Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGTTCTCTCACAAAGATGCAAAAGGTTGAATGGAATAACAGgtcagcagcattaaccaacttaattgccaagttcctacatcccactctattattataagcttctgatgatacatcttctgaccctttgttactatag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os05g43540.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|14192049|gb|AU184260.1|AU184260
EST:     AAAGGCTATGGTTCTCTCACAAAGATGCAAAAGGTTGAATGGAATAACAG                         GGGCATGTCCACCGTCCATGCAATATTCATTACACTTATGTCAGCATACTT
genomic: AAAGGCTATGGTTCTCTCACAAAGATGCAAAAGGTTGAATGGAATAACAGgtcagcagca ... gttactatagGGGCATGTCCACCGTCCATGCAATATTCATTACACTTATGTCAGCATACTT
EST: gi|33691826|gb|CF320065.1|CF320065
EST:     AAAGGCTATGGTTCTCTCACAAAGATGCAAAAGGTTGAATGGAATAACAA                         GGGCATGTCCACCGTCCATGCAATATTCATTACACTTATGTCAGCATACTT
genomic: AAAGGCTATGGTTCTCTCACAAAGATGCAAAAGGTTGAATGGAATAACAGgtcagcagca ... gttactatagGGGCATGTCCACCGTCCATGCAATATTCATTACACTTATGTCAGCATACTT
EST: gi|87017390|gb|CI287930.1|CI287930
EST:     AAAGGCTATGGTTCTCTCACAAAGATGCAAAAGGTTGAATGGAATAACAG                         GGGCATGTCCACCGTCCATGCAA
genomic: AAAGGCTATGGTTCTCTCACAAAGATGCAAAAGGTTGAATGGAATAACAGgtcagcagca ... gttactatagGGGCATGTCCACCGTCCATGCAA
EST: gi|88396750|gb|CI620083.1|CI620083
EST:     AAAGGCTATGGTTCTCTCACAAAGATGCAAAAGGTTGAATGGAATAACAG                         GGGCATGTCCACCGTCCATGCAAT
genomic: AAAGGCTATGGTTCTCTCACAAAGATGCAAAAGGTTGAATGGAATAACAGgtcagcagca ... gttactatagGGGCATGTCCACCGTCCATGCAAT
EST: gi|88732544|gb|CI755721.1|CI755721
EST:     AAAGGCTATGGTTCTCTCACAAAGATGCAAAAGGTTGAATGGAATAACAG                         GGGCATGTCCACCGTCCATGCAATATTCATTACACTTATGTCAGCATACTT
genomic: AAAGGCTATGGTTCTCTCACAAAGATGCAAAAGGTTGAATGGAATAACAGgtcagcagca ... gttactatagGGGCATGTCCACCGTCCATGCAATATTCATTACACTTATGTCAGCATACTT
EST: gi|88299491|gb|CI574604.1|CI574604
EST:     AAAGGCTATGGTTCTCTCACAAAGATGCAAAAGGTTGAATGGAATAACAG                         GGGCATGTCCACCGTCCATGCAATATTCATTACACTTATGTCAGCATACTT
genomic: AAAGGCTATGGTTCTCTCACAAAGATGCAAAAGGTTGAATGGAATAACAGgtcagcagca ... gttactatagGGGCATGTCCACCGTCCATGCAATATTCATTACACTTATGTCAGCATACTT
EST: gi|88324944|gb|CI644955.1|CI644955
EST:     AAAGGCTATGGTTCTCTCACAAAGATGCAAAAGGTTGAATGGAATAACAG                         GGGCATGTCCACCGTCCATGCAATATTCATTACACTTATGTCAGCATACTT
genomic: AAAGGCTATGGTTCTCTCACAAAGATGCAAAAGGTTGAATGGAATAACAGgtcagcagca ... gttactatagGGGCATGTCCACCGTCCATGCAATATTCATTACACTTATGTCAGCATACTT
EST: gi|88731489|gb|CI755102.1|CI755102
EST:     AAAGGCTATGGTTCTCTCACAAAGATGCAAAAGGTTGAATGGAATAACAG                         GGGCATGTCCACCGTCCATGCAATATTCATTACACTTATGTCAGCATACTT
genomic: AAAGGCTATGGTTCTCTCACAAAGATGCAAAAGGTTGAATGGAATAACAGgtcagcagca ... gttactatagGGGCATGTCCACCGTCCATGCAATATTCATTACACTTATGTCAGCATACTT
EST: gi|88317525|gb|CI672101.1|CI672101
EST:     AAAGGCTATGGTTCTCTCACAAAGATGCAAAAGGTTGAATGGAATAACAG                         GGGCATGTCCACCGTCCATGCAATATTCATTACACTTATGTCAGCA
genomic: AAAGGCTATGGTTCTCTCACAAAGATGCAAAAGGTTGAATGGAATAACAGgtcagcagca ... gttactatagGGGCATGTCCACCGTCCATGCAATATTCATTACACTTATGTCAGCA
EST: gi|88362871|gb|CI614227.1|CI614227
EST:     AAAGGCTATGGTTCTCTCACAAAGATGCAAAAGGTTGAATGGAATAACAG                         GGGCATGTCCACCGTCCATGCAATATTCATTACACTTATGTCAGCATACTT
genomic: AAAGGCTATGGTTCTCTCACAAAGATGCAAAAGGTTGAATGGAATAACAGgtcagcagca ... gttactatagGGGCATGTCCACCGTCCATGCAATATTCATTACACTTATGTCAGCATACTT
EST: gi|29666719|gb|CB662994.1|CB662994
EST:     AAAGGCTATGGTTCTCTCACAAAGATGCAAAAGGTTGAATGGAATAACAG                         GGGCATGTCCACCGTCCATGCAATATTCATTACACTTATGTCAGCATACTT
genomic: AAAGGCTATGGTTCTCTCACAAAGATGCAAAAGGTTGAATGGAATAACAGgtcagcagca ... gttactatagGGGCATGTCCACCGTCCATGCAATATTCATTACACTTATGTCAGCATACTT
EST: gi|11544398|gb|BF475216.1|BF475216
EST:     AAAGGCTATGGTTCTCTCACAAAGATGCAAAAGGTTGAATGGAATAACAG                         GGGCATGTCCACCGTCCATGCAATATTCATTACACTTATGTCAGCATACTT
genomic: AAAGGCTATGGTTCTCTCACAAAGATGCAAAAGGTTGAATGGAATAACAGgtcagcagca ... gttactatagGGGCATGTCCACCGTCCATGCAATATTCATTACACTTATGTCAGCATACTT
EST: gi|88407568|gb|CI586409.1|CI586409
EST:     AAAGGCTATGGTTCTCTCACAAAGATGCAAAAGGTTGAATGGAATAACAG                         GGGCATGTCCACCGTCCATGCAATATTCATTACACTTATGTCAGCATACTT
genomic: AAAGGCTATGGTTCTCTCACAAAGATGCAAAAGGTTGAATGGAATAACAGgtcagcagca ... gttactatagGGGCATGTCCACCGTCCATGCAATATTCATTACACTTATGTCAGCATACTT
EST: gi|88377308|gb|CI600463.1|CI600463
EST:     AAAGGCTATGGTTCTCTCACAAAGATGCAAAAGGTTGAATGGAATAACAG                         GGGCATGTCCACCGTCCATGCAATATTCATTACACTTATGTCAGCATACTT
genomic: AAAGGCTATGGTTCTCTCACAAAGATGCAAAAGGTTGAATGGAATAACAGgtcagcagca ... gttactatagGGGCATGTCCACCGTCCATGCAATATTCATTACACTTATGTCAGCATACTT
EST: gi|88402501|gb|CI598728.1|CI598728
EST:     AAAGGCTATGGTTCTCTCACAAAGATGCAAAAGGTTGAATGGAATAACAG                         GGGCATGTCCACCGTCCATGCAATATTCATTACACTTATGTCA
genomic: AAAGGCTATGGTTCTCTCACAAAGATGCAAAAGGTTGAATGGAATAACAGgtcagcagca ... gttactatagGGGCATGTCCACCGTCCATGCAATATTCATTACACTTATGTCA
EST: gi|66920779|gb|CX107627.1|CX107627
EST:     AAAGGCTATGGTTCTCTCACAAAGATGCAAAAGGTTGAATGGAATAACAG                         GGGCATGTCCACCGTCCATGCAATATTCATTACACTTATGTCAGCATACTT
genomic: AAAGGCTATGGTTCTCTCACAAAGATGCAAAAGGTTGAATGGAATAACAGgtcagcagca ... gttactatagGGGCATGTCCACCGTCCATGCAATATTCATTACACTTATGTCAGCATACTT
EST: gi|88311212|gb|CI570286.1|CI570286
EST:     AAAGGCTATGGTTCTCTCACAAAGATGCAAAAGGTTGAATGGAATAACAG                         GGGCATGTCCACCGTCCATGCAATATTCATTACACTTATGTCAGCATACTT
genomic: AAAGGCTATGGTTCTCTCACAAAGATGCAAAAGGTTGAATGGAATAACAGgtcagcagca ... gttactatagGGGCATGTCCACCGTCCATGCAATATTCATTACACTTATGTCAGCATACTT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 74 (upstream exon), 75 (downstream exon)
Score: 23

TCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGTTCTCTCACAAAGATGCAAAAGGTTGAATGGAATAACAGgtcagcagca ... gttactatagGGGCATGTCCACCGTCCATGCAATATTCATTACACTTATGTCAGCATACTTAGTCTTCTTCTCGGGTTTATTCTCTGACCAGCAGGATGGACCAGTAACA




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TCATATGATTTCACACGCTTTATCAGTTCATTCTACTTCAAAGGCTATGGTTCTCTCACAAAGATGCAAAAGGTTGAATGGAATAACAGgtcagcagcattaaccaacttaattgccaagttcctacatcccactctattattataagcttctgatgatacatcttctgaccctttgttactatag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG