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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATCGAAGGGCAGCTTTGTACCATATGTGAGCTTGCTGTGGTTGGTGCAGATGCTTCAGGCCTCCTCTGCTCCCCTACGCAGTTGAGATAAGTGGCGCTAGgtaaaactcccttatattctttcttgtctctcaacactttgctatgatatattttaccatgatctgtactgattgtaaggaaataagtattatacatggt...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os09g04110.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88528122|gb|CI456336.1|CI456336
EST:     GCTTCAGGCCTCCTCTGGCTCCCCTACGCAGTTGAGATAAGTGGCGCTAG                         ATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG
genomic: GCTTCAGGCCTCCTCT-GCTCCCCTACGCAGTTGAGATAAGTGGCGCTAGgtaaaactcc ... tcgattgcagATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG
EST: gi|86437431|gb|CI119153.1|CI119153
EST:     TGCTTCAGGCCTCCTCTGCTCCCCTACGCAGTTGAGATAAGTGGCGCTAG                         ATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG
genomic: TGCTTCAGGCCTCCTCTGCTCCCCTACGCAGTTGAGATAAGTGGCGCTAGgtaaaactcc ... tcgattgcagATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG
EST: gi|88552800|gb|CI482844.1|CI482844
EST:     CTCCCCTACGCAGTTGAGATAAGTGGCGCTAG                         ATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG
genomic: CTCCCCTACGCAGTTGAGATAAGTGGCGCTAGgtaaaactcc ... tcgattgcagATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG
EST: gi|88534153|gb|CI462850.1|CI462850
EST:     TCCCCTACGCAGTTGAGATAAGTGGCGCTAG                         ATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG
genomic: TCCCCTACGCAGTTGAGATAAGTGGCGCTAGgtaaaactcc ... tcgattgcagATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG
EST: gi|88527798|gb|CI455984.1|CI455984
EST:     TCTGCTCCCCTACGCAGTTGAGATAAGTGGCGGTAG                         ATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG
genomic: TCTGCTCCCCTACGCAGTTGAGATAAGTGGCGCTAGgtaaaactcc ... tcgattgcagATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG
EST: gi|88347807|gb|CI655160.1|CI655160
EST:     TGCTTCAGGCCTCCTCTGCTCCCCTACGCAGTTGAGATAAGTGGCGCTAG                         ATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG
genomic: TGCTTCAGGCCTCCTCTGCTCCCCTACGCAGTTGAGATAAGTGGCGCTAGgtaaaactcc ... tcgattgcagATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG
EST: gi|27546044|gb|CA764258.2|CA764258
EST:     GAGATAAGTGGCGCTAG                         ATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG
genomic: GAGATAAGTGGCGCTAGgtaaaactcc ... tcgattgcagATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG
EST: gi|88524211|gb|CI452106.1|CI452106
EST:     CTCCTCTGCTCCCCTACGCAGTTGAGATAAGTGGCGCTAG                         ATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG
genomic: CTCCTCTGCTCCCCTACGCAGTTGAGATAAGTGGCGCTAGgtaaaactcc ... tcgattgcagATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG
EST: gi|88548134|gb|CI477048.1|CI477048
EST:     CAGTTGAGATAAGTGGCGGTAG                         ATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG
genomic: CAGTTGAGATAAGTGGCGCTAGgtaaaactcc ... tcgattgcagATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG
EST: gi|29629918|gb|CB634927.1|CB634927
EST:     TGCTTCAGGCCTCCTCTGCTCCCCTACGCAGTTGAGATAAGTGGCGCTAG                         T
genomic: TGCTTCAGGCCTCCTCTGCTCCCCTACGCAGTTGAGATAAGTGGCGCTAGgtaaaactcc ... tcgattgcag-
EST: gi|29629918|gb|CB634927.1|CB634927
EST:     TGCTTCAGGCCTCCTCTGCTCCCCTACGCAGTTGAGATAAGTGGCGCTAG                         T
genomic: TGCTTCAGGCCTCCTCTGCTCCCCTACGCAGTTGAGATAAGTGGCGCTAGgtaaaactcc ... tcgattgcag-
EST: gi|25044753|gb|AJ420736.1|AJ420736
EST:     TGCTTCAGGCCTCCTCTGCTCCCCTACGCAGTTGAGATAAGTGGCGCTAG                         ATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG
genomic: TGCTTCAGGCCTCCTCTGCTCCCCTACGCAGTTGAGATAAGTGGCGCTAGgtaaaactcc ... tcgattgcagATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG
EST: gi|27577243|gb|CA999937.1|CA999937
EST:     GCCTCCTCTGCTCCCCTACGCAGTTGAGATAAGTGCCTCTAG                         ATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG
genomic: GCCTCCTCTGCTCCCCTACGCAGTTGAGATAAGTGGCGCTAGgtaaaactcc ... tcgattgcagATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG
EST: gi|87027470|gb|CI272235.1|CI272235
EST:     TGCTTCAGGCCTCCTCTGCTCCCCTACGCAGTTGAGATAAGTGGCGCTAG                         ATGCCGTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTAAATG
genomic: TGCTTCAGGCCTCCTCTGCTCCCCTACGCAGTTGAGATAAGTGGCGCTAGgtaaaactcc ... tcgattgcagATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG
EST: gi|88437429|gb|CI528788.1|CI528788
EST:     TAAGTGGCGGTAG                         ATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG
genomic: TAAGTGGCGCTAGgtaaaactcc ... tcgattgcagATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG
EST: gi|89177549|gb|CI390728.1|CI390728
EST:     CAGTTGAGATAAGTGGCGCTAG                         ATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG
genomic: CAGTTGAGATAAGTGGCGCTAGgtaaaactcc ... tcgattgcagATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG
EST: gi|89177703|gb|CI390882.1|CI390882
EST:     CCTCTGCTCCCCTACGCAGTTGAGATAAGTGGCGCTAG                         ATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG
genomic: CCTCTGCTCCCCTACGCAGTTGAGATAAGTGGCGCTAGgtaaaactcc ... tcgattgcagATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG
EST: gi|29659096|gb|CB655371.1|CB655371
EST:     TGCTTCAGGCCTCCTCTGCTCCCCTACGCAGTTGAGATAAGTGGCGCTAG                         ATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG
genomic: TGCTTCAGGCCTCCTCTGCTCCCCTACGCAGTTGAGATAAGTGGCGCTAGgtaaaactcc ... tcgattgcagATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG
EST: gi|88530930|gb|CI459361.1|CI459361
EST:     GTTGAGATAAGTGGCGCTAG                         ATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG
genomic: GTTGAGATAAGTGGCGCTAGgtaaaactcc ... tcgattgcagATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG
EST: gi|88529747|gb|CI458089.1|CI458089
EST:     TTGAGATAAGTGGCGCTAG                         ATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG
genomic: TTGAGATAAGTGGCGCTAGgtaaaactcc ... tcgattgcagATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG
EST: gi|25797185|gb|CA753146.1|CA753146
EST:     TGCTTCAGGCCTCCTCTGCTCCCCTACGCAGTTGAGATAAGTGGCGCTAG                         ATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG
genomic: TGCTTCAGGCCTCCTCTGCTCCCCTACGCAGTTGAGATAAGTGGCGCTAGgtaaaactcc ... tcgattgcagATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG
EST: gi|88543366|gb|CI473367.1|CI473367
EST:     TGCTTCAGGCCTCCTCTGCTCCCCTACGCAGTTGAGATAAGTGGCGCTAG                         ATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG
genomic: TGCTTCAGGCCTCCTCTGCTCCCCTACGCAGTTGAGATAAGTGGCGCTAGgtaaaactcc ... tcgattgcagATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG
EST: gi|88839398|gb|CI000870.1|CI000870
EST:     TGCTTCAGGCCTCCTCTGCTCCCCTACGCAGTTGAGATAAGTGGCGCTAG                         ATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG
genomic: TGCTTCAGGCCTCCTCTGCTCCCCTACGCAGTTGAGATAAGTGGCGCTAGgtaaaactcc ... tcgattgcagATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG
EST: gi|88524712|gb|CI453655.1|CI453655
EST:     CAGTTGAGATAAGTGGCGCTAG                         ATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG
genomic: CAGTTGAGATAAGTGGCGCTAGgtaaaactcc ... tcgattgcagATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG
EST: gi|88543224|gb|CI473214.1|CI473214
EST:     TGCTTCAGGCCTCCTCTGCTCCCCTACGCAGTTGAGATAAGTGGCGCTAG                         ATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG
genomic: TGCTTCAGGCCTCCTCTGCTCCCCTACGCAGTTGAGATAAGTGGCGCTAGgtaaaactcc ... tcgattgcagATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG
EST: gi|27410188|gb|CA923258.1|CA923258
EST:     TGCTTCAGGCCTCCTCTGCTCCCCTACGCAGTTGAGATAAGTGGCGCTAG                         ATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAGCAATTGGACCTTTAATGCTCACATG
genomic: TGCTTCAGGCCTCCTCTGCTCCCCTACGCAGTTGAGATAAGTGGCGCTAGgtaaaactcc ... tcgattgcagATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG
EST: gi|88460294|gb|CI529369.1|CI529369
EST:     TGCTTCAGGCCTCCTCTGCTCCCCTACCCAGTTGAGATAAGTGGCGCTAG                         ATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG
genomic: TGCTTCAGGCCTCCTCTGCTCCCCTACGCAGTTGAGATAAGTGGCGCTAGgtaaaactcc ... tcgattgcagATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 48 (upstream exon), 16 (downstream exon)
Score: 4

ATCGAAGGGCAGCTTTGTACCATATGTGAGCTTGCTGTGGTTGGTGCAGATGCTTCAGGCCTCCTCTGCTCCCCTACGCAGTTGAGATAAGTGGCGCTAGgtaaaactcc ... tcgattgcagATGCCTTATTTCCAGCTCAGGAAAAACAATTGGACCTTTAATGCTTACATGGATGGAAAAATGGGATGTTAGATTTGATTTGTGATCAGAGAAGGCCATT




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATCGAAGGGCAGCTTTGTACCATATGTGAGCTTGCTGTGGTTGGTGCAGATGCTTCAGGCCTCCTCTGCTCCCCTACGCAGTTGAGATAAGTGGCGCTAGgtaaaactcccttatattctttcttgtctctcaacactttgctatgatatattttaccatgatctgtactgattgtaaggaaataagtattatacatggt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC