1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
GTCGATAGTTTCTTGGGCCAGCGACGGACAACGGACCACGAAGCTATGACTAATATGAAGACTGAGTTCATGTCCCTCTGGGATGGCTTCACCACTGATCgtaagtacacactctgcttcaaacttatacatgaacatattccatgtccaaattgctagtaactatgcaaatatcctattctctttattatgtaatgata...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os06g50050.2 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TAATATGAAGACTGAGTTCATGTCCCTCTGGGATGGCTTCACCACTGATC AAAATGCCCGTGTTATGGTCCTTGCTGCTACTAACAGACCCTCTGAGCTAGEST: gi|218479629|gb|FG945760.1|FG945760
genomic: TAATATGAAGACTGAGTTCATGTCCCTCTGGGATGGCTTCACCACTGATCgtaagtacac ... ggctttgcagAAAATGCCCGTGTTATGGTCCTTGCTGCTACTAACAGACCCTCTGAGCTAG
EST: TAATATGAAGACTGAGTTCATGTCCCTCTGGGATGGCTTCACCACTGATC AAAATGCCCGTGTTATGGTCCTTGCTGCTACTAACAGACCCTCTGAGCTAGEST: gi|218505299|gb|FG958827.1|FG958827
genomic: TAATATGAAGACTGAGTTCATGTCCCTCTGGGATGGCTTCACCACTGATCgtaagtacac ... ggctttgcagAAAATGCCCGTGTTATGGTCCTTGCTGCTACTAACAGACCCTCTGAGCTAG
EST: TAATATGAAGACTGAGTTCATGTCCCTCTGGGATGGCTTCACCACTGATC AAAATGCCCGTGTTATGGTCCTTGCTGCTACTAACAGACCCTCTGAGCTAGEST: gi|29622367|gb|CB627378.1|CB627378
genomic: TAATATGAAGACTGAGTTCATGTCCCTCTGGGATGGCTTCACCACTGATCgtaagtacac ... ggctttgcagAAAATGCCCGTGTTATGGTCCTTGCTGCTACTAACAGACCCTCTGAGCTAG
EST: TAATATGAAGACTGAGTTCATGTCCCTCTGGGATGGCTTCACCACTGATC AAAATGCCCGTGTTATGGTCCTTGCTGCTACTAACAGACCCTCTGAGCTAGEST: gi|218482446|gb|FG948949.1|FG948949
genomic: TAATATGAAGACTGAGTTCATGTCCCTCTGGGATGGCTTCACCACTGATCgtaagtacac ... ggctttgcagAAAATGCCCGTGTTATGGTCCTTGCTGCTACTAACAGACCCTCTGAGCTAG
EST: TAATATGAAGACTGAGTTCATGTCCCTCTGGGATGGCTTCACCACTGATC AAAATGCCCGTGTTATGGTCCTTGCTGCTACTAACAGACCCTCTGAGCTAGEST: gi|33654383|gb|CF276997.1|CF276997
genomic: TAATATGAAGACTGAGTTCATGTCCCTCTGGGATGGCTTCACCACTGATCgtaagtacac ... ggctttgcagAAAATGCCCGTGTTATGGTCCTTGCTGCTACTAACAGACCCTCTGAGCTAG
EST: TAATATGAAGACTGAGTTCATGTCCCTCTGGGATGGCTTCACCACTGATC AAAATGCCCGTGTTATGGTCCTTGCTGCTACTAACAGACCCTCTGAGCTAG
genomic: TAATATGAAGACTGAGTTCATGTCCCTCTGGGATGGCTTCACCACTGATCgtaagtacac ... ggctttgcagAAAATGCCCGTGTTATGGTCCTTGCTGCTACTAACAGACCCTCTGAGCTAG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTCGATAGTTTCTTGGGCCAGCGACGGACAACGGACCACGAAGCTATGACTAATATGAAGACTGAGTTCATGTCCCTCTGGGATGGCTTCACCACTGATCgtaagtacacactctgcttcaaacttatacatgaacatattccatgtccaaattgctagtaactatgcaaatatcctattctctttattatgtaatgata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA