1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
TATTGAGAATGCGCTAACACGCATCACAAAGCTGGATCGCAAGGAGCTCTGCTTGGTTGGAGCTGGCAGAACAGATACAGGTGTTCATGCATGGGGTCAGgttcaattatcttaacatatctgtaaataagtgttcaagttgagatatatagtcccacttatatcttgcaccgcttgttctggtgttttgtaatttttgttttatatggaggggtaacacatcatattttgtatctag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os05g19954.1 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GCTTGGTTGGAGCTGGCAGAACAGATACAGGTGTTCATGCATGGGGTCAG GTGGCGCATTTCACCACGCCTTTTTCCTACCATTEST: gi|88689372|gb|CI732948.1|CI732948
genomic: GCTTGGTTGGAGCTGGCAGAACAGATACAGGTGTTCATGCATGGGGTCAGgttcaattat ... ttgtatctagGTGGCGCATTTCACCACGCCTTTTTCCTACCATT
EST: GCTTGGTTGGAGCTGGCAGAACAGATACAGGTGTTCATGCATGGGGT--G G---CGCATTTCACCACGCCTTTTTCCTACCATTGTCTTGATAGCATGEST: gi|88570006|gb|CI661181.1|CI661181
genomic: GCTTGGTTGGAGCTGGCAGAACAGATACAGGTGTTCATGCATGGGGTCAGgttcaattat ... ttgtatctagGTGGCGCATTTCACCACGCCTTTTTCCTACCATTGTCTTGATAGCATG
EST: GCTTGGTTGGAGCTGGCAGAACAGATACAGGTGTTCATGCATGGGGTCAG GTGGCGCATTTCACCACGCCTTTTTCCTACCATTGTCTTGATAGCATGCACEST: gi|33807142|gb|CF329453.1|CF329453
genomic: GCTTGGTTGGAGCTGGCAGAACAGATACAGGTGTTCATGCATGGGGTCAGgttcaattat ... ttgtatctagGTGGCGCATTTCACCACGCCTTTTTCCTACCATTGTCTTGATAGCATGCAC
EST: GCTCGGTTGGAGCTGGCAGAACAGATACAGGTGTTCATGCATGGGG-C-G G---CGCATTTCACCACGCCTTTTTCCTACCATTGTCTTGATAGCATGCACEST: gi|88288671|gb|CI663460.1|CI663460
genomic: GCTTGGTTGGAGCTGGCAGAACAGATACAGGTGTTCATGCATGGGGTCAGgttcaattat ... ttgtatctagGTGGCGCATTTCACCACGCCTTTTTCCTACCATTGTCTTGATAGCATGCAC
EST: GCTTGGTTGGAGCTGGCAGAACAGATACAGGTGTTCATGCATGGGGTCAG GTGGCGCATTTCACCAEST: gi|88689634|gb|CI733210.1|CI733210
genomic: GCTTGGTTGGAGCTGGCAGAACAGATACAGGTGTTCATGCATGGGGTCAGgttcaattat ... ttgtatctagGTGGCGCATTTCACCA
EST: GCTTGGTTGGAGCTGGCAGAACAGATACAGGTGTTCATGCATGGGGT--G G---CGCATTTCACCACGCCTTTTTCCTACCATTGTCTTGATAGCATG
genomic: GCTTGGTTGGAGCTGGCAGAACAGATACAGGTGTTCATGCATGGGGTCAGgttcaattat ... ttgtatctagGTGGCGCATTTCACCACGCCTTTTTCCTACCATTGTCTTGATAGCATG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TATTGAGAATGCGCTAACACGCATCACAAAGCTGGATCGCAAGGAGCTCTGCTTGGTTGGAGCTGGCAGAACAGATACAGGTGTTCATGCATGGGGTCAGgttcaattatcttaacatatctgtaaataagtgttcaagttgagatatatagtcccacttatatcttgcaccgcttgttctggtgttttgtaatttttgttttatatggaggggtaacacatcatattttgtatctag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT