1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' |
GAAATTAACCATGCCGGAGCTGGTGGGATATGGGCGGAGCTTGTCAGTAACAGAGgtaactgtcagcttgataatcatgcctcttggttcccttggaagctatgagaaatgaatggatgcacttgactaagttgcagatttgttacatggaaata...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os11g03780.1 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TAAACATGCCGGAGCTGGTGGGATATGGGCGGAGCTTGTCAGTAACAGAG GGTTTGAAGCTGGAGGGCCCCACACCCCTTCAAATATTGACCCATGGTCTAEST: gi|58671742|gb|CK060428.1|CK060428
genomic: TAACCATGCCGGAGCTGGTGGGATATGGGCGGAGCTTGTCAGTAACAGAGgtaactgtca ... tatacttcagGGTTTGAAGCTGGAGGGCCCCACACCCCTTCAAATATTGACCCATGGTCTA
EST: TAACCATGCCGGAGCTGGTGGGATATGGGCGGAGCTTGTCAGTAACAGAG GGTTTGAAGCTGGAGGGCCCCACACCCCTTCAAATATTGACCCATGGTCTAEST: gi|88695436|gb|CI737474.1|CI737474
genomic: TAACCATGCCGGAGCTGGTGGGATATGGGCGGAGCTTGTCAGTAACAGAGgtaactgtca ... tatacttcagGGTTTGAAGCTGGAGGGCCCCACACCCCTTCAAATATTGACCCATGGTCTA
EST: TAACCATGCCGGAGCTGGTGGGATATGGGCGGAGCTTGTCAGTAACAGAG GGTTTGAAGCTGGAGGGCEST: gi|88727707|gb|CI749509.1|CI749509
genomic: TAACCATGCCGGAGCTGGTGGGATATGGGCGGAGCTTGTCAGTAACAGAGgtaactgtca ... tatacttcagGGTTTGAAGCTGGAGGGC
EST: AACCATGCCGGAGCTGGTGGGATATGGGNCGGAGCTTGTCAGTAACAGAG GGTTTGAAGCTGGAGGGGCCCACACCCCTTCEST: gi|88692709|gb|CI736284.1|CI736284
genomic: AACCATGCCGGAGCTGGTGGGATATGGG-CGGAGCTTGTCAGTAACAGAGgtaactgtca ... tatacttcagGGTTTGAAGCTGGAGGGCCCCACACCCCTTC
EST: TAACCATGCCGGAGCTGGTGGGATATGGGCGGAGCTTGTCAGTAACAGAG GGTTTGAAGCTGGAGGGCCCCACACCCCTTCAAATATTGACEST: gi|88718003|gb|CI741513.1|CI741513
genomic: TAACCATGCCGGAGCTGGTGGGATATGGGCGGAGCTTGTCAGTAACAGAGgtaactgtca ... tatacttcagGGTTTGAAGCTGGAGGGCCCCACACCCCTTCAAATATTGAC
EST: TAACCATGCCGGAGCTGGTGGGATATGGGCGGAGCTTGTCAGTAACAGAG GGTTTGAAGCTEST: gi|88719222|gb|CI742732.1|CI742732
genomic: TAACCATGCCGGAGCTGGTGGGATATGGGCGGAGCTTGTCAGTAACAGAGgtaactgtca ... tatacttcagGGTTTGAAGCT
EST: TAACCATGCCGGAGCTGGTGGGATATGGGCGGAGCTTGTCAGTAACAGAG GGTTTGAAGCTGGAGGGCCCCEST: gi|88726971|gb|CI750626.1|CI750626
genomic: TAACCATGCCGGAGCTGGTGGGATATGGGCGGAGCTTGTCAGTAACAGAGgtaactgtca ... tatacttcagGGTTTGAAGCTGGAGGGCCCC
EST: TAACCATGCCGGAGCTGGTGGGATATGGGCGGAGCTTGTCAGTAACAGAG GGTTTGAAGCTGGAGGGCCCCACACCCCCTTCAAATATTGACCCATGGTCTEST: gi|58604955|gb|CK032988.1|CK032988
genomic: TAACCATGCCGGAGCTGGTGGGATATGGGCGGAGCTTGTCAGTAACAGAGgtaactgtca ... tatacttcagGGTTTGAAGCTGGAGGGCCCCACACCCC-TTCAAATATTGACCCATGGTCT
EST: TAACCATGCCGGAGCTGGTGGGATATGGGCGGAGCTTGTCAGTAACAGAG GGTTTGAAGCTGGAGGGCCCCACACCCCTTCAAATATTGACCCATGGTCTAEST: gi|88392471|gb|CI612945.1|CI612945
genomic: TAACCATGCCGGAGCTGGTGGGATATGGGCGGAGCTTGTCAGTAACAGAGgtaactgtca ... tatacttcagGGTTTGAAGCTGGAGGGCCCCACACCCCTTCAAATATTGACCCATGGTCTA
EST: TAACCATGCCGGAGCTGGTGGGATATGGGCGGAGCTTGTCAGTAACAGAG GGTTTGAAGCTGGAGGGCCCCACACCCCTTCAAATATTGACCCATGGTCTAEST: gi|88311923|gb|CI577529.1|CI577529
genomic: TAACCATGCCGGAGCTGGTGGGATATGGGCGGAGCTTGTCAGTAACAGAGgtaactgtca ... tatacttcagGGTTTGAAGCTGGAGGGCCCCACACCCCTTCAAATATTGACCCATGGTCTA
EST: TAACCATGCCGGAGCTGGTGGGATATGGGCGGAGCTTGTCAGTAACAGAG GGTTTGAAGCTGGAGGGCCCCACACCCCTTCAAATATTGACCCATGGTCTAEST: gi|88400278|gb|CI590968.1|CI590968
genomic: TAACCATGCCGGAGCTGGTGGGATATGGGCGGAGCTTGTCAGTAACAGAGgtaactgtca ... tatacttcagGGTTTGAAGCTGGAGGGCCCCACACCCCTTCAAATATTGACCCATGGTCTA
EST: TAAACATGCCGGAGCTGGTGGGATATGGGCGGAGCTTGTCAGTAACAGAG GATTTGAAGCTGGAGGGCCCCACACCCCTTCAAACTATTGATCCCATGGTCEST: gi|88372707|gb|CI612635.1|CI612635
genomic: TAACCATGCCGGAGCTGGTGGGATATGGGCGGAGCTTGTCAGTAACAGAGgtaactgtca ... tatacttcagGGTTTGAAGCTGGAGGGCCCCACACCCCTTCAAA-TATTGA-CCCATGGTC
EST: TAACCATGCCGGAGCTGGTGGGATATGGGCGGAGCTTGTCAGTAACAGAG GGTTTGAAGCTGGAGGGEST: gi|88314494|gb|CI604978.1|CI604978
genomic: TAACCATGCCGGAGCTGGTGGGATATGGGCGGAGCTTGTCAGTAACAGAGgtaactgtca ... tatacttcagGGTTTGAAGCTGGAGGG
EST: TAACCATGCCGGAGCTGGTGGGATATGGGCGGAGCTTGTCAGTAACAGAG GGTTTGAAGCTGGAGGGCCCCACACCCCTTCAAATATTGACCCATGGTCTAEST: gi|88405712|gb|CI609611.1|CI609611
genomic: TAACCATGCCGGAGCTGGTGGGATATGGGCGGAGCTTGTCAGTAACAGAGgtaactgtca ... tatacttcagGGTTTGAAGCTGGAGGGCCCCACACCCCTTCAAATATTGACCCATGGTCTA
EST: TAATCATGCCGGAGCTGGTGGGATATGGGCGGAGCTTGTCAGTAACAGAG GGTTTGAAGCTGGAGGGCCCCEST: gi|88695959|gb|CI739534.1|CI739534
genomic: TAACCATGCCGGAGCTGGTGGGATATGGGCGGAGCTTGTCAGTAACAGAGgtaactgtca ... tatacttcagGGTTTGAAGCTGGAGGGCCCC
EST: TAACCATGCCGGAGCTGGTGGGATATGGGCGGAGCTTGTCAGTAACAGAG GGTTTGAAGCTGGAGGGCCCCACACCCCEST: gi|88314645|gb|CI606713.1|CI606713
genomic: TAACCATGCCGGAGCTGGTGGGATATGGGCGGAGCTTGTCAGTAACAGAGgtaactgtca ... tatacttcagGGTTTGAAGCTGGAGGGCCCCACACCCC
EST: TAACCATGCCGGAGCTGGTGGGATATGGGCGGAGCTTGTCAGTAACAGAG GGTTTGAAGCTGGAGGGCCCCACACCCCTTCAAATATTGACCCATGGTCTA
genomic: TAACCATGCCGGAGCTGGTGGGATATGGGCGGAGCTTGTCAGTAACAGAGgtaactgtca ... tatacttcagGGTTTGAAGCTGGAGGGCCCCACACCCCTTCAAATATTGACCCATGGTCTA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GAAATTAACCATGCCGGAGCTGGTGGGATATGGGCGGAGCTTGTCAGTAACAGAGgtaactgtcagcttgataatcatgcctcttggttcccttggaagctatgagaaatgaatggatgcacttgactaagttgcagatttgttacatggaaata
- - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT