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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATGACTTGGCTGTGTACTCTGCATTTTCAACTGCGCCCTCTTCAAGCTATACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAGgtatgcatttttcccctttttttattctcttacattttatgttcagtgttgtgaattttctgaatgttgtatttcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os07g42300.2
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os07g42300.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G153569_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
ATGACTTGGCTGTGTACTCTGCATTTTCAACTGCGCCCTCTTCAAGCTATACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAGgtatgcatttttcccctttttttattctcttacattttatgttcagtgttgtgaattttctgaatgttgtatttcag
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ATGACCTGGCTGTCTACTCTTCATTTTTGGCTGATCCCTCATCCAAGTATATCAATGTAGCAAGGTGGTTTAATCACATTGATGCACTCCTGAGGCTGAGgtatgcccttcttggcctttatgtttcctaggtatcccgttagcagtga-gtgtgctaataatccatactatttcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|8857934|gb|AU095252.1|AU095252
EST:     ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAG                         TGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
genomic: ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAGgtatgcattt ... tgtatttcagTGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
EST: gi|218483403|gb|FG957310.1|FG957310
EST:     CTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAG                         TGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
genomic: CTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAGgtatgcattt ... tgtatttcagTGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
EST: gi|109974322|gb|DT806845.1|DT806845
EST:     ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAG                         TGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
genomic: ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAGgtatgcattt ... tgtatttcagTGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
EST: gi|218488272|gb|FG957711.1|FG957711
EST:     ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAG                         TGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
genomic: ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAGgtatgcattt ... tgtatttcagTGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
EST: gi|218504669|gb|FG959569.1|FG959569
EST:     ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAG                         TGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
genomic: ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAGgtatgcattt ... tgtatttcagTGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
EST: gi|163919727|gb|EG711657.1|EG711657
EST:     ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCTCTCCTACGTCTGAG                         TGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
genomic: ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAGgtatgcattt ... tgtatttcagTGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
EST: gi|218484393|gb|FG946270.1|FG946270
EST:     ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAG                         TGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
genomic: ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAGgtatgcattt ... tgtatttcagTGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
EST: gi|33793828|gb|CF322802.1|CF322802
EST:     ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAG                         TGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
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EST: gi|33680932|gb|CF309171.1|CF309171
EST:     ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAG                         TGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
genomic: ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAGgtatgcattt ... tgtatttcagTGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
EST: gi|55410327|gb|CV722703.1|CV722703
EST:     ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAG                         TGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
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EST: gi|218486383|gb|FG949948.1|FG949948
EST:     ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAG                         TGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
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EST: gi|218487740|gb|FG962547.1|FG962547
EST:     ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAG                         TGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
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EST: gi|58585610|gb|CF983918.1|CF983918
EST:     ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAG                         TGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
genomic: ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAGgtatgcattt ... tgtatttcagTGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
EST: gi|33679175|gb|CF307414.1|CF307414
EST:     ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAG                         TGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
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EST: gi|218490120|gb|FG959263.1|FG959263
EST:     ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAG                         TGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTGCC
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EST: gi|218500832|gb|FG957607.1|FG957607
EST:     ACCAATG-TGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAG                         TGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
genomic: ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAGgtatgcattt ... tgtatttcagTGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
EST: gi|58604129|gb|CK014657.1|CK014657
EST:     ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAG                         TGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
genomic: ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAGgtatgcattt ... tgtatttcagTGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
EST: gi|58585628|gb|CF983936.1|CF983936
EST:     ACCAATGTTGCTAGGTGGTGTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAG                         TGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
genomic: ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAGgtatgcattt ... tgtatttcagTGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
EST: gi|218497055|gb|FG946052.1|FG946052
EST:     ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAG                         TGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
genomic: ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAGgtatgcattt ... tgtatttcagTGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
EST: gi|218487487|gb|FG950696.1|FG950696
EST:     ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAG                         TGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
genomic: ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAGgtatgcattt ... tgtatttcagTGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
EST: gi|58610571|gb|CK038283.1|CK038283
EST:     ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATGGATGCACTCCTACGTCTGAG                         TGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
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EST: gi|88350619|gb|CI631342.1|CI631342
EST:     ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAG                         TGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTTGACAGNTGTTCC
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EST: gi|218481608|gb|FG958672.1|FG958672
EST:     ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAG                         TGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
genomic: ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAGgtatgcattt ... tgtatttcagTGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
EST: gi|88352964|gb|CI630142.1|CI630142
EST:     ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTA-TCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAG                         TGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCG
genomic: ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAGgtatgcattt ... tgtatttcagTGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCG
EST: gi|218479613|gb|FG956760.1|FG956760
EST:     ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAG                         TGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
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EST: gi|218481300|gb|FG969692.1|FG969692
EST:     ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAG                         TGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
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EST: gi|58685071|gb|CK073758.1|CK073758
EST:     ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAG                         TGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
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EST: gi|58596563|gb|CK007091.1|CK007091
EST:     ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAG                         TGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
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EST: gi|58676446|gb|CK065133.1|CK065133
EST:     ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAG                         TGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
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EST: gi|88345100|gb|CI628354.1|CI628354
EST:     ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAG                         TGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
genomic: ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAGgtatgcattt ... tgtatttcagTGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
EST: gi|163927663|gb|EG710491.1|EG710491
EST:     ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAG                         TGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
genomic: ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAGgtatgcattt ... tgtatttcagTGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
EST: gi|88732884|gb|CI756061.1|CI756061
EST:     ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAG                         TGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCG
genomic: ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAGgtatgcattt ... tgtatttcagTGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCG
EST: gi|58680576|gb|CK069263.1|CK069263
EST:     ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAG                         TGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
genomic: ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAGgtatgcattt ... tgtatttcagTGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
EST: gi|286985|gb|D15791.1|D15791
EST:     ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAG                         TTGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
genomic: ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAGgtatgcattt ... tgtatttcagTGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
EST: gi|218499366|gb|FG951061.1|FG951061
EST:     ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAG                         TGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTACC
genomic: ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAGgtatgcattt ... tgtatttcagTGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
EST: gi|38470541|gb|CF954672.1|CF954672
EST:     CTCCTACGTCTGAG                         TGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
genomic: CTCCTACGTCTGAGgtatgcattt ... tgtatttcagTGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
EST: gi|218494827|gb|FG945588.1|FG945588
EST:     ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAG                         TGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
genomic: ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAGgtatgcattt ... tgtatttcagTGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
EST: gi|33793482|gb|CF322624.1|CF322624
EST:     ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAG                         TGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
genomic: ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAGgtatgcattt ... tgtatttcagTGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
EST: gi|218502427|gb|FG965006.1|FG965006
EST:     ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAG                         TGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
genomic: ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAGgtatgcattt ... tgtatttcagTGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
EST: gi|58687056|gb|CK075743.1|CK075743
EST:     ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAG                         TGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
genomic: ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAGgtatgcattt ... tgtatttcagTGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
EST: gi|33659429|gb|CF282042.1|CF282042
EST:     ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAG                         TGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
genomic: ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAGgtatgcattt ... tgtatttcagTGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
EST: gi|58598400|gb|CK008928.1|CK008928
EST:     ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAG                         TGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
genomic: ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAGgtatgcattt ... tgtatttcagTGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
EST: gi|38478961|gb|CF963094.1|CF963094
EST:     ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAG                         TGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
genomic: ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAGgtatgcattt ... tgtatttcagTGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
EST: gi|58603875|gb|CK014403.1|CK014403
EST:     ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAG                         TGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
genomic: ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAGgtatgcattt ... tgtatttcagTGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
EST: gi|33806188|gb|CF328974.1|CF328974
EST:     ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAG                         TGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
genomic: ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAGgtatgcattt ... tgtatttcagTGGAGTTACTGCTGATGGTCAAGGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
EST: gi|218479067|gb|FG962848.1|FG962848
EST:     ACCAATGTTGCTAGGTGGTTTACTCACATTGATGCACTCCTACGTCTGAG                         TGGAGTTACTGCTGATGGTCAANGCGTAAAGGTCGAGTCGACAGCTGTTCC
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