1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
CGCCCTCGTCGCAACCGCAGGTCGCCTGCTCTTAGGGCCGCATTCCAGGAGACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgattaaatccactgacatgaatggtgaacacacacaattagattttgatagattgagctcgttttgtgatgatctgcag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os06g49110.1 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTEST: gi|29616370|gb|CB621382.1|CB621382
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTEST: gi|29655802|gb|CB652077.1|CB652077
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTEST: gi|29645008|gb|CB650015.1|CB650015
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTEST: gi|29619108|gb|CB624120.1|CB624120
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTEST: gi|29643724|gb|CB648731.1|CB648731
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTEST: gi|29624058|gb|CB629069.1|CB629069
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: CAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTEST: gi|29660427|gb|CB656702.1|CB656702
genomic: CAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTEST: gi|29617546|gb|CB622558.1|CB622558
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTEST: gi|29637541|gb|CB642550.1|CB642550
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTEST: gi|29621569|gb|CB626580.1|CB626580
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTEST: gi|29673911|gb|CB670186.1|CB670186
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTEST: gi|29619411|gb|CB624423.1|CB624423
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTEST: gi|29679002|gb|CB675277.1|CB675277
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTEST: gi|29672090|gb|CB668365.1|CB668365
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTEST: gi|29667711|gb|CB663986.1|CB663986
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTEST: gi|29641133|gb|CB646140.1|CB646140
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTEST: gi|29661434|gb|CB657709.1|CB657709
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTEST: gi|29638674|gb|CB643683.1|CB643683
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTEST: gi|29681299|gb|CB677574.1|CB677574
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: GACCACCATCTCACCTTCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAA GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTEST: gi|58679478|gb|CK068165.1|CK068165
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTEST: gi|29687455|gb|CB683730.1|CB683730
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTEST: gi|29682583|gb|CB678858.1|CB678858
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTEST: gi|29641824|gb|CB646831.1|CB646831
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTEST: gi|29666981|gb|CB663256.1|CB663256
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTEST: gi|29624056|gb|CB629067.1|CB629067
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: CAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTEST: gi|29619315|gb|CB624327.1|CB624327
genomic: CAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTEST: gi|58612032|gb|CK039744.1|CK039744
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTEST: gi|29615586|gb|CB620598.1|CB620598
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTEST: gi|29624060|gb|CB629071.1|CB629071
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: CAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTEST: gi|58606899|gb|CK034932.1|CK034932
genomic: CAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTEST: gi|29688148|gb|CB684423.1|CB684423
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTEST: gi|29637162|gb|CB642171.1|CB642171
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTTEST: gi|29660273|gb|CB656548.1|CB656548
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
EST: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAG GGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
genomic: GACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgatt ... tgatctgcagGGGAAGATGATGCTCCTATTGGAGCTATGCCTGGGTGCTATAGGCTTGGTT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CGCCCTCGTCGCAACCGCAGGTCGCCTGCTCTTAGGGCCGCATTCCAGGAGACCACCATCTCACCTGCCAATTTGGTGCTCCCGCTGTTCATCCATGAAGgtgtgtgattaaatccactgacatgaatggtgaacacacacaattagattttgatagattgagctcgttttgtgatgatctgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT