1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
CGGACCATGTGTGTCTTACATGCTGCGCAAACGTGCGCTCTACAATGACATGTCGAGgtaaatttgctctttttccaccatatgtttgttcatgcgaaagggcatgtagcttagtggttgcggtaatctgaatagtaccccaaggttctaagtttaa...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os10g39100.1 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TGTGTGTCTTACATGCTGCGCAAACGTGCGCTCTACAATGACATGTCGAG ATATGTGTGCTGTGCTGGGTACATGCCATGCAGCGGGAGATGCGGCGAGAGEST: gi|88764554|gb|CI773672.1|CI773672
genomic: TGTGTGTCTTACATGCTGCGCAAACGTGCGCTCTACAATGACATGTCGAGgtaaatttgc ... tgtgtttcagATATGTGTGCTGTGCTGGGTACATGCCATGCAGCGGGAGATGCGGCGAGAG
EST: TGTGTGTCTTACATGCTGCGCAAACGTGCGCTCTACAATGACATGTCGAG ATATGTGTGCTGTGCTGGGTACATGCCATGCAGCGGGAGATGCGGNGAGAGEST: gi|112786968|gb|EE591791.1|EE591791
genomic: TGTGTGTCTTACATGCTGCGCAAACGTGCGCTCTACAATGACATGTCGAGgtaaatttgc ... tgtgtttcagATATGTGTGCTGTGCTGGGTACATGCCATGCAGCGGGAGATGCGGCGAGAG
EST: TGTGTGTCTTACATGCTGCGCAAACGCGCGCTCTACAATGACATGTCGAG ATATGTGTGCTGTGCTGGGTACATGCCATGCAGCGGGAGATGCGGCGAGAGEST: gi|88735411|gb|CI758919.1|CI758919
genomic: TGTGTGTCTTACATGCTGCGCAAACGTGCGCTCTACAATGACATGTCGAGgtaaatttgc ... tgtgtttcagATATGTGTGCTGTGCTGGGTACATGCCATGCAGCGGGAGATGCGGCGAGAG
EST: TGTGTGTCTTACATGCTGCGCAAACGTGCGCTCTACAATGANATGTCGAG ATATGTGTGCTGTGCTGGGTACATGCCATGCAGCGGGAGATGCGGCGAGAGEST: gi|88736476|gb|CI759984.1|CI759984
genomic: TGTGTGTCTTACATGCTGCGCAAACGTGCGCTCTACAATGACATGTCGAGgtaaatttgc ... tgtgtttcagATATGTGTGCTGTGCTGGGTACATGCCATGCAGCGGGAGATGCGGCGAGAG
EST: TGTGTGTCTTACATGCTGCGCAAACGTGCGCTCTACAATGACATGTCGAG ATATGTGTGCTGTGCTGGGTACATGCCATGCAGCGGGAGATGCGGCGAGAG
genomic: TGTGTGTCTTACATGCTGCGCAAACGTGCGCTCTACAATGACATGTCGAGgtaaatttgc ... tgtgtttcagATATGTGTGCTGTGCTGGGTACATGCCATGCAGCGGGAGATGCGGCGAGAG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CGGACCATGTGTGTCTTACATGCTGCGCAAACGTGCGCTCTACAATGACATGTCGAGgtaaatttgctctttttccaccatatgtttgttcatgcgaaagggcatgtagcttagtggttgcggtaatctgaatagtaccccaaggttctaagtttaa
- - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - TGCTGC