Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGGAGCTGCTTGAAGAGCGGATGTCCCGTATTAAAGAAGATCCCTCTTTGAAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAAgtaggtgttgtatgctagtatttagatataactgtggcttttaaatttgctgagatggtttgcctcacttatttcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os09g33810.5
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os09g33810.5 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM5G800734_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
AGGAGCTGCTTGAAGAGCGGATGTCCCGTATTAAAGAAGATCCCTCTTTGAAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAAgtaggtgttgtatgctagtatttagatataactgt------ggctt------ttaaatttgctgagatggtttgcctcacttatttcag
|||||| |||||| ||| ||||| ||||||| || |||||||| || ||||||   ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||| | ||  | | ||  ||| ||| |      |   |      || || ||| ||| ||  |||   | ||| | || ||
AGGAGCAGCTTGAGGAGAGGATGGCCCGTATCAAGGAAGATCCATCCTTGAAGCCAATTCTTGATGAGATAGAGAATGGGGGTCCATCTGCAATGGTGAAgtaagtgttgt-tactgttgtctac-tattactatccacgagatctggtagctttaaattgttgatataattttattgactaaatttag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|38482356|gb|CF966398.1|CF966398
EST:     AAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAA                         GTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
genomic: AAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAAgtaggtgttg ... cttatttcagGTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
EST: gi|88723456|gb|CI746966.1|CI746966
EST:     AAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAA                         GTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
genomic: AAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAAgtaggtgttg ... cttatttcagGTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
EST: gi|55411016|gb|CV723392.1|CV723392
EST:     AAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAA                         GTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
genomic: AAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAAgtaggtgttg ... cttatttcagGTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
EST: gi|33679151|gb|CF307390.1|CF307390
EST:     GGTCCATCTGCTATGGTGAA                         GTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
genomic: GGTCCATCTGCTATGGTGAAgtaggtgttg ... cttatttcagGTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
EST: gi|29670242|gb|CB666517.1|CB666517
EST:     CTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAA                         GTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
genomic: CTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAAgtaggtgttg ... cttatttcagGTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
EST: gi|88728587|gb|CI752097.1|CI752097
EST:     AAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAA                         GTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
genomic: AAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAAgtaggtgttg ... cttatttcagGTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
EST: gi|29660377|gb|CB656652.1|CB656652
EST:     AAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAA                         GTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
genomic: AAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAAgtaggtgttg ... cttatttcagGTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
EST: gi|88425700|gb|CI689351.1|CI689351
EST:     TGGTCCATCTGCTATGGTGAA                         GTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
genomic: TGGTCCATCTGCTATGGTGAAgtaggtgttg ... cttatttcagGTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
EST: gi|38478876|gb|CF963009.1|CF963009
EST:     AAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAA                         GTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
genomic: AAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAAgtaggtgttg ... cttatttcagGTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
EST: gi|88331324|gb|CI675654.1|CI675654
EST:     TGGTCCATCTGCTATGGTGAA                         GTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
genomic: TGGTCCATCTGCTATGGTGAAgtaggtgttg ... cttatttcagGTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
EST: gi|569414|gb|D40263.1|D40263
EST:     ATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAA                         GTACTGGAATNACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
genomic: ATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAAgtaggtgttg ... cttatttcagGTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
EST: gi|3107410|gb|D43150.1|D43150
EST:     CTGCTATGGTGAA                         GTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
genomic: CTGCTATGGTGAAgtaggtgttg ... cttatttcagGTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
EST: gi|29646145|gb|CB651152.1|CB651152
EST:     GAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAA                         GTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
genomic: GAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAAgtaggtgttg ... cttatttcagGTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
EST: gi|29627632|gb|CB632643.1|CB632643
EST:     AAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAA                         GTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
genomic: AAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAAgtaggtgttg ... cttatttcagGTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
EST: gi|29613549|gb|CB618562.1|CB618562
EST:     AAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAA                         GTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
genomic: AAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAAgtaggtgttg ... cttatttcagGTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
EST: gi|88349307|gb|CI678284.1|CI678284
EST:     TGGTCCATCTGCTATGGTGAA                         GTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
genomic: TGGTCCATCTGCTATGGTGAAgtaggtgttg ... cttatttcagGTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
EST: gi|88745763|gb|CI769123.1|CI769123
EST:     AAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAA                         GTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
genomic: AAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAAgtaggtgttg ... cttatttcagGTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAAT
EST: gi|88729169|gb|CI752679.1|CI752679
EST:     AAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAA                         GTACTGGAATGGACC-TGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCCTATGTCA
genomic: AAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAAgtaggtgttg ... cttatttcagGTACTGGAATG-ACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGC-TATGTCA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 73 (downstream exon)
Score: 119

AGGAGCTGCTTGAAGAGCGGATGTCCCGTATTAAAGAAGATCCCTCTTTGAAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAAgtaggtgttg ... cttatttcagGTACTGGAATGACCCTGAAGTTCTTCAAAAGATTGGTCAGGCTATGTCAATTAATTTTCCAGGAGATGCTGCTACTTCCACTACATTGTCTGGACCTGAA




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGGAGCTGCTTGAAGAGCGGATGTCCCGTATTAAAGAAGATCCCTCTTTGAAGGGGATTCTTGATGAGATAGAGAGTGGTGGTCCATCTGCTATGGTGAAgtaggtgttgtatgctagtatttagatataactgtggcttttaaatttgctgagatggtttgcctcacttatttcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG