgtaattgttc ... atgtctgcagTGTCTTGAGACTATGGACTCCTATGCAACTCTCGTCTTTGCAAAAATTGCT
EST: gi|3759064|gb|C96763.1|C96763
EST:     TGACTACCCTTCATGACACTTNTTCTCAGACATTCCCCTTTGAGCAAAAG                         TGTCTTGAGACTATGNCCCCCTATGCAACTCTCGTC-TTGCAAAAATTGCT
genomic: TGACTATCCTTCATGACACTTGTTCTCAGACATTCTCCTTTGAGCAAAAGgtaattgttc ... atgtctgcagTGTCTTGAGACTATGGACTCCTATGCAACTCTCGTCTTTGCAAAAATTGCT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 61 (upstream exon), 75 (downstream exon)
Score: 44

AAGCGAAGCAGTCAACTTTCTTAGTGAGAAACAAATACAAGATAAGATAATGACTATCCTTCATGACACTTGTTCTCAGACATTCTCCTTTGAGCAAAAGgtaattgttc ... atgtctgcagTGTCTTGAGACTATGGACTCCTATGCAACTCTCGTCTTTGCAAAAATTGCTGAGATTAAGCCAGATGAGTTCTGCAAACAGTATGGCCTCTGCAGGGACA




<











<


<