Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCCCTGTGAACTGGACAAATGACACCCTAGACAGCATGAAGGTAGTCCACAGTAAAATTGACAAACTTTCAATATCAAACATACCTTATGGGTCAAACAGgtaagcctccataaatcatttgatatctggatgcggtgtattttgatgagttgtgtagagataaatgtttctttttttggtctggttcaatataaattgt...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os05g51630.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29660843|gb|CB657118.1|CB657118
EST:     AGTAAAATTGACAAACTTTCAATATCAAACATACCTTATGGGTCAAACAG                         GTTTGTTACTCACTTGGTTATGGCTTATGCTGTCACGTTTTGGACCTGCTA
genomic: AGTAAAATTGACAAACTTTCAATATCAAACATACCTTATGGGTCAAACAGgtaagcctcc ... tgttttacagGTTTGTTACTCACTTGGTTATGGCTTATGCTGTCACGTTTTGGACCTGCTA
EST: gi|5607371|gb|AU076043.1|AU076043
EST:     AGTAAAATTGACAAACTTTCAATATCAAACATACCTTATGGGTCAAACAG                         GTTTGTTACTCACTTGGTTATGGCTTATGCTGTCACGTTTTGGACCTGCTA
genomic: AGTAAAATTGACAAACTTTCAATATCAAACATACCTTATGGGTCAAACAGgtaagcctcc ... tgttttacagGTTTGTTACTCACTTGGTTATGGCTTATGCTGTCACGTTTTGGACCTGCTA
EST: gi|33675058|gb|CF303297.1|CF303297
EST:     AGTAAAATTGACAAACTTTCAATATCAAACATACCTTATGGGTCAAACAG                         GGTTTGTTACTCACTTGGTTATGGCTTATGCT
genomic: AGTAAAATTGACAAACTTTCAATATCAAACATACCTTATGGGTCAAACAGgtaagcctcc ... tgttttacagG-TTTGTTACTCACTTGGTTATGGCTTATGCT
EST: gi|29683379|gb|CB679654.1|CB679654
EST:     AGTAAAATTGACAAACTTTCAATATCAAACATACCTTATGGGTCAAACAG                         GTTTGTTACTCACTTGGTTATGGCTTATGCTGTCACGTTTTGGACCTGCTA
genomic: AGTAAAATTGACAAACTTTCAATATCAAACATACCTTATGGGTCAAACAGgtaagcctcc ... tgttttacagGTTTGTTACTCACTTGGTTATGGCTTATGCTGTCACGTTTTGGACCTGCTA
EST: gi|29666785|gb|CB663060.1|CB663060
EST:     AGTAAAATTGACAAACTTTCAATATCAAACATACCTTATGGGTCAAACAG                         GTTTGTTACTCACTTGGTTATGGCTTATGCTGTCACGTTTTGGACCTGCTA
genomic: AGTAAAATTGACAAACTTTCAATATCAAACATACCTTATGGGTCAAACAGgtaagcctcc ... tgttttacagGTTTGTTACTCACTTGGTTATGGCTTATGCTGTCACGTTTTGGACCTGCTA
EST: gi|58693629|gb|CK082316.1|CK082316
EST:     AGTAAAATTGACAAACTTTCAATATCAAACATACCTTATGGGTCAAACAG                         GTTTGTTACTCACTTGGTTATGGCTTATGCTGTCACGTTTTGGACCTGCTA
genomic: AGTAAAATTGACAAACTTTCAATATCAAACATACCTTATGGGTCAAACAGgtaagcctcc ... tgttttacagGTTTGTTACTCACTTGGTTATGGCTTATGCTGTCACGTTTTGGACCTGCTA