1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
CGATTTGGTCGACTTCTTCAACAGCCACCCGAATCTCCGCAAGTTTGATATTCATGGTGCCATGTTTGCTGCTCTGTGCCAGAAAAACAGCTTGAAGAATgtgagtgtttggtttggctttcgcggcatagcattgaactttaggttgttatgtaaggtattgatagatggctaatatttgtgaattgtgaatgcag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os09g28120.1 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTCATGGTGCCATGTTTGCTGCTCTGTGCCAGAAAAACAGCTTGAAGAAT TTAGATGCAAGGTTCTGCATCCCTTGCTTGGAAGAGGTTTTGATCACAGTGEST: gi|88962322|gb|CI097474.1|CI097474
genomic: TTCATGGTGCCATGTTTGCTGCTCTGTGCCAGAAAAACAGCTTGAAGAATgtgagtgttt ... gtgaatgcagTTAGATGCAAGGTTCTGCATCCCTTGCTTGGAAGAGGTTTTGATCACAGTG
EST: TTCATGGTGCCATGTTTGCTGCTCTGTGCCAGAAAAACAGCTTGAAGAAT TTAGATGCAAGGTTCTGCATCCCTTGCTTGGAAGAGGTTTTGATCACAGTGEST: gi|86426303|gb|CI071400.1|CI071400
genomic: TTCATGGTGCCATGTTTGCTGCTCTGTGCCAGAAAAACAGCTTGAAGAATgtgagtgttt ... gtgaatgcagTTAGATGCAAGGTTCTGCATCCCTTGCTTGGAAGAGGTTTTGATCACAGTG
EST: TTCATGGTGCCATGTTTGCTGCTCTGTGCCAGAAAAACAGCTTGAAGAAT TAAGATGCAAGGTTCTGCATCCCTTGCTTGGAAGAGGTTTTGATCACAGTGEST: gi|89192715|gb|CI050013.1|CI050013
genomic: TTCATGGTGCCATGTTTGCTGCTCTGTGCCAGAAAAACAGCTTGAAGAATgtgagtgttt ... gtgaatgcagTTAGATGCAAGGTTCTGCATCCCTTGCTTGGAAGAGGTTTTGATCACAGTG
EST: TTCATGGTGCCATGTTTGCTGCTCTGTGCCAGAAAAACAGCTTGAAGAAT TTAGATGCAAGGTTCTGCATCCCTTGCTTGGAAGAGGTTTTGATCACAGTGEST: gi|88225304|gb|CI225220.1|CI225220
genomic: TTCATGGTGCCATGTTTGCTGCTCTGTGCCAGAAAAACAGCTTGAAGAATgtgagtgttt ... gtgaatgcagTTAGATGCAAGGTTCTGCATCCCTTGCTTGGAAGAGGTTTTGATCACAGTG
EST: TTCATGGTGCCATGTTTGCTGCTCTGTGCCAGAAAAACAGCTTGAAGAAT TTAGATGCAAGGTTCTGCATCCCTTGCTTGGAAGAGGTTTTGATCACAGTGEST: gi|86499370|gb|CI142003.1|CI142003
genomic: TTCATGGTGCCATGTTTGCTGCTCTGTGCCAGAAAAACAGCTTGAAGAATgtgagtgttt ... gtgaatgcagTTAGATGCAAGGTTCTGCATCCCTTGCTTGGAAGAGGTTTTGATCACAGTG
EST: TTCATGGTGCCATGTTTGCTGCTCTGTGCCAGAAAAACAGCTTGAAGAAT TTAGATGCAAGGTTCTGCATCCCTTGCTTGGAAGAGGTTTTGATCACAGTGEST: gi|86433096|gb|CI093439.1|CI093439
genomic: TTCATGGTGCCATGTTTGCTGCTCTGTGCCAGAAAAACAGCTTGAAGAATgtgagtgttt ... gtgaatgcagTTAGATGCAAGGTTCTGCATCCCTTGCTTGGAAGAGGTTTTGATCACAGTG
EST: TTCATGGTGCCATGTTTGCTGCTCTGTGCCAGAAAAACAGCTTGAAGAAT TTAGATGCAAGGTTCTGCATCCCTTGCTTGGAAGAGGTTTTGATCACAGTGEST: gi|88245472|gb|CI245321.1|CI245321
genomic: TTCATGGTGCCATGTTTGCTGCTCTGTGCCAGAAAAACAGCTTGAAGAATgtgagtgttt ... gtgaatgcagTTAGATGCAAGGTTCTGCATCCCTTGCTTGGAAGAGGTTTTGATCACAGTG
EST: TTCATGGTGCCATGTTTGCTGCTCTGTGCCAGAAAAACAGCTTGAAGAAT TTAGATGCAAGGTTCTGCATCCCTTGCTTGGAAGAGGTTTTGATCACAGTG
genomic: TTCATGGTGCCATGTTTGCTGCTCTGTGCCAGAAAAACAGCTTGAAGAATgtgagtgttt ... gtgaatgcagTTAGATGCAAGGTTCTGCATCCCTTGCTTGGAAGAGGTTTTGATCACAGTG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CGATTTGGTCGACTTCTTCAACAGCCACCCGAATCTCCGCAAGTTTGATATTCATGGTGCCATGTTTGCTGCTCTGTGCCAGAAAAACAGCTTGAAGAATgtgagtgtttggtttggctttcgcggcatagcattgaactttaggttgttatgtaaggtattgatagatggctaatatttgtgaattgtgaatgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA